Analisa a composição de uma sequência: contagens e percentagens molares de cada um dos 20 aminoácidos padrão; totais por grupo (básicos K/R/H, ácidos D/E, aromáticos F/W/Y, sulfurados C/M, alifáticos A/I/L/V, amidas N/Q, hidroxila S/T, outros G/P); GRAVY com os valores de hidropatia de Kyte–Doolittle 1982 (>0 tendência hidrofóbica, <0 hidrofílica; globulares solúveis ficam entre −1 e +0,3); e a massa molecular pela tabela ProtParam. Códigos de ambiguidade (B/J/O/U/X/Z) contam-se à parte e excluem-se das percentagens. Fontes: Kyte & Doolittle 1982, ExPASy ProtParam, Lehninger. Apenas para educação.

amino-acid-composition

Calculadora de concentração molar de DNA (µg/mL → nM)

json

Education

Converte a concentração mássica de DNA em concentração molar: nM = µg/mL × 10⁶ ÷ (massa por par de bases × bp). Massas médias segundo NEB: DNA fita dupla 650 Da/bp, fita simples 330 Da/nt (Promega usa 660). Armadilha comum: com 10⁻³ no denominador obtém-se µM, não nM (erro de 1000×). 1 µg/mL = 1 ng/µL; com o volume, a ferramenta dá os pmol totais e as moléculas por µL. Fontes: NEB NEBioCalculator, Promega BioMath, N_A = 6.022×10²³. Apenas para educação e planejamento.

molar-dna-concentration

Calculadora de diluição de ácidos nucleicos (C1V1 = C2V2)

json

Education

Prepara soluções de trabalho de DNA/RNA em dois modos: por concentração alvo via C1V1 = C2V2, com volume de estoque V1 = C2×V2/C1 e volume de tampão; ou por fator de diluição 1:X com concentração final C1/X e volume V2/X. Basta que estoque e alvo usem a mesma unidade (ng/µL, µg/mL, nM) — a álgebra é independente da unidade. Conselhos de pipetagem integrados: V1 < 0.5 µL sugere diluição seriada em duas etapas, V1 < 2 µL ponta de baixa retenção; alvo acima do estoque é rejeitado. Fontes: Sambrook & Russell 3ª ed., guia de pipetagem Thermo Fisher. Apenas para educação e planejamento.

nucleic-acid-dilution

Calculadora de densidade celular OD600 (E. coli)

json

Education

Converte turbidez OD600 em concentração celular e peso seco (CDW): OD normalizada = leitura × fator de diluição ÷ trajeto óptico; células/mL = OD × células por unidade de OD (1×10⁹ padrão, valor usual de E. coli); CDW g/L = OD × g/L por unidade de OD (0.36 padrão, BioNumbers 109837; faixa 0.3–0.5). Os dois fatores são editáveis — cepa, meio e instrumento os alteram; os padrões são autoconsistentes: 0.36 g/L ÷ 10⁹ células/mL = 0.36 pg/célula. Leituras OD > 1 são marcadas fora da faixa linear (Sigma-Aldrich). Fontes: BioNumbers 109835/109837, Agilent/VectorBuilder. Calibre com sua própria curva OD-UCF. Apenas para educação.

od600-cell-density

Calculadora de Tm de oligonucleotídeos (correção por sal)

json

Education

Duas estimativas clássicas de Tm: a regra de Wallace Tm = 2×(A+T) + 4×(G+C) (oligos curtos <14 nt, sem dependência de sal) e a fórmula corrigida por sal Tm = 81.5 + 16.6×log₁₀[Na⁺] + 0.41×(%G+C) − 600/n (Sambrook 1989 p. 11.46, a mesma do Primer3; o termo de comprimento varia 500–675/n conforme a fonte). O modo automático escolhe pelo comprimento. Retorna %GC, composição e ambas as estimativas. São aproximações — para precisão de projeto use termodinâmica de vizinhos mais próximos (ferramenta pcr-primer-tm). Premissas: DNA, sem pareamentos incorretos, sem formamida/DMSO, [Na⁺] 0.01–1 M. Fontes: Wallace 1979, von Ahsen 2001, Sambrook & Maniatis, OligoCalc. Apenas para educação.

oligo-melting-temperature