Какая модель используется для расчёта Kd?

Используется равновесная модель связывания 1:1 при большом избытке белка над меченой ДНК.

Что означает значение f = 0,5?

При f = 0,5 оценённый Kd равен концентрации белка.

Какие данные нужны для режима анизотропии?

Нужны измеренная анизотропия образца, а также значения для свободной и полностью связанной ДНК.

Что показывает ΔG°?

Это оценка стандартной свободной энергии связывания, рассчитанная по Kd и заданной температуре.

Можно ли заменить полной кривой связывания одну точку?

Нет. Одна точка даёт ориентировочную оценку; для полной кривой следует аппроксимировать всю титрацию.

Elysia Tools

Навигация

Education

Калькулятор аффинности белок-ДНК (оценка Kd)

Оценивает Kd по одной точке для равновесия 1:1: при избытке белка f = [P]÷([P]+Kd), значит Kd = [P]×(1−f)÷f; при f = 0.5 Kd равен концентрации белка. Два входа: доля связанной ДНК (0–1) или флуоресцентная анизотропия f = (r−rсвоб.)÷(rсвяз.−rсвоб.). Добавляет ΔG° = RT·ln(Kd) (по умолчанию 25 °C). Диапазоны: <1 нМ очень прочное, 1–100 нМ прочное (типичные мишени факторов транскрипции), 100 нМ–1 мкМ умеренное, >1 мкМ слабое (проверить соль и конкурент poly(dI-dC)). Допущения: равновесие, 1:1, большой избыток белка; для полных кривых аппроксимируйте всю титрацию. Источники: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Только для обучения.

Запуск

Запустить этот инструмент

Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.

Примеры

Примеры для этого инструмента

Связано

Калькулятор аффинности белок-ДНК (оценка Kd)

Запустить этот инструмент

Примеры для этого инструмента

Продолжить с похожими инструментами и темами

Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.

Ключевые факты

Обзор

Когда использовать

Как это работает

Сценарии использования

Примеры

1. Половина ДНК связана при 50 нМ белка

2. Оценка Kd по флуоресцентной анизотропии

FAQ

Примеры Обработки Изображений Web Python

FLAC Аудио Образцы Без Авторских Прав

MP3 Аудио Образцы Без Авторских Прав

WAV Аудио Образцы Без Авторских Прав

Конвертер поглощения и пропускания (A = −log₁₀T)

Конвертер единиц активности фермента (U ↔ катал)

Молярный коэффициент экстинкции и закон Бугера-Ламберта-Бера (A = ε·c·l)

Калькулятор плотности клеток по OD600 (E. coli)

Калькуляторы количественной оценки белка, ферментной кинетики и последовательности