Calculadora de longitud de fragmentos de restricción

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Guía de uso de la herramienta

Conoce cuándo usar esta herramienta, qué admite y cómo la aplican los usuarios.

Datos clave

Categoría: Education
Tipos de entrada: select, number, text
Tipo de salida: json
Cobertura de ejemplos: 4
API disponible: Sí

Resumen

La calculadora de longitud de fragmentos de restricción estima el tamaño y el número de fragmentos de ADN tras una digestión. Usa posiciones de corte para obtener fragmentos exactos o introduce el número de sitios para calcular una estimación media en sustratos circulares o lineales.

Cuándo usarlo

Planificar una digestión simple o doble de un plásmido circular y comprobar los tamaños esperados.
Predecir los fragmentos de un producto de PCR o de otro ADN lineal a partir de sus posiciones de corte.
Obtener una estimación media cuando conoces el número de sitios, pero no sus coordenadas exactas.

Cómo funciona

1Selecciona la topología del sustrato: plásmido circular o ADN lineal.
2Elige entre introducir posiciones de corte separadas por comas o indicar únicamente el número de sitios.
3Especifica la longitud total del sustrato en pares de bases y, si usas el modo de posiciones, las coordenadas de corte.
4La herramienta devuelve los fragmentos, su cantidad, la longitud media, los tamaños mínimo y máximo y el total de pares de bases.

Casos de uso

Comprobar mapas de restricción de plásmidos antes de una digestión y comparar los tamaños esperados en un gel de agarosa.
Verificar los fragmentos generados al cortar un producto de PCR lineal en coordenadas internas conocidas.
Estimar rápidamente el tamaño medio de los fragmentos cuando solo se conoce el número de sitios de restricción.

Ejemplos

1. Doble digestión de pUC19 circular

Estudiante de biología molecular

Contexto

Un plásmido circular de 2686 bp tiene sitios de corte en las posiciones 1000 y 2000.

Problema

Calcular los fragmentos producidos por una doble digestión y comprobar que su suma conserva la longitud del plásmido.

Cómo usarlo

Selecciona Plásmido circular y Posiciones de corte; introduce 2686 bp y las coordenadas 1000, 2000.

topology: circular; inputMode: positions; substrateLengthBp: 2686; cutPositions: 1000, 2000

Resultado

Se obtienen 2 fragmentos de 1000 y 1686 bp, con una longitud total de 2686 bp y una media de 1343 bp.

2. Digestión de un producto de PCR lineal

Investigador en prácticas

Contexto

Un producto de PCR lineal mide 5000 bp y presenta cortes en las posiciones 1500 y 3000.

Problema

Determinar los tres fragmentos que deben aparecer después de la digestión.

Cómo usarlo

Selecciona ADN lineal y Posiciones de corte; introduce una longitud de 5000 bp y las posiciones 1500, 3000.

Preguntas frecuentes

¿Cuántos fragmentos produce un ADN circular con n cortes?

Un sustrato circular produce n fragmentos, incluido el fragmento que envuelve el origen.

¿Cuántos fragmentos produce un ADN lineal con n cortes?

Un sustrato lineal produce n+1 fragmentos porque incluye las dos piezas terminales.

¿Cómo se introducen las posiciones de corte?

Escribe coordenadas únicas, separadas por comas y contadas desde la base 1, por ejemplo: 1000, 2000.

¿Qué calcula el modo de número de sitios?

Calcula el número de fragmentos y su longitud media suponiendo una distribución uniforme de los sitios.

¿Qué significa que un sitio de 4 o 6 bases aparezca con cierta frecuencia?

En ADN aleatorio, un reconocedor de 4 bases aparece aproximadamente cada 256 bp y uno de 6 bases cada 4096 bp. Es una expectativa, no una predicción exacta.

topology: linear; inputMode: positions; substrateLengthBp: 5000; cutPositions: 1500, 3000

3. Estimación media con un número conocido de sitios

Docente de laboratorio

Contexto

Se analiza un sustrato circular de 4000 bp con 4 sitios de corte, pero no se conocen sus coordenadas.

Problema

Estimar cuántos fragmentos se esperan y cuál sería su tamaño medio bajo una distribución uniforme.

Cómo usarlo

Selecciona Plásmido circular y Número de sitios; introduce 4000 bp y 4 sitios.

topology: circular; inputMode: count; substrateLengthBp: 4000; cutSiteCount: 4

Resultado

Se estiman 4 fragmentos con una longitud media de 1000 bp. Los tamaños individuales no se determinan sin posiciones exactas.

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Cuándo usarlo

Cómo funciona

Casos de uso

Ejemplos

1. Doble digestión de pUC19 circular

2. Digestión de un producto de PCR lineal

Preguntas frecuentes

Ejemplos de Procesamiento de Imágenes Web Python

Ejemplos de Longitud y Distancia

Muestras de Unidades de Longitud

Ejemplos de Procesamiento de Imágenes Android Java

Analizador de composición de aminoácidos

Simulador del efecto cuello de botella (pérdida de heterocigosidad)

Procesador de Límites de Datos

Propagador de órbita de elementos medios estilo PB05 de la ESA (Brouwer–Lyddane, J2–J6 + lunisolar)

3. Estimación media con un número conocido de sitios