Education

Калькулятор аффинности белок-ДНК (оценка Kd)

Оценивает Kd по одной точке для равновесия 1:1: при избытке белка f = [P]÷([P]+Kd), значит Kd = [P]×(1−f)÷f; при f = 0.5 Kd равен концентрации белка. Два входа: доля связанной ДНК (0–1) или флуоресцентная анизотропия f = (r−rсвоб.)÷(rсвяз.−rсвоб.). Добавляет ΔG° = RT·ln(Kd) (по умолчанию 25 °C). Диапазоны: <1 нМ очень прочное, 1–100 нМ прочное (типичные мишени факторов транскрипции), 100 нМ–1 мкМ умеренное, >1 мкМ слабое (проверить соль и конкурент poly(dI-dC)). Допущения: равновесие, 1:1, большой избыток белка; для полных кривых аппроксимируйте всю титрацию. Источники: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Только для обучения.

json· JSON-результатОткрыть инструмент

Быстрый старт

Вызовите этот инструмент из своего кода на трёх языках.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/ru/api/tools/protein-dna-binding-affinity' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"fraction","proteinConcNm":50,"fractionBound":0.5,"anisotropy":0.18,"anisotropyFree":0.12,"anisotropyBound":0.25,"temperatureC":25,"decimalPlaces":2}'

Справочник API

Отправьте POST-запрос с входными данными в JSON. Параметры типа «файл» требуют предварительной загрузки.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/ru/api/tools/protein-dna-binding-affinity

Параметры

Имя	Тип	Обязательный	Описание
mode	select	Да	Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.
proteinConcNm	number	Да	Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).
fractionBound	number	Да	Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).
anisotropy	number	Да	Anisotropy of the sample (anisotropy mode).
anisotropyFree	number

Интеграция MCP

Добавьте этот инструмент на свой сервер Model Context Protocol, чтобы ИИ-агенты могли перечислять и вызывать его.

Конфигурация сервера

Добавьте этот блок в конфигурацию вашего MCP-клиента:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-dna-binding-affinity": {
      "name": "protein-dna-binding-affinity",
      "description": "Оценивает Kd по одной точке для равновесия 1:1: при избытке белка f = [P]÷([P]+Kd), значит Kd = [P]×(1−f)÷f; при f = 0.5 Kd равен концентрации белка. Два входа: доля связанной ДНК (0–1) или флуоресцентная анизотропия f = (r−rсвоб.)÷(rсвяз.−rсвоб.). Добавляет ΔG° = RT·ln(Kd) (по умолчанию 25 °C). Диапазоны: <1 нМ очень прочное, 1–100 нМ прочное (типичные мишени факторов транскрипции), 100 нМ–1 мкМ умеренное, >1 мкМ слабое (проверить соль и конкурент poly(dI-dC)). Допущения: равновесие, 1:1, большой избыток белка; для полных кривых аппроксимируйте всю титрацию. Источники: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Только для обучения.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-dna-binding-affinity",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Получить список инструментов

После подключения к SSE-endpoint выведите список доступных инструментов:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Вызвать этот инструмент

Вызовите инструмент по его id; аргументы формируются из его параметров:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-dna-binding-affinity",
    "arguments": {
  "mode": "fraction",
  "proteinConcNm": 50,
  "fractionBound": 0.5,
  "anisotropy": 0.18,
  "anisotropyFree": 0.12,
  "anisotropyBound": 0.25,
  "temperatureC": 25,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

Обзор инструментов Открыть инструмент