Нажмите на воронку, чтобы разместить промежуточные состояния, наблюдайте, как мутации изменяют энергетические барьеры
Сворачивание белков направляется воронкообразным ландшафтом свободной энергии. Развёрнутое состояние занимает обширное конформационное пространство при высокой свободной энергии, в то время как нативное состояние — уникальная низкоэнергетическая конформация. Локальные минимумы представляют метастабильные промежуточные состояния или кинетические ловушки.
Энергетический профиль моделируется как G(Q) = ΔG·(1−Q)² + шероховатость·Σ sin(k·Q·π) − Σ промежуточные. Динамика использует переутончённое уравнение Ланжевена.
Мутации изменяют энергетический ландшафт предсказуемым образом. Стабилизирующие мутации углубляют нативную яму. Дестабилизирующие повышают энергию нативного состояния. Кинетические ловушки dramatically замедляют сворачивание.
Начните с Дикого типа для плавной воронки. Нажмите на холст для размещения промежуточных состояний. Используйте пресеты для наблюдения эффектов мутаций.