Schätzt die Fragmentgrößen nach einer Restriktionsverdau: ein zirkuläres Substrat mit n Schnitten ergibt n Fragmente (um den Ursprung herum), ein lineares n+1. Der Positionsmodus berechnet exakte Fragmente aus kommagetrennten Koordinaten; der Anzahlmodus liefert Stückzahl und Mittelwert bei gleichmäßiger Verteilung. Dazu die erwartete Sitefrequenz in zufälliger DNA: 4-Basen-Erkennungsstellen ~1 je 256 bp, 6-Basen ~1 je 4096 bp (REBASE/Sambrook) sowie Hinweise zur Agarose-Auflösung (<50 bp kann laufen). Quellen: Sambrook & Russell 3. Aufl., REBASE. Nur für Ausbildung.
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Wichtige Fakten
Kategorie
Education
Eingabetypen
select, number, text
Ausgabetyp
json
Sample-Abdeckung
4
API bereit
Ja
Überblick
Der Restriktionsfragment-Längenrechner bestimmt die erwarteten DNA-Fragmentgrößen nach einem Restriktionsverdau. Für zirkuläre Substrate berechnet er aus n Schnitten n Fragmente, für lineare DNA n+1 Fragmente. Sie können exakte Schnittpositionen oder nur die Anzahl der Schnittstellen eingeben.
Wann verwenden
Wenn Sie die Fragmentgrößen eines Restriktionsverdaus anhand einer Plasmidkarte prüfen möchten.
Wenn Sie für lineare DNA oder PCR-Produkte die erwarteten Gelbanden berechnen möchten.
Wenn Sie bei gleichmäßiger Verteilung aus der Schnittstellenzahl eine durchschnittliche Fragmentgröße schätzen möchten.
So funktioniert es
1Wählen Sie die Substrat-Topologie: zirkuläres Plasmid oder lineare DNA.
2Geben Sie die Substratlänge in Basenpaaren ein und wählen Sie den Positions- oder Anzahlmodus.
3Im Positionsmodus tragen Sie eindeutige, kommagetrennte Schnittkoordinaten innerhalb des Substrats ein.
4Das Ergebnis enthält Fragmentanzahl, einzelne Fragmentlängen, Mittelwert, Minimum, Maximum und die überprüfte Gesamtlänge.
Anwendungsfälle
Restriktionskarten von zirkulären Plasmiden mit Einzel- oder Doppelverdau überprüfen.
Erwartete Banden eines geschnittenen linearen PCR-Produkts vor einer Agarosegelelektrophorese bestimmen.
Durchschnittliche Fragmentgrößen aus einer bekannten Anzahl von Schnittstellen für die Versuchsplanung abschätzen.
Beispiele
1. Doppelverdau eines zirkulären pUC19-Plasmids
Molekularbiologie-Studierende
Hintergrund
Ein zirkuläres pUC19-Substrat ist 2686 bp lang. Die Restriktionskarte enthält Schnittpositionen bei 1000 und 2000 bp.
Aufgabe
Die beiden erwarteten Fragmentlängen sollen vor der Kontrolle auf einem Agarosegel berechnet werden.
Verwendung
Zirkuläres Plasmid und Schnittpositionen auswählen, 2686 bp eingeben und die Positionen 1000, 2000 eintragen.
Der Rechner ergibt zwei Fragmente mit 1000 bp und 1686 bp. Ihre Summe beträgt 2686 bp.
2. Restriktionsverdau eines linearen PCR-Produkts
Laborpraktikant
Hintergrund
Ein lineares PCR-Produkt ist 5000 bp lang und besitzt interne Schnittstellen bei 1500 und 3000 bp.
Aufgabe
Die Anzahl und Größe der erwarteten DNA-Fragmente sollen für die Gelkontrolle feststehen.
Verwendung
Lineare DNA und den Positionsmodus wählen, 5000 bp als Substratlänge eingeben und die Positionen 1500, 3000 angeben.
FAQ
Wie viele Fragmente entstehen bei einem zirkulären Substrat?
Bei n eindeutigen Schnitten entstehen n Fragmente, einschließlich des Fragments, das über den Ursprung verläuft.
Wie viele Fragmente entstehen bei linearer DNA?
Bei n internen Schnitten entstehen n+1 Fragmente, da zusätzlich die beiden Endstücke berücksichtigt werden.
Was ist der Unterschied zwischen Positions- und Anzahlmodus?
Der Positionsmodus berechnet exakte Fragmentlängen aus den Schnittkoordinaten. Der Anzahlmodus liefert Fragmentanzahl und Mittelwert bei gleichmäßiger Verteilung.
Welche Eingaben benötigt der Rechner?
Er benötigt Topologie, Eingabemodus und Substratlänge. Im Positionsmodus sind außerdem eindeutige Schnittpositionen erforderlich, im Anzahlmodus die Schnittstellenzahl.
Was bedeuten die Angaben 256 bp und 4096 bp?
In zufälliger DNA werden 4-Basen-Erkennungsstellen im Mittel etwa einmal je 256 bp und 6-Basen-Stellen etwa einmal je 4096 bp erwartet.