Kd é a constante de dissociação usada para descrever a afinidade entre uma proteína e o DNA. Valores menores indicam ligação mais forte.

Quais dados posso inserir?

Você pode inserir diretamente a fração ligada entre 0 e 1 ou informar a anisotropia medida, a anisotropia do estado livre e a do estado ligado.

Como a fração ligada é calculada no modo de anisotropia?

A ferramenta usa f = (r − r livre) ÷ (r ligado − r livre), comparando a amostra com os estados livre e totalmente ligado.

O que significa f = 0,5?

Quando metade do DNA está ligada, o modelo estima Kd igual à concentração de proteína usada.

A calculadora ajusta uma curva completa de titulação?

Não. Ela estima Kd a partir de um único ponto e pressupõe equilíbrio 1:1 com proteína em grande excesso.

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Calculadora de afinidade proteína-DNA (estimativa de Kd)

Estima o Kd a partir de um ponto segundo o equilíbrio 1:1: com proteína em excesso, f = [P]÷([P]+Kd), logo Kd = [P]×(1−f)÷f; com f = 0,5 o Kd iguala a concentração de proteína. Duas entradas: fração ligada direta (0–1) ou anisotropia de fluorescência f = (r−rlivre)÷(rligado−rlivre). Acrescenta ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C por padrão). Faixas: <1 nM muito forte, 1–100 nM forte (alvos típicos de fatores de transcrição), 100 nM–1 µM moderada, >1 µM fraca (verificar sal e competidor poly(dI-dC)). Premissas: equilíbrio, 1:1, proteína em grande excesso; para curvas completas ajuste a titulação inteira. Fontes: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Apenas para educação.

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Fatos principais

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Como funciona

Casos de uso

Exemplos

1. Fração ligada de 0,5 em 50 nM de proteína

2. Estimativa por anisotropia de fluorescência

Perguntas frequentes

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