Calculateur du coefficient d'extinction des protéines (ε280) | Outil en ligne gratuit | Elysia Tools
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Calculateur du coefficient d'extinction des protéines (ε280)
Calcule ε280 selon Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989 : ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncystine (M⁻¹cm⁻¹, erreur typique ±5%). Les cystines sont des paires de Cys liées par pont disulfure et ne comptent qu'à l'état oxydé (⌊Cys/2⌋) ; l'outil renvoie les valeurs tout-réduit et tout-oxydé pour encadrer l'état réel. Le mode séquence compte W/Y/C et calcule la masse moléculaire avec les masses moyennes ProtParam ; le mode comptage prend les nombres de résidus et une masse optionnelle. Inclut A0.1% = ε/PM (absorbance d'une solution à 1 mg/mL), soit c = A/ε pour revenir à la concentration. Attention : les protéines sans Trp/Tyr ont un ε280 quasi nul (utiliser A205 ou BCA) et corriger la contamination par acides nucléiques (A260). Sources : Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Uniquement pour l'éducation.
Exécution
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Exemples
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Guide d'utilisation de l'outil
Découvrez quand utiliser cet outil, ce qu'il prend en charge et comment les utilisateurs l'appliquent.
Points clés
Catégorie
Education
Types d’entrée
select, textarea, number
Type de sortie
json
Exemples associés
4
API disponible
Oui
Aperçu
Ce calculateur estime le coefficient d’extinction molaire ε280 d’une protéine à partir de sa séquence ou du nombre de résidus Trp, Tyr et Cys. Il distingue les états tout-réduit et tout-oxydé, calcule éventuellement la masse moléculaire en mode séquence et fournit A0.1% pour une solution à 1 mg/mL.
Quand l’utiliser
Estimer l’absorbance A280 d’une protéine avant une mesure au spectrophotomètre.
Résultat
Prêt à exécuter
Après exécution, les fichiers, textes, données structurées ou sorties en flux apparaîtront ici.
Convertir une absorbance à 280 nm en concentration à partir de ε280.
Comparer l’effet des cystéines réduites ou engagées dans des ponts disulfure.
Fonctionnement
1Choisissez le mode Séquence de protéine ou Nombre de résidus.
2En mode séquence, saisissez les codes à une lettre : l’outil compte automatiquement W, Y et C et estime la masse moléculaire.
3En mode comptage, indiquez les nombres de Trp, Tyr et Cys, puis sélectionnez l’état réduit ou oxydé et saisissez éventuellement la masse moléculaire.
4Le calcul applique ε280 = 5500×Trp + 1490×Tyr + 125×cystine et renvoie ε280, la borne opposée d’oxydation et A0.1% si la masse est disponible.
Cas d’usage
Préparer une estimation de concentration lors de la purification d’une protéine recombinante.
Évaluer rapidement l’absorbance attendue d’un peptide ou d’une chaîne protéique.
Encadrer ε280 lorsqu’il est impossible de confirmer l’état d’oxydation des cystéines.
Exemples
1. Chaîne A de l’insuline en mode séquence
Étudiant en biochimie
Contexte
L’étudiant veut estimer l’absorbance UV de la chaîne A humaine de l’insuline avant une mesure en laboratoire.
Problème
La séquence contient des tyrosines et des cystéines, mais aucun tryptophane ; l’état des ponts disulfure doit être comparé.
Utilisation
Sélectionnez « Séquence de protéine » et saisissez `GIVEQCCTSICSLYQLENYCN`, puis lancez le calcul.
ε280 vaut 25690 M⁻¹cm⁻¹, avec une valeur tout-réduit de 25440 M⁻¹cm⁻¹. A0.1% vaut 0,6117, soit une absorbance théorique proche de 0,61 à 1 mg/mL dans une cuve de 1 cm.
FAQ
Quels résidus contribuent à ε280 ?
Le tryptophane contribue 5500, la tyrosine 1490 et chaque cystine oxydée 125 M⁻¹cm⁻¹.
Comment les cystéines sont-elles comptées ?
À l’état réduit, elles ne contribuent pas. À l’état oxydé, les paires de Cys sont comptées comme cystines, soit ⌊Cys/2⌋.
Quelle séquence puis-je saisir ?
Utilisez les codes à une lettre des 20 acides aminés standards. Les en-têtes FASTA, espaces et caractères « * » sont retirés.
Que signifie A0.1% ?
A0.1% correspond à l’absorbance d’une solution à 1 mg/mL, calculée comme ε280 divisé par la masse moléculaire.
ε280 est-il fiable pour toutes les protéines ?
Non. Une protéine sans Trp ni Tyr peut avoir un ε280 presque nul ; envisagez A205 ou un dosage BCA et corrigez une éventuelle contamination par des acides nucléiques à A260.