Analysiert die Zusammensetzung einer Sequenz: Häufigkeiten und Mol-Prozente jeder der 20 Standard-Aminosäuren; Gruppensummen (basisch K/R/H, sauer D/E, aromatisch F/W/Y, schwefelhaltig C/M, aliphatisch A/I/L/V, Amid N/Q, Hydroxyl S/T, sonstige G/P); GRAVY nach den Hydropathie-Werten von Kyte–Doolittle 1982 (>0 hydrophob, <0 hydrophil; lösliche Globuläre meist zwischen −1 und +0,3); dazu die Molekularmasse aus der ProtParam-Tabelle. Ambiguitätscodes (B/J/O/U/X/Z) werden separat gezählt und von den Prozenten ausgeschlossen. Quellen: Kyte & Doolittle 1982, ExPASy ProtParam, Lehninger. Nur für Ausbildung.
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Wichtige Fakten
Kategorie
Education
Eingabetypen
textarea, number
Ausgabetyp
json
Sample-Abdeckung
4
API bereit
Ja
Überblick
Der Aminosäurezusammensetzungs-Analysator wertet eine eingegebene Proteinsequenz aus und zeigt Häufigkeiten sowie Mol-Prozente der 20 Standard-Aminosäuren, Gruppensummen, den Kyte-Doolittle-GRAVY-Wert und die Molekularmasse nach ProtParam. Das Werkzeug dient ausschließlich der Ausbildung.
Wann verwenden
Wenn du die Verteilung der Aminosäuren in einer Protein- oder Peptidsequenz schnell bestimmen möchtest.
Wenn du hydrophobe oder hydrophile Tendenzen anhand des GRAVY-Werts vergleichen möchtest.
Wenn du Aminosäuren nach Gruppen wie basisch, sauer, aromatisch oder aliphatisch zusammenfassen möchtest.
So funktioniert es
1Gib eine Aminosäuresequenz im Einbuchstabencode ein. Groß- und Kleinschreibung werden berücksichtigt; Leerzeichen sowie *, - und . dienen als ignorierte Trennzeichen.
2Wähle optional die Anzahl der Dezimalstellen zwischen 0 und 8.
3Das Werkzeug zählt die 20 Standard-Aminosäuren und berechnet ihre Mol-Prozente sowie die definierten Gruppensummen.
4Zusätzlich werden der GRAVY-Mittelwert nach Kyte-Doolittle, die Molekularmasse nach ProtParam und separate Zählungen für Ambiguitätscodes ausgegeben.
Anwendungsfälle
Zusammensetzung und Aminosäureanteile von Proteinsequenzen für Lehrveranstaltungen untersuchen.
Hydrophobe und hydrophile Sequenzen anhand des GRAVY-Werts vergleichen.
Aminosäuregruppen und Molekularmassen für eine erste biochemische Sequenzanalyse erfassen.
Beispiele
1. Zusammensetzung eines 6×His-Tags
Biochemie-Studierende
Hintergrund
Ein 6×His-Tag soll hinsichtlich seiner Aminosäureverteilung und Hydropathie eingeordnet werden.
Aufgabe
Die dominierenden Aminosäuren und die hydrophile Tendenz sollen ohne manuelles Zählen bestimmt werden.
Verwendung
Die Sequenz `MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH` eingeben und die Dezimalstellen auf 2 setzen.
Sequenz: MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH; Dezimalstellen: 2
Ergebnis
Die Analyse umfasst 20 Reste: Histidin erreicht 35,00 Mol-%, Serin 25,00 Mol-% und Glycin 15,00 Mol-%. Der GRAVY-Wert beträgt −1,19 und wird als hydrophil eingeordnet.
2. GRAVY-Selbsttest mit Polyalanin
Proteinforschende
Hintergrund
Eine kurze Homopolymersequenz wird verwendet, um die Berechnung der Zusammensetzung und des Hydropathie-Mittelwerts zu prüfen.
Aufgabe
Es soll kontrolliert werden, ob einheitliche Aminosäuresequenzen die erwarteten Prozent- und GRAVY-Werte liefern.
Verwendung
Die Sequenz `AAAAAAAAAA` eingeben und die Dezimalstellen auf 2 setzen.
FAQ
Welche Eingabe benötigt der Analysator?
Er benötigt eine Aminosäuresequenz im Einbuchstabencode.
Werden Leerzeichen in der Sequenz akzeptiert?
Ja. Leerzeichen sowie *, - und . werden als Trennzeichen ignoriert.
Was bedeutet der GRAVY-Wert?
Der GRAVY-Wert ist die durchschnittliche Hydropathie nach Kyte-Doolittle. Positive Werte weisen auf eine hydrophobe, negative auf eine hydrophile Tendenz hin.
Wie behandelt das Werkzeug Ambiguitätscodes?
B, J, O, U, X und Z werden separat gezählt und nicht in die Prozentberechnung einbezogen.
Kann ich die Dezimalstellen anpassen?
Ja. Die Anzahl der Dezimalstellen kann von 0 bis 8 eingestellt werden und beträgt standardmäßig 2.