Calculadora de massa molecular de proteína (por sequência)

Calculadora de massa molecular de proteína (por sequência) | Ferramenta online grátis | Elysia Tools

Guia de uso da ferramenta

Veja quando usar esta ferramenta, o que ela suporta e como os usuários a aplicam.

Fatos principais

Categoria: Education
Tipos de entrada: textarea, number
Tipo de saída: json
Cobertura de exemplos: 4
API pronta: Sim

Visão geral

Calcule a massa molecular média de uma proteína a partir da sequência de aminoácidos. A ferramenta soma as massas médias dos resíduos, adiciona H₂O e retorna o valor em Da, kDa, a massa média por resíduo e o comprimento da cadeia.

Quando usar

Estimar a massa molecular de uma proteína ou peptídeo a partir da sequência.
Converter uma sequência de aminoácidos em massa aproximada em Da e kDa.
Conferir sequências padrão ou tags de afinidade antes de planejar um experimento.

Como funciona

1Insira a sequência de aminoácidos usando o código de uma letra, sem distinguir maiúsculas de minúsculas.
2A ferramenta remove espaços e os separadores * - . da entrada.
3As massas médias dos resíduos são somadas e a massa de H₂O, 18,01524 Da, é adicionada.
4O resultado informa massa em Da e kDa, comprimento, massa média por resíduo e eventuais códigos ambíguos.

Casos de uso

Estimativa rápida da massa de proteínas recombinantes e peptídeos.
Verificação de tags de afinidade e sequências usadas em construções de expressão.
Conferência educacional de tabelas de massas médias de aminoácidos.

Exemplos

1. Tag His MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH

Pesquisador de expressão proteica

Contexto

Uma construção recombinante contém a sequência padrão MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH antes da proteína de interesse.

Problema

Estimar a contribuição de massa da tag para comparar a construção marcada com a versão sem tag.

Como usar

Insira a sequência no campo de aminoácidos e mantenha 2 casas decimais.

Sequência: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH; casas decimais: 2.

Resultado

O resultado é aproximadamente 2181,34 Da, ou 2,18 kDa, para 20 resíduos, com massa média de 108,17 Da por resíduo.

2. Verificação com os 20 aminoácidos padrão

Estudante de bioquímica

Contexto

Uma sequência de autoverificação contém cada um dos 20 aminoácidos padrão exatamente uma vez: ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY.

Problema

Confirmar a soma das massas médias dos resíduos e visualizar o comprimento da sequência.

Como usar

Cole ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY na entrada e selecione 2 casas decimais.

Perguntas frequentes

Quais símbolos podem ser usados na sequência?

Use os códigos de uma letra dos aminoácidos. Espaços e os separadores * - . são ignorados.

A sequência diferencia letras maiúsculas e minúsculas?

Não. A entrada não diferencia maiúsculas de minúsculas.

Como a massa molecular é calculada?

A ferramenta soma as massas médias dos resíduos e adiciona 18,01524 Da, correspondente à água.

Como os códigos B, J, O, U, X e Z são tratados?

Eles não são incluídos na soma da massa, mas são contados e reportados no resultado.

O resultado inclui modificações ou remoção de peptídeo sinal?

Não. O cálculo representa a cadeia polipeptídica não modificada, sem PTMs, tags, remoção de peptídeo sinal ou ajuste por pontes dissulfeto.

Sequência: ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY; casas decimais: 2.

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Fatos principais

Visão geral

Quando usar

Como funciona

Casos de uso

Exemplos

1. Tag His MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH

2. Verificação com os 20 aminoácidos padrão

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