Calculateur de longueur des fragments de restriction

Calculateur de longueur des fragments de restriction | Outil en ligne gratuit | Elysia Tools

Guide d'utilisation de l'outil

Découvrez quand utiliser cet outil, ce qu'il prend en charge et comment les utilisateurs l'appliquent.

Points clés

Catégorie: Education
Types d’entrée: select, number, text
Type de sortie: json
Exemples associés: 4
API disponible: Oui

Aperçu

Ce calculateur estime la longueur des fragments d’ADN obtenus après digestion de restriction. Saisissez les positions exactes des coupures pour obtenir chaque fragment, ou indiquez seulement le nombre de sites pour calculer un effectif et une longueur moyenne selon une répartition uniforme.

Quand l’utiliser

Prévoir les fragments d’un plasmide circulaire après une ou plusieurs coupures.
Calculer les fragments d’un ADN linéaire ou d’un produit PCR à partir de coordonnées en bp.
Obtenir une estimation moyenne lorsque seules la longueur du substrat et le nombre de sites sont connus.

Fonctionnement

1Indiquez la topologie du substrat : plasmide circulaire ou ADN linéaire.
2Choisissez le mode Positions de coupure pour calculer les longueurs exactes, ou le mode Nombre de sites pour une estimation moyenne.
3Saisissez la longueur totale en bp et, selon le mode choisi, les coordonnées séparées par des virgules ou le nombre de sites.
4Le résultat fournit les longueurs des fragments, leur nombre, la moyenne, les valeurs minimale et maximale, ainsi que la longueur totale.

Cas d’usage

Vérifier une carte de restriction de plasmide avant une double digestion.
Prévoir le profil de fragments d’un produit PCR linéaire.
Comparer les tailles calculées aux bandes attendues sur un gel d’agarose, en gardant à l’esprit que les fragments de moins de 50 bp peuvent être difficiles à retenir.

Exemples

1. Double digestion d’un plasmide circulaire de 2686 bp

Étudiant en biologie moléculaire

Contexte

Un plasmide circulaire de 2686 bp possède deux sites de coupure situés aux positions 1000 et 2000.

Problème

Déterminer les fragments produits par cette double digestion.

Utilisation

Sélectionnez Plasmide circulaire et Positions de coupure, puis saisissez 2686 comme longueur et 1000, 2000 comme coordonnées.

Topologie : circulaire ; mode : positions ; longueur : 2686 bp ; coupures : 1000, 2000.

Résultat

Le calcul donne 2 fragments de 1000 bp et 1686 bp, pour un total conservé de 2686 bp. La longueur moyenne est de 1343 bp.

2. Digestion d’un produit PCR linéaire de 5000 bp

Chercheur préparant une vérification par gel

Contexte

Un produit PCR linéaire de 5000 bp est coupé aux positions internes 1500 et 3000.

Problème

Calculer les fragments terminaux et le fragment situé entre les deux coupures.

Utilisation

Sélectionnez ADN linéaire et Positions de coupure, puis indiquez 5000 bp et les coordonnées 1500, 3000.

FAQ

Combien de fragments produit un ADN circulaire avec n coupures ?

Un substrat circulaire produit n fragments, car le fragment passant par l’origine est refermé.

Combien de fragments produit un ADN linéaire avec n coupures ?

Un substrat linéaire produit n+1 fragments, en incluant les deux fragments terminaux.

Comment saisir les positions de coupure ?

Saisissez des coordonnées uniques, internes au substrat et séparées par des virgules, par exemple 1000, 2000.

Que calcule le mode Nombre de sites ?

Il calcule le nombre de fragments et leur longueur moyenne en supposant une répartition uniforme des coupures.

Quelle fréquence attendre pour un site de restriction de 6 bases ?

Dans un ADN aléatoire, un site de 6 bases est attendu environ tous les 4096 bp. Cette valeur reste théorique et dépend de la séquence réelle.

Topologie : linéaire ; mode : positions ; longueur : 5000 bp ; coupures : 1500, 3000.

3. Estimation moyenne avec un nombre de sites connu

Enseignant en travaux pratiques

Contexte

Un ADN linéaire de 4096 bp comporte 3 sites de coupure, mais leurs positions exactes ne sont pas disponibles.

Problème

Estimer le nombre de fragments et leur taille moyenne pour préparer une discussion théorique.

Utilisation

Sélectionnez ADN linéaire et Nombre de sites, puis saisissez 4096 bp et 3 sites.

Topologie : linéaire ; mode : nombre de sites ; longueur : 4096 bp ; nombre de sites : 3.

Résultat

Le calcul estime 4 fragments, avec une longueur moyenne de 1024 bp selon une répartition uniforme. Les tailles individuelles réelles peuvent différer.

Exécuter cet outil

Exemples adaptés à cet outil

Continuer avec des outils et dossiers associés

Découvrez quand utiliser cet outil, ce qu'il prend en charge et comment les utilisateurs l'appliquent.

Points clés

Aperçu

Quand l’utiliser

Fonctionnement

Cas d’usage

Exemples

1. Double digestion d’un plasmide circulaire de 2686 bp

2. Digestion d’un produit PCR linéaire de 5000 bp

FAQ

Exemples de Traitement d'Images Web Python

Exemples de Longueur et Distance

Exemples d Unites de Longueur

Exemples de Traitement d'Images Android Java

Analyseur de composition en acides aminés

Simulateur de l'effet goulot d'étranglement (perte d'hétérozygotie)

Processeur de Limites de Données

Propagateur d’orbite à éléments moyens de style ESA PB05 (Brouwer–Lyddane, J2–J6 + luni-solaire)

3. Estimation moyenne avec un nombre de sites connu