Que sequência posso inserir?

Insira uma sequência de aminoácidos com códigos de uma letra, sem necessidade de distinguir maiúsculas de minúsculas.

Como são tratados espaços e separadores?

Espaços e os caracteres *, - e . são ignorados durante a análise.

O que significa o valor GRAVY?

É a média dos valores de hidropatia de Kyte–Doolittle. Valores acima de zero indicam tendência hidrofóbica; abaixo de zero, tendência hidrofílica.

Os códigos ambíguos entram nas percentagens?

Não. B, J, O, U, X e Z são contados separadamente e excluídos das percentagens molares.

Posso usar os resultados para diagnóstico ou decisões clínicas?

Não. A ferramenta é destinada apenas a educação e planeamento experimental.

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Analisador de composição de aminoácidos

Analisa a composição de uma sequência: contagens e percentagens molares de cada um dos 20 aminoácidos padrão; totais por grupo (básicos K/R/H, ácidos D/E, aromáticos F/W/Y, sulfurados C/M, alifáticos A/I/L/V, amidas N/Q, hidroxila S/T, outros G/P); GRAVY com os valores de hidropatia de Kyte–Doolittle 1982 (>0 tendência hidrofóbica, <0 hidrofílica; globulares solúveis ficam entre −1 e +0,3); e a massa molecular pela tabela ProtParam. Códigos de ambiguidade (B/J/O/U/X/Z) contam-se à parte e excluem-se das percentagens. Fontes: Kyte & Doolittle 1982, ExPASy ProtParam, Lehninger. Apenas para educação.

Execução

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2 exemplos

Tag His: H = 35 mol %, S = 25 mol %, GRAVY = −1,19

A tag 6×His MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH é visivelmente polar na tabela de composição: só a histidina é 7/20 = 35 mol % (o bloco 6×His mais o His C-terminal) e a serina 5/20 = 25 mol %. O GRAVY de Kyte–Doolittle é −23,8/20 = −1,19, claramente hidrofílico — exatamente o desejado para uma tag de afinidade exposta ao solvente na superfície de uma proteína dobrada.

{"result":"Composition of 20 residues: H 35.00 mol%, S 25.00 mol%, G 15.00 mol%; GRAVY = −1.19 (hydrophilic).","metadata":{"result":{"length":20,"counts":{"H":7,"S":5,"G":3},"molPercent":{"H":35},"gravy":-1.19}}}

Poli-alanina AAAAAAAAAA: GRAVY = +1,80, A = 100 mol %

Um trecho de deca-alanina é o teste de sanidade de hidropatia: a alanina (1,80 na escala Kyte–Doolittle) a 100 mol % fixa o GRAVY em +1,80 e o grupo alifático em 10/10. Pontuações de homopolímero assim raramente persistem em sequências reais — uma proteína natural com média acima de +0,5 ao longo de toda a cadeia costuma ser de membrana ou insolúvel.

{"result":"Composition of 10 residues: A 100.00 mol%; GRAVY = 1.8 (hydrophobic).","metadata":{"result":{"length":10,"counts":{"A":10},"molPercent":{"A":100},"gravy":1.8}}}

Entradas

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2 opções

ConteúdoCole ou digite os valores principais.1

Sequência de aminoácidostextareaObrigatórioOne-letter amino-acid sequence (case-insensitive; spaces and * - . separators are ignored).

ConfiguraçõesAjuste formatos, intervalos, números e modos.1

Casas decimaisnumberOpcional

Resultado

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1. Analisar uma tag 6×His

2. Verificar uma sequência de poli-alanina

Perguntas frequentes

Amostras de Analizador de Caminho

Exemplos de Processamento de Imagem Web Python

Exemplos de Analisador de Consultas URL

Exemplos de Processamento de Imagem Android Java

Analisador de Volume Plaquetário Médio (VPM)

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