Сколько фрагментов дают разрезы кольцевой ДНК?

Кольцевой субстрат с n разрезами даёт n фрагментов, включая фрагмент через начало координат.

Сколько фрагментов образуется у линейной ДНК?

Линейная ДНК с n разрезами даёт n+1 фрагмент.

Как вводить позиции разрезов?

Введите координаты от 1 до длины субстрата через запятую, например 1000, 2000.

Что показывает режим числа сайтов?

Он рассчитывает количество фрагментов и их средний размер при равномерном распределении сайтов.

Можно ли заранее оценить видимость фрагментов на агарозе?

Да, калькулятор даёт ориентиры по разрешению: фрагменты короче 50 п.н. могут потеряться.

Elysia Tools

Навигация

Education

Калькулятор длины рестрикционных фрагментов

Оценивает размеры фрагментов после рестрикции: кольцевой субстрат с n разрезами даёт n фрагментов (с заходом через начало координат), линейный — n+1. Режим позиций вычисляет точные фрагменты по координатам через запятую; режим числа сайтов даёт количество и средний размер при равномерном распределении. Плюс ожидаемая частота сайтов в случайной ДНК: 4-буквенные сайты ~1 на 256 п.н., 6-буквенные ~1 на 4096 п.н. (REBASE/Sambrook) и советы по разрешению агарозы (<50 п.н. может уйти). Источники: Sambrook & Russell 3-е изд., REBASE. Только для обучения.

Запуск

Запустить этот инструмент

Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.

Подготовленные примеры запуска

Нажмите пример, чтобы автоматически заполнить форму. Файлы по-прежнему нужно загрузить.

2 примеров

pUC19 (2686 п.н.) разрез в позициях 1000 и 2000 → 1000 + 1686 п.н.

Двойной рестрикция кольцевой pUC19 (2686 п.н.) с одним сайтом каждой ферменты в позициях 1000 и 2000 даёт 2 фрагмента: 2000 − 1000 = 1000 п.н. и фрагмент через начало координат (2686 − 2000) + 1000 = 1686 п.н. Сумма 2686 п.н. сохраняется, оба фрагмента хорошо разделяются на 1–1.5% агарозе, а случайная 6-буквенная сайт узнающая встречается лишь раз на 4096 п.н. — два сайта в 2686 п.н. счастливая карта, стоит перепроверить.

{"result":"2 fragments: 1000, 1686 bp (total 2686 bp).","metadata":{"input":{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686},"result":{"fragments":[1000,1686],"fragmentCount":2,"meanLengthBp":1343,"minLengthBp":1000,"maxLengthBp":1686,"totalBp":2686}}}

Линейный ПЦР-продукт 5000 п.н., разрезы в 1500 и 3000 → 3 фрагмента

Линейный ПЦР-продукт 5000 п.н., гидролизованный во внутренних позициях 1500 и 3000, даёт три фрагмента: 1500 (от начала до первого разреза), 1500 (между разрезами) и 2000 (от последнего разреза до конца). Линейная ДНК всегда добавляет концевые куски: 2 разреза дают n+1 = 3 фрагмента; все три лежат в оптимуме разрешения 1% агарозы.

{"result":"3 fragments: 1500, 1500, 2000 bp (total 5000 bp).","metadata":{"input":{"topology":"linear","inputMode":"positions","substrateLengthBp":5000},"result":{"fragments":[1500,1500,2000],"fragmentCount":3,"meanLengthBp":1666.67,"minLengthBp":1500,"maxLengthBp":2000,"totalBp":5000}}}

Ввод

Заполните нужные поля и запустите инструмент.

6 параметров

СодержимоеВставьте или введите основные значения.1

Позиции разрезов (п.н., через запятую)textОбязательноCut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.

НастройкиНастройте форматы, диапазоны, числа и режимы.5

Топология субстратаselectОбязательноCircular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.Режим вводаselectОбязательноEnter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.Длина субстрата (п.н.)numberОбязательноTotal length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.Число сайтов рестрикцииnumberОбязательноNumber of cut sites (count mode); fragments = n circular or n+1 linear.Знаков после запятойnumberНеобязательно

Результат

Готово к запуску

После запуска здесь появятся файлы, текст, структурированные данные или потоковый вывод.

Примеры

Примеры для этого инструмента

Связано

Калькулятор длины рестрикционных фрагментов

Запустить этот инструмент

Подготовленные примеры запуска

Ввод

Результат

Примеры для этого инструмента

Продолжить с похожими инструментами и темами

Подготовленные примеры запуска

Ввод

Результат

Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.

Ключевые факты

Обзор

Когда использовать

Как это работает

Сценарии использования

Примеры

1. Двойная рестрикция кольцевой pUC19

2. Рестрикция линейного ПЦР-продукта

FAQ

Примеры Обработки Изображений Web Python

Примеры Длины и Расстояния

Примеры Единиц Длины

Примеры Обработки Изображений Android Java

Анализатор аминокислотного состава

Симулятор эффекта бутылочного горлышка (потеря гетерозиготности)

Обработчик Границ Данных

Калькулятор молекулярной массы белка (по последовательности)

Инструменты для штрихкодов, QR-кодов и этикеток

Инструменты кодирования и конвертации аудио

Инструменты конвертации форматов изображений и анимированного экспорта

Инструменты JSON-обмена и перевода форматов

3. Средняя оценка при известном числе сайтов