点击漏斗放置中间态，观察突变如何改变能垒和折叠动力学
蛋白质折叠由漏斗状自由能景观引导。去折叠态占据广阔的构象空间，处于高自由能（漏斗的宽顶部）；天然态是唯一的低能构象（窄底部）。多肽链在探索构象时倾向于沿景观下坡移动，驱动力来自疏水塌缩、氢键和范德华力。漏斗隐喻同时捕捉了向天然态的热力学偏向和构象自由的逐步限制。景观上的局域极小值代表亚稳中间态或动力学陷阱，可能延缓折叠。景观的粗糙度决定折叠是平滑的两态过程还是涉及充居中间态的多态过程。
能量分布建模为 G(Q) = ΔG·(1−Q)² + roughness·Σ sin(k·Q·π) − Σ intermediates，其中 Q 是天然接触分数（反应坐标），ΔG 是漏斗深度，中间态是用户放置的高斯势阱。漏斗宽度代表构象熵：w(Q) ∝ (1−Q)^0.7，在低 Q 处较宽（许多去折叠构象），在高 Q 处较窄（少数类天然构象）。折叠动力学使用过阻尼朗之万方程：dQ/dt = −(1/γ)·dG/dQ + √(2kT/γ)·η(t)，其中 γ 是摩擦系数，η(t) 是高斯白噪声。折叠速率遵循过渡态理论：k_f = (k_BT/h)·exp(−ΔG‡/RT)，其中 ΔG‡ 是沿路径的最高能垒。
突变以可预测的方式重塑折叠能量景观。稳定化突变（如引入二硫键、优化疏水核心堆积）加深天然态阱，增加热力学稳定性并加速折叠。去稳定化突变（如用极性残基替换被埋藏的疏水残基）提高天然态能量，可能导致错误折叠或聚集。突变还可能引入动力学陷阱——野生型景观中不存在的局域极小值——通过将蛋白质困在非生产性构象中显著减缓折叠。受挫景观在突变产生竞争性低能态时出现，阻碍向天然态的有效漏斗化。相反，进化优化产生最小化受挫的平滑漏斗，实现快速可靠的折叠。理解突变如何改变能量景观是蛋白质工程、药物设计以及理解淀粉样变性等疾病的关键。
从「野生型」预设开始，观察平滑的能量漏斗。直接点击漏斗画布放置中间态——每次点击在该位置添加一个局域极小值。切换到删除模式可通过点击附近的中间态来移除它们。点击「动画」观看折叠轨迹：一个球沿能量景观滚动，可能在中间态处被困。使用突变预设查看不同突变如何重塑景观。「稳定化突变」使漏斗更深，折叠更快。「去稳定突变」提高天然态能量。「动力学陷阱」引入一个深中间态减缓折叠。「受挫景观」创建具有多个竞争极小值的粗糙景观。「快速折叠」展示优化后的平滑漏斗。调节温度查看热能如何帮助球克服能垒。轨迹画布显示 Q 随时间变化，揭示折叠动力学。能垒画布展示能量分布并标注能垒高度。