Education
Вычисляет молекулярную массу белка по последовательности: MW = Σ средних масс остатков + H₂O (18,01524 Да), по той же таблице, что ExPASy ProtParam (A 71,0788 … W 186,2132). Ввод нечувствителен к регистру, пробелы и разделители * - . отбрасываются; коды неоднозначности (B/J/O/U/X/Z) не суммируются, но подсчитываются и отмечаются. Результат — немодифицированная полипептидная цепь: без удаления сигнального пептида, дисульфидных мостиков (−2H на мостик), ПТМ и меток. Возвращает кДа, среднюю массу остатка и длину. Источники: ExPASy ProtParam (Gasteiger 2005), справочник Fasman. Только для обучения.
protein-molecular-weightEducation
Оценивает Kd по одной точке для равновесия 1:1: при избытке белка f = [P]÷([P]+Kd), значит Kd = [P]×(1−f)÷f; при f = 0.5 Kd равен концентрации белка. Два входа: доля связанной ДНК (0–1) или флуоресцентная анизотропия f = (r−rсвоб.)÷(rсвяз.−rсвоб.). Добавляет ΔG° = RT·ln(Kd) (по умолчанию 25 °C). Диапазоны: <1 нМ очень прочное, 1–100 нМ прочное (типичные мишени факторов транскрипции), 100 нМ–1 мкМ умеренное, >1 мкМ слабое (проверить соль и конкурент poly(dI-dC)). Допущения: равновесие, 1:1, большой избыток белка; для полных кривых аппроксимируйте всю титрацию. Источники: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Только для обучения.
protein-dna-binding-affinityEducation
Считает ε280 по Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×nцистин (М⁻¹см⁻¹, типичная погрешность ±5%). Цистины — это пары Cys с дисульфидной связью, они учитываются только в окисленном состоянии (⌊Cys/2⌋); инструмент выдаёт оба значения — полностью восстановленного и полностью окисленного, чтобы ограничить реальное состояние. Режим последовательности сам считает W/Y/C и молекулярную массу по средним массам ProtParam; режим счёта принимает числа остатков и опциональную массу. Плюс A0.1% = ε/MW (поглощение 1 мг/мл), то есть c = A/ε для обратного пересчёта. Внимание: у белков без Trp/Tyr ε280 почти нулевой (используйте A205 или BCA) и учитывайте загрязнение нуклеиновыми кислотами (A260). Источники: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Только для обучения.
protein-extinction-coefficientEducation
Вычисляет теоретическую изоэлектрическую точку по аминокислотному составу: суммарный заряд по Гендерсону–Хассельбалу для каждой ионизируемой группы (упрощённый набор pKa ExPASy/Bjellqvist: N-конец 7.5, K 10.0, R 12.0, H 5.98; C-конец 3.55, D 4.05, E 4.45, C 9.0, Y 10.0) и бисекция до нулевого заряда. Также даёт заряд при физиологическом pH 7.4, среднюю молекулярную массу (таблица ProtParam + вода) и классификацию кислый/основный. Ограничения: pKa развёрнутой цепи, без посттрансляционных модификаций; набор pKa и алгоритм бисекции идентичны Biopython IsoelectricPoint (результаты совпадают численно), тогда как полный набор Бьеллквиста в ExPASy различает концевые остатки и может немного отличаться. Источники: Bjellqvist 1993, Gasteiger 2003 (ExPASy), Biopython IsoelectricPoint. Только для обучения.
protein-isoelectric-pointEducation
Оценивает размеры фрагментов после рестрикции: кольцевой субстрат с n разрезами даёт n фрагментов (с заходом через начало координат), линейный — n+1. Режим позиций вычисляет точные фрагменты по координатам через запятую; режим числа сайтов даёт количество и средний размер при равномерном распределении. Плюс ожидаемая частота сайтов в случайной ДНК: 4-буквенные сайты ~1 на 256 п.н., 6-буквенные ~1 на 4096 п.н. (REBASE/Sambrook) и советы по разрешению агарозы (<50 п.н. может уйти). Источники: Sambrook & Russell 3-е изд., REBASE. Только для обучения.
restriction-fragment-lengthEducation
Пошагово вычисляет вероятность больного потомка в родословной с помощью менделевского дерева вероятностей (правило произведения вдоль ветви, правило суммы между ветвями). Аутосомно-рецессивный: P(больной) = P(отец носитель) × P(мать носительница) / 4, плюс вероятность носительства (два известных носителя → 1/4 больных, 1/2 носителей, как при муковисцидозе). Аутосомно-доминантный (гетерозиготы, например хорея Хантингтона): оба поражены → 3/4. X-сцепленный рецессивный (гемофилия A, дальтонизм): мать-носитель × здоровый отец → 50% сыновей больны, 50% дочерей носительницы, с разбивкой по полу и общей вероятностью. Показан каждый шаг ветвления. Источники: Griffiths, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Только для обучения.
pedigree-probability-treeEducation
Определяет концентрацию РНК по UV-поглощению при 260 нм: концентрация (мкг/мл) = A260 × фактор разведения × 40 ÷ длина пути (см). Константа для РНК: 1 OD = 40 мкг/мл — между двуцепочечной ДНК (50) и одноцепочечной (33); частая ошибка — использовать константу 50 для дсДНК, что завышает выход РНК на 25%. 1 мкг/мл = 1 нг/мкл; укажите объём элюции для общего выхода. Учтён линейный диапазон 0.1–1.5; чистая РНК даёт OD260/280 ≈ 2.0 (ДНК ~1.8) — чистоту проверяйте отдельным инструментом. Работайте без РНКаз и на льду. Источники: Marmur & Doty, Sambrook & Russell, Manchester 1995, Thermo Fisher. Только для обучения и планирования.
rna-concentration-a260Health
Конвертирует глюкозу крови между традиционными (мг/дл) и СИ (ммоль/л) единицами. Молярная масса глюкозы (C₆H₁₂O₆) — 180.156 г/моль, коэффициент фиксирован: мг/дл × 0.05551 = ммоль/л (÷18.0182). Референсные диапазоны (ADA / WHO): глюкоза натощак норма <100 мг/дл (<5.6 ммоль/л); преддиабет 100–125 (5.6–6.9); диабет ≥126 (≥7.0). Через 2 ч после ПГТТ 75 г: норма <140 (<7.8); НТГ 140–199 (7.8–11.0); диабет ≥200 (≥11.1). Гипогликемия <70 (<3.9), тяжёлая <54; ДКА/ГГС часто >250 / >600. HbA1c ≈ 6.5% соответствует eAG ~140 мг/дл. Источники: ADA 2024, WHO 2006, Young 1987, StatPearls, ADAG 2008. Не медицинская консультация.
glucose-unit-converterHealth
Рассчитывает лёгочное сосудистое сопротивление PVR = (mДЛА − ДЗЛА)/CO (Wood) = 80×(mДЛА − ДЗЛА)/CO (дин·с/см⁵). mДЛА — среднее давление в лёгочной артерии, ДЗЛА — давление заклинивания лёгочных капилляров (≈ давление в ЛП), CO — сердечный выброс. Норма <3 Wood (<240 дин·с/см⁵); повышено при ЛАГ (группа 1, группы 2-5), гипоксии, ТЭЛА, сбросе слева-направо. PVR различает прекапиллярную (mДЛА>20, ДЗЛА≤15) и посткапиллярную (ДЗЛА>15) ЛГ и является целью лекарственной терапии ЛАГ. Источники: Grossman 1991, Simonneau JACC 2019, Humbert ESC/ERS 2022, StatPearls, LITFL. Не медицинская консультация.
pulmonary-vascular-resistanceEducation
Переводит возраст собаки или кошки в человеческие годы современным методом AVMA (с группировкой собак по размеру) или эпигенетической формулой UCSD, показывает стадию жизни и печатную карточку визита к ветеринару.
human-age-to-dog-cat-yearsHealth
Рассчитывает пульсовое давление PP = SBP − DBP, суррогат ударного объёма и податливости аорты; также сообщает MAP = DBP + PP/3. Физиология: PP ∝ ударный объём/податливость. Норма ~30–40 мм рт.ст. (~25% SBP); расширенное (>50–60) — высокий УО (аортальная недостаточность/тревога/лихорадка/анемия/гипертиреоз/ОАП) или жёсткие артерии (возраст/атеросклероз); суженное (<25–30) — низкий УО (СН/тампонада/констрикция/гиповолемия/тяжёлый аортальный стеноз). Парадоксальный пульс (падение PP >10 при вдохе) → тампонада, тяжёлая астма/ХОБЛ, напряжённый пневмоторакс, ТЭЛА. Источники: McDonald's, Franklin 1999, Blacher 1999, StatPearls, LITFL. Не медицинская консультация.
pulse-pressure-calculatorHealth
Рассчитывает скорость инфузии глюкозы GIR (мг/кг/мин) = [скорость(мл/ч) × концентрация(%)] / [вес(кг) × 6]. Ключевой показатель для парентерального питания новорождённых и детей. Частые концентрации: D5 (периферическое поддержание), D10 (неона тальный/педиатрический стандарт), D12.5 (неона тальный концентрированный), D25 (только центральный), D50 (ДКА/центральный). Цели GIR: < 4 риск гипогликемии; 4–6 цель для доношенных; 6–8 повышенная потребность (недоношенные, стресс); 8–10 обычно в ОРИТН/ОРИТ; 10–12 верхний придел; > 12 риск гипергликемии/гиперосмоляльности. Недоношенные (< 1500 г) нуждаются в 6–10 мг/кг/мин. Вес в кг или г (авто-конверсия). Источники: Adamkin 2009, ASPEN 2013, MDCalc, Singhal 2018. Не медицинская консультация.
glucose-infusion-rate