Quelle formule le calculateur utilise-t-il ?

Il utilise Kd = [P] × (1 − f) ÷ f, où [P] est la concentration de protéine et f la fraction liée.

Que se passe-t-il si la fraction liée vaut 0,5 ?

Le Kd est égal à la concentration de protéine saisie.

Comment calculer la fraction liée avec l’anisotropie ?

La fraction liée est f = (r − r libre) ÷ (r lié − r libre).

Le calculateur analyse-t-il une courbe complète de titration ?

Non. Il estime le Kd à partir d’un seul point ; une courbe complète doit être ajustée dans son ensemble.

À quoi sert la valeur ΔG° ?

Elle estime l’énergie libre standard de liaison avec ΔG° = RT·ln(Kd), à la température indiquée.

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Calculateur d'affinité protéine-ADN (estimation de Kd)

Estime le Kd à partir d'un point selon l'équilibre 1:1 : en excès de protéine, f = [P]÷([P]+Kd), donc Kd = [P]×(1−f)÷f ; à f = 0,5 le Kd égale la concentration en protéine. Deux entrées : fraction liée directe (0–1) ou anisotropie de fluorescence f = (r−rlibre)÷(rlié−rlibre). Ajoute ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C par défaut). Bandes : <1 nM très forte, 1–100 nM forte (cibles typiques de facteurs de transcription), 100 nM–1 µM modérée, >1 µM faible (vérifier sel et compétiteur poly(dI-dC)). Hypothèses : équilibre, 1:1, protéine en grand excès ; pour une courbe complète, ajuster toute la titration. Sources : Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Uniquement pour l'éducation.

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f = 0,5 à 50 nM de protéine → Kd = 50 nM, ΔG° = −9,96 kcal/mol

Un point d'EMSA ou d'anisotropie à 50 nM de protéine montre la moitié de l'ADN marqué liée. Puisque f = 0,5, Kd = [P] = 50 nM directement — une interaction séquence-spécifique solide. À 25 °C cela donne ΔG° = RT·ln(5×10⁻⁸ M) ≈ −9,96 kcal/mol, bien dans la gamme des bonnes cibles de facteurs de transcription.

{"result":"Kd ≈ 50 nM (fraction bound 0.5 at 50 nM protein); ΔG° = −9.96 kcal/mol at 25 °C.","metadata":{"input":{"mode":"fraction","proteinConcNm":50,"fractionBound":0.5,"temperatureC":25},"result":{"kdNm":50,"fractionBound":0.5,"deltaGKcalMol":-9.96}}}

Anisotropie 0,18 entre 0,12/0,25 → f = 0,46, Kd = 23,33 nM

Un oligo marqué à la fluorescéine donne r_libre = 0,12 seul et r_lié = 0,25 saturé en protéine. Un échantillon à 20 nM de protéine lit r = 0,18, donc f = (0,18−0,12)/(0,25−0,12) = 0,46 et Kd = 20 × 0,54/0,46 = 23,33 nM (ΔG° = −10,41 kcal/mol à 25 °C). L'exemple illustre l'algèbre du mode anisotropie et le conseil pratique de mesurer r_libre et r_lié dans le même tampon.

{"result":"Kd ≈ 23.33 nM (fraction bound 0.46 from anisotropy 0.18); ΔG° = −10.41 kcal/mol.","metadata":{"input":{"mode":"anisotropy","proteinConcNm":20,"anisotropy":0.18,"anisotropyFree":0.12,"anisotropyBound":0.25},"result":{"kdNm":23.33,"fractionBound":0.46,"deltaGKcalMol":-10.41}}}

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RéglagesAjustez formats, plages, nombres et modes.8

Mode de calculselectRequisEnter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.Concentration de protéine (nM)numberRequisTotal protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).Fraction liée (0–1)numberRequisFraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).Anisotropie mesurée (r)numberRequisAnisotropy of the sample (anisotropy mode).Anisotropie de l'état libre (r libre)numberRequisAnisotropy of the unbound labeled DNA alone.Anisotropie de l'état lié (r lié)numberRequisAnisotropy of the fully bound complex (protein-saturated).Température (°C)numberRequisIncubation temperature, used for ΔG° = RT·ln(Kd).DécimalesnumberOptionnel

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1. Fraction liée de 0,5 à 50 nM de protéine

2. Estimation du Kd par anisotropie de fluorescence

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