Education

Калькулятор коэффициента экстинкции белка (ε280)

Считает ε280 по Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×nцистин (М⁻¹см⁻¹, типичная погрешность ±5%). Цистины — это пары Cys с дисульфидной связью, они учитываются только в окисленном состоянии (⌊Cys/2⌋); инструмент выдаёт оба значения — полностью восстановленного и полностью окисленного, чтобы ограничить реальное состояние. Режим последовательности сам считает W/Y/C и молекулярную массу по средним массам ProtParam; режим счёта принимает числа остатков и опциональную массу. Плюс A0.1% = ε/MW (поглощение 1 мг/мл), то есть c = A/ε для обратного пересчёта. Внимание: у белков без Trp/Tyr ε280 почти нулевой (используйте A205 или BCA) и учитывайте загрязнение нуклеиновыми кислотами (A260). Источники: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Только для обучения.

json· JSON-результатОткрыть инструмент

Быстрый старт

Вызовите этот инструмент из своего кода на трёх языках.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/ru/api/tools/protein-extinction-coefficient' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"sequence","sequence":"GIVEQCCTSICSLYQLENYCN","trpCount":1,"tyrCount":2,"cysCount":4,"cysState":"reduced","molecularWeightKDa":0,"decimalPlaces":2}'

Справочник API

Отправьте POST-запрос с входными данными в JSON. Параметры типа «файл» требуют предварительной загрузки.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/ru/api/tools/protein-extinction-coefficient

Параметры

Имя	Тип	Обязательный	Описание
mode	select	Да	Count W/Y/C from a sequence, or enter residue counts directly.
sequence	textarea	Да	One-letter codes, 20 standard residues (FASTA headers, whitespace, and '*' are stripped); sequence mode.
trpCount	number	Да	Number of tryptophans (counts mode); each contributes 5500 M⁻¹cm⁻¹.
tyrCount	number	Да	Number of tyrosines (counts mode); each contributes 1490 M⁻¹cm⁻¹.
cysCount	number

Интеграция MCP

Добавьте этот инструмент на свой сервер Model Context Protocol, чтобы ИИ-агенты могли перечислять и вызывать его.

Конфигурация сервера

Добавьте этот блок в конфигурацию вашего MCP-клиента:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-extinction-coefficient": {
      "name": "protein-extinction-coefficient",
      "description": "Считает ε280 по Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×nцистин (М⁻¹см⁻¹, типичная погрешность ±5%). Цистины — это пары Cys с дисульфидной связью, они учитываются только в окисленном состоянии (⌊Cys/2⌋); инструмент выдаёт оба значения — полностью восстановленного и полностью окисленного, чтобы ограничить реальное состояние. Режим последовательности сам считает W/Y/C и молекулярную массу по средним массам ProtParam; режим счёта принимает числа остатков и опциональную массу. Плюс A0.1% = ε/MW (поглощение 1 мг/мл), то есть c = A/ε для обратного пересчёта. Внимание: у белков без Trp/Tyr ε280 почти нулевой (используйте A205 или BCA) и учитывайте загрязнение нуклеиновыми кислотами (A260). Источники: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Только для обучения.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-extinction-coefficient",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Получить список инструментов

После подключения к SSE-endpoint выведите список доступных инструментов:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Вызвать этот инструмент

Вызовите инструмент по его id; аргументы формируются из его параметров:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-extinction-coefficient",
    "arguments": {
  "mode": "sequence",
  "sequence": "GIVEQCCTSICSLYQLENYCN",
  "trpCount": 1,
  "tyrCount": 2,
  "cysCount": 4,
  "cysState": "reduced",
  "molecularWeightKDa": 0,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}