Protein-Molekularmassen-Rechner (nach Sequenz)

Protein-Molekularmassen-Rechner (nach Sequenz) | Kostenloses Online-Tool | Elysia Tools

Leitfaden zur Tool-Nutzung

Erfahren Sie, wann dieses Tool passt, was es unterstützt und wie Nutzer es anwenden.

Wichtige Fakten

Kategorie: Education
Eingabetypen: textarea, number
Ausgabetyp: json
Sample-Abdeckung: 4
API bereit: Ja

Überblick

Der Protein-Molekularmassen-Rechner bestimmt die Molekularmasse einer unmodifizierten Polypeptidkette aus ihrer Aminosäuresequenz. Er liefert die Masse in Da und kDa, die mittlere Restmasse sowie die Sequenzlänge nach der mittleren Restmassentabelle von ExPASy ProtParam.

Wann verwenden

Wenn Sie die theoretische Molekularmasse eines Proteins oder Peptids aus einer Ein-Buchstaben-Sequenz berechnen möchten.
Wenn Sie eine erwartete SDS-PAGE-Bandengröße oder eine Konstruktmasse grob einordnen möchten.
Wenn Sie Sequenzlänge, mittlere Restmasse und Molekularmasse für Ausbildungs- oder Laborplanungen benötigen.

So funktioniert es

1Geben Sie die Aminosäuresequenz im Ein-Buchstaben-Code ein; Groß- und Kleinschreibung werden gleichermaßen erkannt.
2Leerzeichen sowie die Trennzeichen *, - und . werden automatisch entfernt.
3Die mittleren Restmassen der Standardaminosäuren werden addiert und um 18,01524 Da für Wasser ergänzt.
4Das Ergebnis zeigt Da, kDa, Sequenzlänge und mittlere Masse pro Rest; die Dezimalstellen können von 0 bis 8 festgelegt werden.

Anwendungsfälle

Theoretische Massenbestimmung von rekombinanten Proteinen, Peptiden und Fusionskonstrukten.
Schneller Vergleich einer berechneten Konstruktmasse mit einer erwarteten experimentellen Proteinbande.
Übungs- und Selbstkontrolle bei der Auswertung von Aminosäuresequenzen in der Biochemie.

Beispiele

1. Molekularmasse eines 6×His-Tags berechnen

Proteinbiologin

Hintergrund

Für die Planung eines Expressionskonstrukts soll die Masse der Sequenz MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH bestimmt werden.

Aufgabe

Die zusätzliche Masse des Affinitätstags soll von der Masse des vollständigen Fusionsproteins unterschieden werden.

Verwendung

Geben Sie die Sequenz in das Feld „Aminosäuresequenz“ ein und wählen Sie 2 Dezimalstellen.

Sequenz: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH; Dezimalstellen: 2

Ergebnis

Der Rechner gibt 2181,34 Da beziehungsweise 2,18 kDa für 20 Reste aus.

2. Kontrollsequenz mit allen Standardaminosäuren

Studierender

Hintergrund

Eine Lehrveranstaltung verwendet eine Sequenz, die jede der 20 Standardaminosäuren genau einmal enthält.

Aufgabe

Die Berechnung soll als Plausibilitätskontrolle für eine Sequenz-Massentabelle dienen.

Verwendung

Geben Sie ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY ein und setzen Sie die Dezimalstellen auf 2.

FAQ

Welche Sequenz kann ich eingeben?

Verwenden Sie eine Aminosäuresequenz im Ein-Buchstaben-Code. Die Eingabe ist nicht zwischen Groß- und Kleinschreibung unterscheidend.

Werden Leerzeichen und Trennzeichen berücksichtigt?

Leerzeichen sowie *, - und . werden vor der Berechnung entfernt.

Wie wird die Molekularmasse berechnet?

Die mittleren Restmassen werden summiert und anschließend 18,01524 Da für Wasser addiert.

Was passiert mit Ambiguitätscodes wie X oder B?

B, J, O, U, X und Z werden nicht in die Masse einbezogen, sondern gezählt und im Ergebnis gemeldet.

Berücksichtigt der Rechner Modifikationen oder Disulfidbrücken?

Nein. Das Ergebnis beschreibt die unmodifizierte Polypeptidkette ohne Signalpeptid-Abspaltung, Disulfidbrücken, PTMs oder Tags.

Sequenz: ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY; Dezimalstellen: 2

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