Оценивает Kd по одной точке для равновесия 1:1: при избытке белка f = [P]÷([P]+Kd), значит Kd = [P]×(1−f)÷f; при f = 0.5 Kd равен концентрации белка. Два входа: доля связанной ДНК (0–1) или флуоресцентная анизотропия f = (r−rсвоб.)÷(rсвяз.−rсвоб.). Добавляет ΔG° = RT·ln(Kd) (по умолчанию 25 °C). Диапазоны: <1 нМ очень прочное, 1–100 нМ прочное (типичные мишени факторов транскрипции), 100 нМ–1 мкМ умеренное, >1 мкМ слабое (проверить соль и конкурент poly(dI-dC)). Допущения: равновесие, 1:1, большой избыток белка; для полных кривых аппроксимируйте всю титрацию. Источники: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Только для обучения.
Запуск
Запустить этот инструмент
Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.
Примеры
Примеры для этого инструмента
Связано
Продолжить с похожими инструментами и темами
Результат
Готово к запуску
После запуска здесь появятся файлы, текст, структурированные данные или потоковый вывод.
Руководство по использованию инструмента
Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.
Ключевые факты
Категория
Education
Типы ввода
select, number
Тип вывода
json
Покрытие примерами
4
API доступен
Да
Обзор
Калькулятор оценивает константу диссоциации Kd для связывания белка с ДНК по одной точке в модели 1:1. Введите долю связанной ДНК напрямую или рассчитайте её по данным флуоресцентной анизотропии; инструмент также вычислит ΔG° при заданной температуре.
Когда использовать
Чтобы быстро оценить Kd по одной измеренной доле связанной ДНК.
Чтобы перевести значения флуоресцентной анизотропии в долю связывания и затем получить Kd.
Чтобы ориентировочно сравнить силу взаимодействия по диапазону Kd и рассчитать ΔG°.
Как это работает
1Выберите режим: «Доля связанной» или «Флуоресцентная анизотропия».
2Введите концентрацию белка в нМ и необходимые значения связывания или анизотропии.
3Для режима анизотропии калькулятор находит f по формуле f = (r − rсвоб.) ÷ (rсвяз. − rсвоб.).
4Kd рассчитывается как [P] × (1 − f) ÷ f, после чего определяется ΔG° = RT·ln(Kd) при указанной температуре.
Сценарии использования
Первичная оценка связывания фактора транскрипции с последовательностью ДНК.
Расчёт Kd по одной точке EMSA или измерению флуоресцентной анизотропии.
Учебный разбор связи между долей связывания, концентрацией белка, Kd и ΔG°.
Примеры
1. Половина ДНК связана при 50 нМ белка
Исследователь молекулярной биологии
Контекст
В одной точке эксперимента при концентрации белка 50 нМ связана половина меченой ДНК.
Проблема
Нужно быстро оценить Kd и свободную энергию взаимодействия.
Как использовать
Выберите режим «Доля связанной», введите 50 нМ и f = 0,5, затем укажите температуру 25 °C.