Считает ε280 по Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×nцистин (М⁻¹см⁻¹, типичная погрешность ±5%). Цистины — это пары Cys с дисульфидной связью, они учитываются только в окисленном состоянии (⌊Cys/2⌋); инструмент выдаёт оба значения — полностью восстановленного и полностью окисленного, чтобы ограничить реальное состояние. Режим последовательности сам считает W/Y/C и молекулярную массу по средним массам ProtParam; режим счёта принимает числа остатков и опциональную массу. Плюс A0.1% = ε/MW (поглощение 1 мг/мл), то есть c = A/ε для обратного пересчёта. Внимание: у белков без Trp/Tyr ε280 почти нулевой (используйте A205 или BCA) и учитывайте загрязнение нуклеиновыми кислотами (A260). Источники: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Только для обучения.
Запуск
Запустить этот инструмент
Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.
Примеры
Примеры для этого инструмента
Связано
Продолжить с похожими инструментами и темами
Руководство по использованию инструмента
Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.
Ключевые факты
Категория
Education
Типы ввода
select, textarea, number
Тип вывода
json
Покрытие примерами
4
API доступен
Да
Обзор
Калькулятор рассчитывает коэффициент экстинкции белка ε280 по числу Trp, Tyr и цистеинов, используя формулу Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989. В режиме последовательности W/Y/C и молекулярная масса определяются автоматически, а результат включает значения для восстановленного и окисленного состояния цистеинов и A0.1%.
Когда использовать
Чтобы оценить ε280 белка по аминокислотной последовательности.
Результат
Готово к запуску
После запуска здесь появятся файлы, текст, структурированные данные или потоковый вывод.
Чтобы рассчитать коэффициент по отдельным числам Trp, Tyr и Cys без последовательности.
Чтобы получить A0.1% для раствора белка концентрацией 1 мг/мл и сравнить влияние дисульфидных связей.
Как это работает
1Выберите режим последовательности или режим счёта остатков.
2В режиме последовательности вставьте однобуквенную последовательность белка; заголовки FASTA, пробелы и символ «*» удаляются.
3В режиме счёта укажите количество Trp, Tyr и Cys, а при необходимости — молекулярную массу в кДа.
4Калькулятор применяет ε280 = 5500×Trp + 1490×Tyr + 125×цистин и выводит значения для восстановленного и окисленного состояния.
Сценарии использования
Планирование измерения концентрации очищенного белка по A280.
Сравнение расчётного поглощения белка в восстановленном и окисленном состояниях.
Быстрая оценка ε280 для фермента или пептида при отсутствии готового значения.
Примеры
1. Расчёт для A-цепи инсулина
Исследователь молекулярной биологии
Контекст
Для A-цепи инсулина нужно оценить ε280 по известной аминокислотной последовательности.
Проблема
Последовательность содержит 0 Trp, 2 Tyr и 4 Cys, поэтому важно сравнить восстановленное и окисленное состояния.
Как использовать
Выберите «Последовательность белка» и вставьте `GIVEQCCTSICSLYQLENYCN`.
Состояние цистеинов: все восстановлены; знаков после запятой: 2.
Результат
Калькулятор выдаёт ε280 = 2980 М⁻¹см⁻¹ для восстановленного состояния и 3230 М⁻¹см⁻¹ для полностью окисленного, а также A0.1% ≈ 1,25.
2. Оценка ε280 фермента по числу остатков
Биохимик
Контекст
Для фермента известны состав ароматических аминокислот, число цистеинов и молекулярная масса 42 кДа.
Проблема
Нужно быстро получить ε280 и оценить поглощение раствора концентрацией 1 мг/мл.
Состояние цистеинов: все окислены; знаков после запятой: 4.
Результат
Результат: ε280 = 25690 М⁻¹см⁻¹, для восстановленного состояния — 25440 М⁻¹см⁻¹, A0.1% = 0,6117.
FAQ
Какая формула используется для расчёта ε280?
ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×nцистин, где коэффициент выражается в М⁻¹см⁻¹.
Как учитываются цистеины?
В восстановленном состоянии Cys не добавляют вклад. В полностью окисленном состоянии учитываются пары цистеинов: ⌊Cys/2⌋.
Можно ли ввести аминокислотную последовательность?
Да. В режиме последовательности калькулятор сам считает W, Y и C и оценивает молекулярную массу по средним массам ProtParam.
Что означает A0.1%?
Это расчётная абсорбция раствора с концентрацией 1 мг/мл: A0.1% = ε/MW.
Подходит ли ε280 для любого белка?
Для белков без Trp и Tyr ε280 может быть почти нулевым; в таких случаях рекомендуются A205 или BCA. Также учитывайте загрязнение нуклеиновыми кислотами по A260.