Restriktionsfragment-Längenrechner

Restriktionsfragment-Längenrechner | Kostenloses Online-Tool | Elysia Tools

Leitfaden zur Tool-Nutzung

Erfahren Sie, wann dieses Tool passt, was es unterstützt und wie Nutzer es anwenden.

Wichtige Fakten

Kategorie: Education
Eingabetypen: select, number, text
Ausgabetyp: json
Sample-Abdeckung: 4
API bereit: Ja

Überblick

Der Restriktionsfragment-Längenrechner bestimmt die erwarteten DNA-Fragmentgrößen nach einem Restriktionsverdau. Für zirkuläre Substrate berechnet er aus n Schnitten n Fragmente, für lineare DNA n+1 Fragmente. Sie können exakte Schnittpositionen oder nur die Anzahl der Schnittstellen eingeben.

Wann verwenden

Wenn Sie die Fragmentgrößen eines Restriktionsverdaus anhand einer Plasmidkarte prüfen möchten.
Wenn Sie für lineare DNA oder PCR-Produkte die erwarteten Gelbanden berechnen möchten.
Wenn Sie bei gleichmäßiger Verteilung aus der Schnittstellenzahl eine durchschnittliche Fragmentgröße schätzen möchten.

So funktioniert es

1Wählen Sie die Substrat-Topologie: zirkuläres Plasmid oder lineare DNA.
2Geben Sie die Substratlänge in Basenpaaren ein und wählen Sie den Positions- oder Anzahlmodus.
3Im Positionsmodus tragen Sie eindeutige, kommagetrennte Schnittkoordinaten innerhalb des Substrats ein.
4Das Ergebnis enthält Fragmentanzahl, einzelne Fragmentlängen, Mittelwert, Minimum, Maximum und die überprüfte Gesamtlänge.

Anwendungsfälle

Restriktionskarten von zirkulären Plasmiden mit Einzel- oder Doppelverdau überprüfen.
Erwartete Banden eines geschnittenen linearen PCR-Produkts vor einer Agarosegelelektrophorese bestimmen.
Durchschnittliche Fragmentgrößen aus einer bekannten Anzahl von Schnittstellen für die Versuchsplanung abschätzen.

Beispiele

1. Doppelverdau eines zirkulären pUC19-Plasmids

Molekularbiologie-Studierende

Hintergrund

Ein zirkuläres pUC19-Substrat ist 2686 bp lang. Die Restriktionskarte enthält Schnittpositionen bei 1000 und 2000 bp.

Aufgabe

Die beiden erwarteten Fragmentlängen sollen vor der Kontrolle auf einem Agarosegel berechnet werden.

Verwendung

Zirkuläres Plasmid und Schnittpositionen auswählen, 2686 bp eingeben und die Positionen 1000, 2000 eintragen.

Topologie: zirkulär; Modus: Schnittpositionen; Substratlänge: 2686 bp; Schnittpositionen: 1000, 2000.

Ergebnis

Der Rechner ergibt zwei Fragmente mit 1000 bp und 1686 bp. Ihre Summe beträgt 2686 bp.

2. Restriktionsverdau eines linearen PCR-Produkts

Laborpraktikant

Hintergrund

Ein lineares PCR-Produkt ist 5000 bp lang und besitzt interne Schnittstellen bei 1500 und 3000 bp.

Aufgabe

Die Anzahl und Größe der erwarteten DNA-Fragmente sollen für die Gelkontrolle feststehen.

Verwendung

Lineare DNA und den Positionsmodus wählen, 5000 bp als Substratlänge eingeben und die Positionen 1500, 3000 angeben.

FAQ

Wie viele Fragmente entstehen bei einem zirkulären Substrat?

Bei n eindeutigen Schnitten entstehen n Fragmente, einschließlich des Fragments, das über den Ursprung verläuft.

Wie viele Fragmente entstehen bei linearer DNA?

Bei n internen Schnitten entstehen n+1 Fragmente, da zusätzlich die beiden Endstücke berücksichtigt werden.

Was ist der Unterschied zwischen Positions- und Anzahlmodus?

Der Positionsmodus berechnet exakte Fragmentlängen aus den Schnittkoordinaten. Der Anzahlmodus liefert Fragmentanzahl und Mittelwert bei gleichmäßiger Verteilung.

Welche Eingaben benötigt der Rechner?

Er benötigt Topologie, Eingabemodus und Substratlänge. Im Positionsmodus sind außerdem eindeutige Schnittpositionen erforderlich, im Anzahlmodus die Schnittstellenzahl.

Was bedeuten die Angaben 256 bp und 4096 bp?

In zufälliger DNA werden 4-Basen-Erkennungsstellen im Mittel etwa einmal je 256 bp und 6-Basen-Stellen etwa einmal je 4096 bp erwartet.

Topologie: linear; Modus: Schnittpositionen; Substratlänge: 5000 bp; Schnittpositionen: 1500, 3000.

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2. Restriktionsverdau eines linearen PCR-Produkts

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Laengen- und Distanzbeispiele

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Android Java Bildverarbeitungsbeispiele

Aminosäurezusammensetzungs-Analysator

Flaschenhals-Effekt-Simulator (Heterozygotieverlust)

Daten-Grenzverarbeiter

ESA-PB05-artiger Bahnpropagator mit mittleren Elementen (Brouwer–Lyddane, J2–J6 + lunisolare)

3. Durchschnittsschätzung aus der Schnittstellenzahl