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Calculadora de longitud de fragmentos de restricción
Estima los tamaños de los fragmentos tras la digestión: un sustrato circular con n cortes produce n fragmentos (envolviendo el origen) y uno lineal produce n+1. El modo de posiciones calcula fragmentos exactos a partir de coordenadas separadas por comas; el modo de número de sitios da el recuento y la media con distribución uniforme. Incluye la frecuencia esperada de sitios en ADN aleatorio: cortadores de 4 bases ~1 cada 256 bp, de 6 bases ~1 cada 4096 bp (REBASE/Sambrook), y avisos de resolución en agarosa (<50 bp puede perderse). Fuentes: Sambrook & Russell 3.ª ed., REBASE. Solo para educación.
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Guía de uso de la herramienta
Conoce cuándo usar esta herramienta, qué admite y cómo la aplican los usuarios.
Datos clave
Categoría
Education
Tipos de entrada
select, number, text
Tipo de salida
json
Cobertura de ejemplos
4
API disponible
Sí
Resumen
La calculadora de longitud de fragmentos de restricción estima el tamaño y el número de fragmentos de ADN tras una digestión. Usa posiciones de corte para obtener fragmentos exactos o introduce el número de sitios para calcular una estimación media en sustratos circulares o lineales.
Cuándo usarlo
Planificar una digestión simple o doble de un plásmido circular y comprobar los tamaños esperados.
Predecir los fragmentos de un producto de PCR o de otro ADN lineal a partir de sus posiciones de corte.
Obtener una estimación media cuando conoces el número de sitios, pero no sus coordenadas exactas.
Cómo funciona
1Selecciona la topología del sustrato: plásmido circular o ADN lineal.
2Elige entre introducir posiciones de corte separadas por comas o indicar únicamente el número de sitios.
3Especifica la longitud total del sustrato en pares de bases y, si usas el modo de posiciones, las coordenadas de corte.
4La herramienta devuelve los fragmentos, su cantidad, la longitud media, los tamaños mínimo y máximo y el total de pares de bases.
Casos de uso
Comprobar mapas de restricción de plásmidos antes de una digestión y comparar los tamaños esperados en un gel de agarosa.
Verificar los fragmentos generados al cortar un producto de PCR lineal en coordenadas internas conocidas.
Estimar rápidamente el tamaño medio de los fragmentos cuando solo se conoce el número de sitios de restricción.
Ejemplos
1. Doble digestión de pUC19 circular
Estudiante de biología molecular
Contexto
Un plásmido circular de 2686 bp tiene sitios de corte en las posiciones 1000 y 2000.
Problema
Calcular los fragmentos producidos por una doble digestión y comprobar que su suma conserva la longitud del plásmido.
Cómo usarlo
Selecciona Plásmido circular y Posiciones de corte; introduce 2686 bp y las coordenadas 1000, 2000.
Se obtienen 2 fragmentos de 1000 y 1686 bp, con una longitud total de 2686 bp y una media de 1343 bp.
2. Digestión de un producto de PCR lineal
Investigador en prácticas
Contexto
Un producto de PCR lineal mide 5000 bp y presenta cortes en las posiciones 1500 y 3000.
Problema
Determinar los tres fragmentos que deben aparecer después de la digestión.
Cómo usarlo
Selecciona ADN lineal y Posiciones de corte; introduce una longitud de 5000 bp y las posiciones 1500, 3000.
Preguntas frecuentes
¿Cuántos fragmentos produce un ADN circular con n cortes?
Un sustrato circular produce n fragmentos, incluido el fragmento que envuelve el origen.
¿Cuántos fragmentos produce un ADN lineal con n cortes?
Un sustrato lineal produce n+1 fragmentos porque incluye las dos piezas terminales.
¿Cómo se introducen las posiciones de corte?
Escribe coordenadas únicas, separadas por comas y contadas desde la base 1, por ejemplo: 1000, 2000.
¿Qué calcula el modo de número de sitios?
Calcula el número de fragmentos y su longitud media suponiendo una distribución uniforme de los sitios.
¿Qué significa que un sitio de 4 o 6 bases aparezca con cierta frecuencia?
En ADN aleatorio, un reconocedor de 4 bases aparece aproximadamente cada 256 bp y uno de 6 bases cada 4096 bp. Es una expectativa, no una predicción exacta.