Calculateur de masse moléculaire de protéine (par séquence) | Outil en ligne gratuit | Elysia Tools
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Calculateur de masse moléculaire de protéine (par séquence)
Calcule la masse moléculaire d'une protéine depuis sa séquence : MW = Σ masses moyennes des résidus + H₂O (18,01524 Da), avec la même table qu'ExPASy ProtParam (A 71,0788 … W 186,2132). L'entrée est insensible à la casse ; espaces et séparateurs * - . sont retirés ; les codes d'ambiguïté (B/J/O/U/X/Z) ne sont pas sommés mais comptés et signalés. Le résultat est la chaîne polypeptidique non modifiée : sans clivage du peptide signal, ponts disulfures (−2H par pont), PTM ni étiquettes. Renvoie kDa, masse moyenne par résidu et longueur. Sources : ExPASy ProtParam (Gasteiger 2005), handbook de Fasman. Uniquement à but éducatif.
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Guide d'utilisation de l'outil
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Points clés
Catégorie
Education
Types d’entrée
textarea, number
Type de sortie
json
Exemples associés
4
API disponible
Oui
Aperçu
Ce calculateur estime la masse moléculaire moyenne d’une protéine à partir de sa séquence d’acides aminés. Il utilise la table de masses moyennes des résidus d’ExPASy ProtParam, ajoute H₂O et fournit la masse en Da, en kDa, la longueur et la masse moyenne par résidu.
Quand l’utiliser
Estimer rapidement la masse d’un peptide ou d’une chaîne polypeptidique à partir de sa séquence.
Vérifier la masse théorique d’une construction contenant une séquence d’étiquette.
Comparer une séquence avec une masse attendue avant une analyse biochimique ou pédagogique.
Fonctionnement
1Saisissez une séquence d’acides aminés à une lettre, en majuscules ou en minuscules.
2Les espaces et séparateurs *, - et . sont automatiquement ignorés.
3Le calcul additionne les masses moyennes des résidus standards puis ajoute 18,01524 Da pour H₂O.
4Le résultat indique la masse en Da et en kDa, la longueur et la masse moyenne par résidu.
Cas d’usage
Calculer la masse théorique d’un peptide ou d’une protéine courte.
Contrôler une séquence d’étiquette d’affinité avant une construction expérimentale.
Effectuer un contrôle pédagogique de la table de masses des 20 acides aminés standards.
Exemples
1. Masse d’une étiquette His
Chercheur en biologie moléculaire
Contexte
Une construction portant l’étiquette MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH doit être caractérisée par sa masse théorique.
Problème
Obtenir rapidement la masse de cette séquence de 20 résidus pour interpréter une masse apparente.
Utilisation
Saisissez la séquence MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH et conservez le réglage de 2 décimales.
Séquence : MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH ; décimales : 2
Résultat
Le calcul renvoie environ 2181,34 Da, soit 2,18 kDa, avec une masse moyenne de 108,17 Da par résidu.
2. Contrôle des 20 acides aminés standards
Étudiant en biochimie
Contexte
Une séquence de contrôle contient chacun des 20 acides aminés standards exactement une fois.
Problème
Vérifier une table de masses moyennes et observer la différence entre masse totale et masse moyenne par résidu.
Utilisation
Saisissez ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY avec 2 décimales.
FAQ
Quelles séquences puis-je saisir ?
Saisissez une séquence d’acides aminés au format à une lettre, sans distinction entre majuscules et minuscules.
Les espaces et les séparateurs sont-ils acceptés ?
Oui. Les espaces ainsi que les séparateurs *, - et . sont retirés avant le calcul.
Comment les codes d’ambiguïté sont-ils traités ?
Les codes B, J, O, U, X et Z ne sont pas inclus dans la somme des masses, mais ils sont comptés et signalés.
Le calcul inclut-il les modifications de la protéine ?
Non. Il concerne une chaîne polypeptidique non modifiée, sans clivage du peptide signal, ponts disulfures, PTM ni étiquette ajoutée.
Puis-je choisir le nombre de décimales ?
Oui. Le nombre de décimales peut être réglé de 0 à 8, avec 2 décimales par défaut.