Calculadora do coeficiente de extinção de proteínas (ε280) | Ferramenta online grátis | Elysia Tools
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Calculadora do coeficiente de extinção de proteínas (ε280)
Calcula ε280 segundo Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncistina (M⁻¹cm⁻¹, erro típico ±5%). Cistinas são pares de Cys em ponte dissulfeto e só contam no estado oxidado (⌊Cys/2⌋); a ferramenta devolve os valores totalmente reduzido e totalmente oxidado para limitar o estado real. O modo sequência conta W/Y/C e calcula a massa molecular com as massas médias ProtParam; o modo contagem recebe números de resíduos e massa opcional. Inclui A0.1% = ε/PM (absorbância de 1 mg/mL), ou seja c = A/ε para reverter à concentração. Atenção: proteínas sem Trp/Tyr têm ε280 quase nulo (use A205 ou BCA) e corrija contaminação por ácidos nucleicos (A260). Fontes: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Apenas para educação.
Execução
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Exemplos
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Guia de uso da ferramenta
Veja quando usar esta ferramenta, o que ela suporta e como os usuários a aplicam.
Fatos principais
Categoria
Education
Tipos de entrada
select, textarea, number
Tipo de saída
json
Cobertura de exemplos
4
API pronta
Sim
Visão geral
A Calculadora do coeficiente de extinção de proteínas (ε280) estima a absorbância molar a 280 nm a partir de uma sequência ou da contagem de Trp, Tyr e Cys. Ela apresenta os valores para estados totalmente reduzido e oxidado, além de A0.1% quando a massa molecular está disponível.
Quando usar
Estimar ε280 antes de medir a concentração de uma proteína por A280.
Resultado
Pronto para executar
Depois de executar, arquivos, texto, dados estruturados ou saída em streaming aparecerão aqui.
Comparar o efeito do estado reduzido ou oxidado das cisteínas na absorbância.
Calcular A0.1% para uma sequência proteica ou para uma proteína com massa molecular conhecida.
Como funciona
1Escolha o modo de entrada: sequência de proteína ou contagem de resíduos.
2No modo sequência, informe os códigos de uma letra; a ferramenta conta W, Y e C e estima a massa molecular.
3No modo contagem, informe o número de Trp, Tyr e Cys e, opcionalmente, a massa molecular em kDa.
4O cálculo aplica ε280 = 5500×Trp + 1490×Tyr + 125×cistina e mostra os valores reduzido, oxidado e A0.1% quando aplicável.
Casos de uso
Planejamento de medições de concentração por absorbância a 280 nm.
Estimativa de propriedades ópticas de peptídeos e proteínas a partir da sequência.
Avaliação do intervalo de ε280 quando o estado de oxidação das cisteínas não é conhecido.
Exemplos
1. Cálculo para a cadeia A da insulina
Pesquisador de biologia molecular
Contexto
A cadeia A humana da insulina contém 2 tirosinas, 4 cisteínas e nenhum triptofano na sequência informada.
Problema
Estimar ε280 nos estados reduzido e oxidado para interpretar uma leitura de absorbância.
Como usar
Selecione "Sequência de proteína" e insira `GIVEQCCTSICSLYQLENYCN`.
Estado das cisteínas: todas reduzidas; casas decimais: 2.
Resultado
O resultado é ε280 = 2980 M⁻¹cm⁻¹ no estado reduzido e 3230 M⁻¹cm⁻¹ no estado oxidado. A0.1% = 1,25.
2. Estimativa para uma enzima de 42 kDa
Cientista de laboratório
Contexto
Uma enzima tem massa molecular de 42 kDa, 3 triptofanos, 6 tirosinas e 4 cisteínas em pontes dissulfeto.
Problema
Calcular o coeficiente de extinção e a absorbância esperada para uma solução de 1 mg/mL.
Como usar
Selecione "Contagem de resíduos" e informe 3 Trp, 6 Tyr, 4 Cys e 42 kDa.
Estado das cisteínas: todas oxidadas; casas decimais: 4.
Resultado
O resultado é ε280 = 25690 M⁻¹cm⁻¹ e A0.1% = 0,6117.
Perguntas frequentes
O que é ε280?
É o coeficiente de extinção molar de uma proteína a 280 nm, expresso em M⁻¹cm⁻¹.
Quais resíduos contribuem para ε280?
Triptofano, tirosina e cistinas em pontes dissulfeto contribuem para o cálculo.
Como as cisteínas são consideradas?
Cisteínas reduzidas não contribuem; no estado oxidado, cada par de Cys forma uma cistina e contribui com 125 M⁻¹cm⁻¹.
Posso usar uma sequência FASTA?
Sim. Cabeçalhos FASTA, espaços e o símbolo '*' são removidos antes da contagem dos resíduos padrão.
O que significa A0.1%?
É a absorbância estimada de uma solução a 1 mg/mL, calculada como ε dividido pela massa molecular.