¿Qué secuencias acepta el analizador?

Acepta secuencias de aminoácidos escritas con códigos de una letra, sin distinguir entre mayúsculas y minúsculas.

¿Se ignoran los espacios de la secuencia?

Sí. También se ignoran los separadores *, -, y .

¿Qué significa el valor GRAVY?

Es el promedio de hidropatía según Kyte–Doolittle. Un valor mayor que cero indica una tendencia hidrofóbica y uno menor que cero, hidrofílica.

¿Cómo se tratan los códigos ambiguos?

B, J, O, U, X y Z se cuentan por separado y no se incluyen en los porcentajes molares.

¿Para qué sirve cambiar el número de decimales?

Permite elegir entre 0 y 8 decimales para mostrar los resultados numéricos.

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Analizador de composición de aminoácidos

Analiza la composición de una secuencia: recuentos y porcentajes molares de cada uno de los 20 aminoácidos estándar; totales por grupo (básicos K/R/H, ácidos D/E, aromáticos F/W/Y, azufrados C/M, alifáticos A/I/L/V, amidas N/Q, hidroxilo S/T, otros G/P); GRAVY con los valores de hidropatía de Kyte–Doolittle 1982 (>0 tendencia hidrofóbica, <0 hidrofílica; las globulares solubles suelen estar entre −1 y +0,3); y el peso molecular con la tabla de masas medias de ProtParam. Los códigos ambiguos (B/J/O/U/X/Z) se cuentan aparte y se excluyen de los porcentajes. Fuentes: Kyte & Doolittle 1982, ExPASy ProtParam, Lehninger. Solo para educación.

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2 ejemplos

Etiqueta His: H = 35 mol%, S = 25 mol%, GRAVY = −1,19

La etiqueta 6×His MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH es visiblemente polar en la tabla: la histidina sola es 7/20 = 35 mol% (el bloque 6×His más el His C-terminal) y la serina 5/20 = 25 mol%. El GRAVY de Kyte–Doolittle promedia −23,8/20 = −1,19, claramente hidrofílico — justo lo que se quiere para una etiqueta de afinidad expuesta al disolvente en la superficie de una proteína plegada.

{"result":"Composition of 20 residues: H 35.00 mol%, S 25.00 mol%, G 15.00 mol%; GRAVY = −1.19 (hydrophilic).","metadata":{"result":{"length":20,"counts":{"H":7,"S":5,"G":3},"molPercent":{"H":35},"gravy":-1.19}}}

Poli-alanina AAAAAAAAAA: GRAVY = +1,80, A = 100 mol%

Un tramo de deca-alanina es la prueba de cordura de hidropatía: la alanina (1,80 en la escala Kyte–Doolittle) al 100 mol% fija el GRAVY en +1,80 y el grupo alifático en 10/10. Estas puntuaciones de homopolímero rara vez persisten en secuencias reales — una proteína natural con promedio global mayor de +0,5 suele ser de membrana o insoluble.

{"result":"Composition of 10 residues: A 100.00 mol%; GRAVY = 1.8 (hydrophobic).","metadata":{"result":{"length":10,"counts":{"A":10},"molPercent":{"A":100},"gravy":1.8}}}

Entradas

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2 opciones

ContenidoPega o escribe los valores principales.1

Secuencia de aminoácidostextareaObligatorioOne-letter amino-acid sequence (case-insensitive; spaces and * - . separators are ignored).

AjustesAjusta formatos, rangos, números y modos.1

DecimalesnumberOpcional

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1. Análisis de una etiqueta 6×His

2. Comprobación de una secuencia de poli-alanina

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Ejemplos de Analizador de Consultas URL

Ejemplos de Procesamiento de Imágenes Android Java

Analizador de Volumen Plaquetario Medio (VPM)

Analizador del Ancho de Distribución de Eritrocitos (RDW)

Calculadora de Prueba T

Simulador del efecto cuello de botella (pérdida de heterocigosidad)

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Herramientas de codigo de barras, QR y etiquetas

Herramientas de codificacion y conversion de audio

Herramientas de conversion de formatos de imagen y exportacion animada

3. Revisión de códigos ambiguos en una secuencia