Calculateur de masse moléculaire de protéine (par séquence)

Calculateur de masse moléculaire de protéine (par séquence) | Outil en ligne gratuit | Elysia Tools

Guide d'utilisation de l'outil

Découvrez quand utiliser cet outil, ce qu'il prend en charge et comment les utilisateurs l'appliquent.

Points clés

Catégorie: Education
Types d’entrée: textarea, number
Type de sortie: json
Exemples associés: 4
API disponible: Oui

Aperçu

Ce calculateur estime la masse moléculaire moyenne d’une protéine à partir de sa séquence d’acides aminés. Il utilise la table de masses moyennes des résidus d’ExPASy ProtParam, ajoute H₂O et fournit la masse en Da, en kDa, la longueur et la masse moyenne par résidu.

Quand l’utiliser

Estimer rapidement la masse d’un peptide ou d’une chaîne polypeptidique à partir de sa séquence.
Vérifier la masse théorique d’une construction contenant une séquence d’étiquette.
Comparer une séquence avec une masse attendue avant une analyse biochimique ou pédagogique.

Fonctionnement

1Saisissez une séquence d’acides aminés à une lettre, en majuscules ou en minuscules.
2Les espaces et séparateurs *, - et . sont automatiquement ignorés.
3Le calcul additionne les masses moyennes des résidus standards puis ajoute 18,01524 Da pour H₂O.
4Le résultat indique la masse en Da et en kDa, la longueur et la masse moyenne par résidu.

Cas d’usage

Calculer la masse théorique d’un peptide ou d’une protéine courte.
Contrôler une séquence d’étiquette d’affinité avant une construction expérimentale.
Effectuer un contrôle pédagogique de la table de masses des 20 acides aminés standards.

Exemples

1. Masse d’une étiquette His

Chercheur en biologie moléculaire

Contexte

Une construction portant l’étiquette MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH doit être caractérisée par sa masse théorique.

Problème

Obtenir rapidement la masse de cette séquence de 20 résidus pour interpréter une masse apparente.

Utilisation

Saisissez la séquence MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH et conservez le réglage de 2 décimales.

Séquence : MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH ; décimales : 2

Résultat

Le calcul renvoie environ 2181,34 Da, soit 2,18 kDa, avec une masse moyenne de 108,17 Da par résidu.

2. Contrôle des 20 acides aminés standards

Étudiant en biochimie

Contexte

Une séquence de contrôle contient chacun des 20 acides aminés standards exactement une fois.

Problème

Vérifier une table de masses moyennes et observer la différence entre masse totale et masse moyenne par résidu.

Utilisation

Saisissez ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY avec 2 décimales.

FAQ

Quelles séquences puis-je saisir ?

Saisissez une séquence d’acides aminés au format à une lettre, sans distinction entre majuscules et minuscules.

Les espaces et les séparateurs sont-ils acceptés ?

Oui. Les espaces ainsi que les séparateurs *, - et . sont retirés avant le calcul.

Comment les codes d’ambiguïté sont-ils traités ?

Les codes B, J, O, U, X et Z ne sont pas inclus dans la somme des masses, mais ils sont comptés et signalés.

Le calcul inclut-il les modifications de la protéine ?

Non. Il concerne une chaîne polypeptidique non modifiée, sans clivage du peptide signal, ponts disulfures, PTM ni étiquette ajoutée.

Puis-je choisir le nombre de décimales ?

Oui. Le nombre de décimales peut être réglé de 0 à 8, avec 2 décimales par défaut.

Séquence : ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY ; décimales : 2

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1. Masse d’une étiquette His

2. Contrôle des 20 acides aminés standards

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