¿Qué fórmula utiliza la calculadora?

Usa el modelo de unión 1:1 con proteína en exceso: Kd = [P] × (1 − f) ÷ f.

¿Qué valores acepta el modo de fracción unida?

La fracción unida debe estar entre 0 y 1, sin incluir los extremos.

¿Cómo se calcula la fracción a partir de anisotropía?

Se calcula como f = (r − r libre) ÷ (r ligado − r libre).

¿Qué significa un Kd bajo?

Un Kd bajo indica una interacción más fuerte. Menos de 1 nM se clasifica como muy fuerte y 1–100 nM como fuerte.

¿La calculadora ajusta una curva completa de titulación?

No. Es una estimación de un solo punto; para una curva completa debe ajustarse la titulación entera.

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Calculadora de afinidad proteína-ADN (estimación de Kd)

Estima el Kd a partir de un punto según el equilibrio 1:1: con proteína en exceso, f = [P]÷([P]+Kd), luego Kd = [P]×(1−f)÷f; con f = 0.5 el Kd iguala la concentración de proteína. Dos entradas: fracción unida directa (0–1) o anisotropía de fluorescencia f = (r−rlibre)÷(rligado−rlibre). Añade ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C por defecto). Bandas: <1 nM muy fuerte, 1–100 nM fuerte (dianas típicas de factores transcripcionales), 100 nM–1 µM moderado, >1 µM débil (revisar sal y competidor poly(dI-dC)). Supuestos: equilibrio, 1:1, proteína en gran exceso; para curvas completas ajuste la titulación entera. Fuentes: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Solo para educación.

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f = 0.5 con 50 nM de proteína → Kd = 50 nM, ΔG° = −9.96 kcal/mol

Un punto de EMSA o anisotropía a 50 nM de proteína muestra la mitad del ADN marcado unido. Como f = 0.5, Kd = [P] = 50 nM directamente — una interacción secuencia-específica firme. A 25 °C esto equivale a ΔG° = RT·ln(5×10⁻⁸ M) ≈ −9.96 kcal/mol, en plena gama de buenas dianas de factores de transcripción.

{"result":"Kd ≈ 50 nM (fraction bound 0.5 at 50 nM protein); ΔG° = −9.96 kcal/mol at 25 °C.","metadata":{"input":{"mode":"fraction","proteinConcNm":50,"fractionBound":0.5,"temperatureC":25},"result":{"kdNm":50,"fractionBound":0.5,"deltaGKcalMol":-9.96}}}

Anisotropía 0.18 entre 0.12/0.25 → f = 0.46, Kd = 23.33 nM

Un oligo marcado con fluoresceína da r_libre = 0.12 solo y r_ligado = 0.25 saturado de proteína. Una muestra con 20 nM de proteína lee r = 0.18, luego f = (0.18−0.12)/(0.25−0.12) = 0.46 y Kd = 20 × 0.54/0.46 = 23.33 nM (ΔG° = −10.41 kcal/mol a 25 °C). El ejemplo muestra el álgebra del modo anisotropía y el consejo práctico de medir r_libre y r_ligado en el mismo tampón.

{"result":"Kd ≈ 23.33 nM (fraction bound 0.46 from anisotropy 0.18); ΔG° = −10.41 kcal/mol.","metadata":{"input":{"mode":"anisotropy","proteinConcNm":20,"anisotropy":0.18,"anisotropyFree":0.12,"anisotropyBound":0.25},"result":{"kdNm":23.33,"fractionBound":0.46,"deltaGKcalMol":-10.41}}}

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8 opciones

AjustesAjusta formatos, rangos, números y modos.8

Modo de cálculoselectObligatorioEnter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.Concentración de proteína (nM)numberObligatorioTotal protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).Fracción unida (0–1)numberObligatorioFraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).Anisotropía medida (r)numberObligatorioAnisotropy of the sample (anisotropy mode).Anisotropía del estado libre (r libre)numberObligatorioAnisotropy of the unbound labeled DNA alone.Anisotropía del estado unido (r ligado)numberObligatorioAnisotropy of the fully bound complex (protein-saturated).Temperatura (°C)numberObligatorioIncubation temperature, used for ΔG° = RT·ln(Kd).DecimalesnumberOpcional

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1. Estimación directa con la mitad del ADN unido

2. Cálculo de Kd desde anisotropía de fluorescencia

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