Calculadora del coeficiente de extinción proteico (ε280) | Herramienta online gratis | Elysia Tools
Elysia Tools
Navegación
Education
Calculadora del coeficiente de extinción proteico (ε280)
Calcula ε280 según Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncistina (M⁻¹cm⁻¹, error típico ±5%). Las cistinas son pares de Cys unidos por puente disulfuro y solo cuentan en estado oxidado (⌊Cys/2⌋); la herramienta devuelve los valores totalmente reducido y totalmente oxidado para acotar el estado real. El modo secuencia cuenta W/Y/C y calcula el peso molecular con las masas medias de ProtParam; el modo recuento toma números de residuos y un peso opcional. Incluye A0.1% = ε/PM (absorbancia de 1 mg/mL), es decir c = A/ε para volver de la lectura al concentrado. Ojo: proteínas sin Trp/Tyr tienen ε280 casi nulo (use A205 o BCA) y corrija la contaminación de ácidos nucleicos (A260). Fuentes: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Solo para educación.
Ejecución
Ejecutar esta herramienta
Completa el formulario, ejecuta la herramienta y revisa el resultado en un solo lugar.
Ejemplos
Ejemplos que encajan con esta herramienta
Relacionado
Continuar con herramientas y temas relacionados
Guía de uso de la herramienta
Conoce cuándo usar esta herramienta, qué admite y cómo la aplican los usuarios.
Datos clave
Categoría
Education
Tipos de entrada
select, textarea, number
Tipo de salida
json
Cobertura de ejemplos
4
API disponible
Sí
Resumen
Calcula el coeficiente de extinción proteico ε280 a partir de una secuencia o del recuento de Trp, Tyr y Cys. La herramienta muestra los valores para cisteínas reducidas y oxidadas, el peso molecular en modo secuencia y A0.1% cuando se dispone del peso molecular.
Cuándo usarlo
Estimar ε280 antes de medir la concentración de una proteína por absorbancia a 280 nm.
Resultado
Listo para ejecutar
Al ejecutar la herramienta, aquí verás archivos, texto, datos estructurados o salida en streaming.
Comparar los valores de ε280 en estados totalmente reducido y totalmente oxidado.
Convertir el coeficiente de extinción en A0.1% para una solución de 1 mg/mL.
Cómo funciona
1Elige el modo de entrada: secuencia de proteína o recuento de residuos.
2En modo secuencia, introduce códigos de una letra; se cuentan automáticamente W, Y y C y se calcula el peso molecular.
3En modo recuento, introduce el número de Trp, Tyr y Cys y, opcionalmente, el peso molecular en kDa.
4La herramienta aplica ε280 = 5500×Trp + 1490×Tyr + 125×cistina y devuelve los valores reducido, oxidado y A0.1% cuando corresponde.
Casos de uso
Planificación de mediciones de concentración en proteínas purificadas.
Estimación rápida de ε280 para péptidos y proteínas a partir de su secuencia.
Evaluación del efecto de los puentes disulfuro sobre la absorbancia calculada.
Ejemplos
1. Cadena A de insulina en modo secuencia
Investigador de biología molecular
Contexto
Se dispone de la secuencia GIVEQCCTSICSLYQLENYCN y se quiere estimar su absorbancia a 280 nm.
Problema
La secuencia contiene 0 Trp, 2 Tyr y 4 Cys, por lo que el estado de las cisteínas cambia el valor calculado.
Cómo usarlo
Selecciona "Secuencia de proteína", introduce la secuencia y elige cisteínas reducidas.
Secuencia: GIVEQCCTSICSLYQLENYCN; estado de Cys: todas reducidas; decimales: 2.
Resultado
ε280 totalmente reducido = 2980 M⁻¹cm⁻¹; el valor totalmente oxidado es 3230 M⁻¹cm⁻¹ y A0.1% es aproximadamente 1.25.
2. Estimación de ε280 para una enzima de 42 kDa
Técnico de laboratorio
Contexto
Una enzima tiene 3 Trp, 6 Tyr, 4 Cys y un peso molecular estimado de 42 kDa.
Problema
Se necesita calcular ε280 con las cisteínas en forma oxidada y estimar la absorbancia de 1 mg/mL.
Cómo usarlo
Selecciona "Recuento de residuos", introduce los recuentos, elige cisteínas oxidadas y añade 42 kDa.
Trp: 3; Tyr: 6; Cys: 4; estado de Cys: todas oxidadas; peso molecular: 42 kDa; decimales: 4.