Education

Калькулятор длины рестрикционных фрагментов

Оценивает размеры фрагментов после рестрикции: кольцевой субстрат с n разрезами даёт n фрагментов (с заходом через начало координат), линейный — n+1. Режим позиций вычисляет точные фрагменты по координатам через запятую; режим числа сайтов даёт количество и средний размер при равномерном распределении. Плюс ожидаемая частота сайтов в случайной ДНК: 4-буквенные сайты ~1 на 256 п.н., 6-буквенные ~1 на 4096 п.н. (REBASE/Sambrook) и советы по разрешению агарозы (<50 п.н. может уйти). Источники: Sambrook & Russell 3-е изд., REBASE. Только для обучения.

json· JSON-результатОткрыть инструмент

Быстрый старт

Вызовите этот инструмент из своего кода на трёх языках.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/ru/api/tools/restriction-fragment-length' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686,"cutPositions":"1000, 2000","cutSiteCount":2,"decimalPlaces":2}'

Справочник API

Отправьте POST-запрос с входными данными в JSON. Параметры типа «файл» требуют предварительной загрузки.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/ru/api/tools/restriction-fragment-length

Параметры

Имя	Тип	Обязательный	Описание
topology	select	Да	Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.
inputMode	select	Да	Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.
substrateLengthBp	number	Да	Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.
cutPositions	text	Да	Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.
cutSiteCount

Интеграция MCP

Добавьте этот инструмент на свой сервер Model Context Protocol, чтобы ИИ-агенты могли перечислять и вызывать его.

Конфигурация сервера

Добавьте этот блок в конфигурацию вашего MCP-клиента:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-restriction-fragment-length": {
      "name": "restriction-fragment-length",
      "description": "Оценивает размеры фрагментов после рестрикции: кольцевой субстрат с n разрезами даёт n фрагментов (с заходом через начало координат), линейный — n+1. Режим позиций вычисляет точные фрагменты по координатам через запятую; режим числа сайтов даёт количество и средний размер при равномерном распределении. Плюс ожидаемая частота сайтов в случайной ДНК: 4-буквенные сайты ~1 на 256 п.н., 6-буквенные ~1 на 4096 п.н. (REBASE/Sambrook) и советы по разрешению агарозы (<50 п.н. может уйти). Источники: Sambrook & Russell 3-е изд., REBASE. Только для обучения.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=restriction-fragment-length",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Получить список инструментов

После подключения к SSE-endpoint выведите список доступных инструментов:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Вызвать этот инструмент

Вызовите инструмент по его id; аргументы формируются из его параметров:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "restriction-fragment-length",
    "arguments": {
  "topology": "circular",
  "inputMode": "positions",
  "substrateLengthBp": 2686,
  "cutPositions": "1000, 2000",
  "cutSiteCount": 2,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

Обзор инструментов Открыть инструмент