Cliquez sur l'entonnoir pour placer des états intermédiaires, observez comment les mutations modifient les barrières énergétiques
Le repliement des protéines est guidé par un paysage d'énergie libre en forme d'entonnoir. L'état déplié occupe un vaste espace conformationnel à haute énergie libre, tandis que l'état natif est une conformation unique de basse énergie. Les minima locaux représentent des états intermédiaires métastables ou des pièges cinétiques.
Le profil énergétique est modélisé par G(Q) = ΔG·(1−Q)² + rugosité·Σ sin(k·Q·π) − Σ intermédiaires. La dynamique utilise l'équation de Langevin suramortie. Le taux de repliement suit la théorie de l'état de transition.
Les mutations refaçonnent le paysage énergétique. Les mutations stabilisantes approfondissent le puits natif. Les déstabilisantes élèvent l'énergie de l'état natif. Les pièges cinétiques introduisent des minima locaux qui ralentissent le repliement.
Commencez avec Type Sauvage pour voir un entonnoir lisse. Cliquez sur le canevas pour placer des états intermédiaires. Utilisez les préréglages pour voir l'effet des mutations.