Analizador de composición de aminoácidos

Analizador de composición de aminoácidos | Herramienta online gratis | Elysia Tools

Guía de uso de la herramienta

Conoce cuándo usar esta herramienta, qué admite y cómo la aplican los usuarios.

Datos clave

Categoría: Education
Tipos de entrada: textarea, number
Tipo de salida: json
Cobertura de ejemplos: 4
API disponible: Sí

Resumen

Analiza una secuencia de aminoácidos para obtener el recuento y porcentaje molar de los 20 aminoácidos estándar, totales por grupo, GRAVY según Kyte–Doolittle y peso molecular según ProtParam. Los códigos ambiguos se cuentan por separado y no se incluyen en los porcentajes.

Cuándo usarlo

Para resumir la composición de una secuencia proteica antes de compararla con otras.
Para estimar la tendencia hidrofóbica o hidrofílica mediante el valor GRAVY.
Para revisar el contenido de aminoácidos básicos, ácidos, aromáticos, alifáticos y otros grupos.

Cómo funciona

1Introduce una secuencia de aminoácidos usando códigos de una letra, sin importar mayúsculas o minúsculas.
2El analizador ignora espacios y los separadores *, -, y . durante el recuento.
3Calcula recuentos, porcentajes molares, totales por grupo, GRAVY y peso molecular.
4Los códigos B, J, O, U, X y Z se contabilizan aparte y se excluyen de los porcentajes.

Casos de uso

Evaluar rápidamente la composición de etiquetas de afinidad o fragmentos cortos.
Comparar la hidrofobicidad media de secuencias candidatas.
Preparar análisis educativos de proteínas y revisar su peso molecular estimado.

Ejemplos

1. Análisis de una etiqueta 6×His

Investigador de biología molecular

Contexto

Una etiqueta MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH contiene un bloque enriquecido en histidina y serina.

Problema

Comprobar su composición y determinar si presenta una tendencia hidrofílica.

Cómo usarlo

Introduce MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH en el campo de secuencia y conserva 2 decimales.

Secuencia: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH; decimales: 2

Resultado

La secuencia tiene 20 residuos: H representa el 35%, S el 25% y G el 15%. El GRAVY es −1,19, indicativo de una tendencia hidrofílica.

2. Comprobación de una secuencia de poli-alanina

Estudiante de bioquímica

Contexto

Se quiere verificar el resultado esperado para una secuencia formada exclusivamente por diez alaninas.

Problema

Confirmar el porcentaje de alanina y el promedio de hidropatía de la secuencia.

Cómo usarlo

Introduce AAAAAAAAAA y selecciona 2 decimales.

Preguntas frecuentes

¿Qué secuencias acepta el analizador?

Acepta secuencias de aminoácidos escritas con códigos de una letra, sin distinguir entre mayúsculas y minúsculas.

¿Se ignoran los espacios de la secuencia?

Sí. También se ignoran los separadores *, -, y .

¿Qué significa el valor GRAVY?

Es el promedio de hidropatía según Kyte–Doolittle. Un valor mayor que cero indica una tendencia hidrofóbica y uno menor que cero, hidrofílica.

¿Cómo se tratan los códigos ambiguos?

B, J, O, U, X y Z se cuentan por separado y no se incluyen en los porcentajes molares.

¿Para qué sirve cambiar el número de decimales?

Permite elegir entre 0 y 8 decimales para mostrar los resultados numéricos.

Secuencia: AAAAAAAAAA; decimales: 2

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Casos de uso

Ejemplos

1. Análisis de una etiqueta 6×His

2. Comprobación de una secuencia de poli-alanina

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3. Revisión de códigos ambiguos en una secuencia