Combien de fragments produit un ADN circulaire avec n coupures ?

Un substrat circulaire produit n fragments, car le fragment passant par l’origine est refermé.

Combien de fragments produit un ADN linéaire avec n coupures ?

Un substrat linéaire produit n+1 fragments, en incluant les deux fragments terminaux.

Comment saisir les positions de coupure ?

Saisissez des coordonnées uniques, internes au substrat et séparées par des virgules, par exemple 1000, 2000.

Que calcule le mode Nombre de sites ?

Il calcule le nombre de fragments et leur longueur moyenne en supposant une répartition uniforme des coupures.

Quelle fréquence attendre pour un site de restriction de 6 bases ?

Dans un ADN aléatoire, un site de 6 bases est attendu environ tous les 4096 bp. Cette valeur reste théorique et dépend de la séquence réelle.

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Calculateur de longueur des fragments de restriction

Estime les tailles des fragments après digestion : un substrat circulaire avec n coupures produit n fragments (en bouclant l'origine), un linéaire en produit n+1. Le mode positions calcule les fragments exacts à partir de coordonnées séparées par des virgules ; le mode nombre de sites donne l'effectif et la moyenne pour une répartition uniforme. Inclut la fréquence attendue des sites dans l'ADN aléatoire : enzymes à 4 bases ~1 site/256 bp, à 6 bases ~1/4096 bp (REBASE/Sambrook), et des repères de résolution en agarose (<50 bp peut sortir du gel). Sources : Sambrook & Russell 3ᵉ éd., REBASE. Uniquement pour l'éducation.

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2 exemples

pUC19 (2686 bp) coupée en 1000 et 2000 → 1000 + 1686 bp

Une double digestion du plasmide circulaire pUC19 (2686 bp) avec un site de chaque enzyme aux positions 1000 et 2000 produit 2 fragments : 2000 − 1000 = 1000 bp et la pièce bouclant l'origine (2686 − 2000) + 1000 = 1686 bp. Le total (2686 bp) est conservé, les deux fragments se séparent bien sur agarose 1–1.5 %, et un site aléatoire à 6 bases n'apparaît qu'une fois tous les 4096 bp — deux sites dans 2686 bp est une carte chanceuse à revérifier.

{"result":"2 fragments: 1000, 1686 bp (total 2686 bp).","metadata":{"input":{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686},"result":{"fragments":[1000,1686],"fragmentCount":2,"meanLengthBp":1343,"minLengthBp":1000,"maxLengthBp":1686,"totalBp":2686}}}

Produit PCR linéaire de 5000 bp coupé en 1500 et 3000 → 3 fragments

Un produit PCR linéaire de 5000 bp digéré aux positions internes 1500 et 3000 donne trois fragments : 1500 (début à première coupure), 1500 (entre coupures) et 2000 (dernière coupure à la fin). L'ADN linéaire ajoute toujours les pièces terminales : 2 coupures donnent n+1 = 3 fragments ; les trois tombent dans la zone idéale d'un gel d'agarose à 1 %.

{"result":"3 fragments: 1500, 1500, 2000 bp (total 5000 bp).","metadata":{"input":{"topology":"linear","inputMode":"positions","substrateLengthBp":5000},"result":{"fragments":[1500,1500,2000],"fragmentCount":3,"meanLengthBp":1666.67,"minLengthBp":1500,"maxLengthBp":2000,"totalBp":5000}}}

Entrées

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6 réglages

ContenuCollez ou saisissez les valeurs principales.1

Positions de coupure (bp, séparées par des virgules)textRequisCut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.

RéglagesAjustez formats, plages, nombres et modes.5

Topologie du substratselectRequisCircular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.Mode de saisieselectRequisEnter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.Longueur du substrat (bp)numberRequisTotal length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.Nombre de sites de coupurenumberRequisNumber of cut sites (count mode); fragments = n circular or n+1 linear.DécimalesnumberOptionnel

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1. Double digestion d’un plasmide circulaire de 2686 bp

2. Digestion d’un produit PCR linéaire de 5000 bp

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Outils d encodage et de conversion audio

Outils de conversion de formats d image et d export anime

Outils d interchange JSON et de traduction de formats

3. Estimation moyenne avec un nombre de sites connu