Como são calculados os fragmentos de um plasmídeo circular?

Um substrato circular com n cortes produz n fragmentos, incluindo o segmento que contorna a origem.

Quantos fragmentos resultam de um DNA linear?

Um DNA linear com n cortes internos produz n+1 fragmentos.

As posições de corte são informadas em que formato?

Digite as coordenadas em bp, contadas a partir da base 1, separadas por vírgulas, como 1000, 2000.

O que o modo de número de sítios informa?

Ele calcula a quantidade de fragmentos e o comprimento médio esperado considerando uma distribuição uniforme dos cortes.

Um fragmento menor que 50 bp será visível no gel?

Pode não ser resolvido ou pode escapar em um gel de agarose; o resultado deve ser interpretado com essa limitação.

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Calculadora de comprimento de fragmentos de restrição

Estima os tamanhos dos fragmentos após a digestão: um substrato circular com n cortes produz n fragmentos (contornando a origem) e um linear produz n+1. O modo de posições calcula fragmentos exatos a partir de coordenadas separadas por vírgula; o modo de número de sítios dá a contagem e a média com distribuição uniforme. Inclui a frequência esperada de sítios em DNA aleatório: enzimas de 4 bases ~1 a cada 256 bp, de 6 bases ~1 a cada 4096 bp (REBASE/Sambrook) e avisos de resolução em agarose (<50 bp pode escapar). Fontes: Sambrook & Russell 3ª ed., REBASE. Apenas para educação.

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2 exemplos

pUC19 (2686 bp) cortada em 1000 e 2000 → 1000 + 1686 bp

Uma dupla digestão do plasmídeo circular pUC19 (2686 bp) com um sítio de cada enzima nas posições 1000 e 2000 produz 2 fragmentos: 2000 − 1000 = 1000 bp e a peça que contorna a origem (2686 − 2000) + 1000 = 1686 bp. O total (2686 bp) é conservado, ambos os fragmentos separam-se bem em agarose 1–1.5%, e um reconhecedor aleatório de 6 bases apareceria só uma vez a cada 4096 bp — dois sítios em 2686 bp é um mapa sortudo que convém verificar.

{"result":"2 fragments: 1000, 1686 bp (total 2686 bp).","metadata":{"input":{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686},"result":{"fragments":[1000,1686],"fragmentCount":2,"meanLengthBp":1343,"minLengthBp":1000,"maxLengthBp":1686,"totalBp":2686}}}

Produto de PCR linear de 5000 bp cortado em 1500 e 3000 → 3 fragmentos

Um produto de PCR linear de 5000 bp digerido nas posições internas 1500 e 3000 rende três fragmentos: 1500 (início ao primeiro corte), 1500 (entre cortes) e 2000 (último corte ao fim). O DNA linear sempre adiciona as peças terminais: 2 cortes dão n+1 = 3 fragmentos; os três ficam no ponto ideal de um gel de agarose 1%.

{"result":"3 fragments: 1500, 1500, 2000 bp (total 5000 bp).","metadata":{"input":{"topology":"linear","inputMode":"positions","substrateLengthBp":5000},"result":{"fragments":[1500,1500,2000],"fragmentCount":3,"meanLengthBp":1666.67,"minLengthBp":1500,"maxLengthBp":2000,"totalBp":5000}}}

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6 opções

ConteúdoCole ou digite os valores principais.1

Posições de corte (bp, separadas por vírgula)textObrigatórioCut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.

ConfiguraçõesAjuste formatos, intervalos, números e modos.5

Topologia do substratoselectObrigatórioCircular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.Modo de entradaselectObrigatórioEnter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.Comprimento do substrato (bp)numberObrigatórioTotal length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.Número de sítios de cortenumberObrigatórioNumber of cut sites (count mode); fragments = n circular or n+1 linear.Casas decimaisnumberOpcional

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Exemplos

1. Dupla digestão de pUC19 em duas posições

2. Digestão de um produto de PCR linear

Perguntas frequentes

Exemplos de Processamento de Imagem Web Python

Exemplos de Comprimento e Distancia

Exemplos de Unidades de Comprimento

Exemplos de Processamento de Imagem Android Java

Analisador de composição de aminoácidos

Simulador do efeito gargalo genético (perda de heterozigosidade)

Processador de Limites de Dados

Calculadora de massa molecular de proteína (por sequência)

Ferramentas de codigo de barras, QR e etiquetas

Ferramentas de codificacao e conversao de audio

Ferramentas de conversao de formatos de imagem e exportacao animada

Ferramentas de intercambio JSON e traducao de formatos

3. Estimativa média pelo número de sítios