Какие последовательности принимает калькулятор?

Только последовательности ДНК из букв A, C, G и T длиной от 5 до 60 нуклеотидов, без учёта регистра.

Какой метод расчёта Tm выбрать?

Правило Уоллеса подходит для быстрой оценки коротких олигонуклеотидов. Для дизайна праймеров используйте метод ближайших соседей.

Зачем указывать концентрацию праймера и натрия?

Эти параметры участвуют в термодинамическом расчёте ближайших соседей и влияют на полученное значение Tm.

Что означает рекомендуемая Ta?

Это стартовая температура отжига, рассчитанная как Tm − 5°C.

Можно ли использовать результат как окончательную настройку ПЦР?

Нет. Калькулятор предназначен только для первичного скрининга; итоговые условия следует дополнительно проверить.

Elysia Tools

Навигация

Education

Калькулятор Tm праймера ПЦР (Уоллес / ближайшие соседи)

Вычисляет температуру плавления (Tm) ПЦР-праймера двумя методами, с выдачей обоих: правило Уоллеса Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (быстрая оценка для коротких олигов <14 нт, без учёта контекста, концентрации и соли) и унифицированный термодинамический метод ближайших соседей SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — с 16 параметрами стэкинга, терминальными членами инициации и поправкой на симметрию самокомплементарных последовательностей; задаётся концентрация праймера и натрия (семейство методов Primer3). Также выводятся GC-состав, состав оснований и рекомендуемая Ta = Tm − 5°C. Источники: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Только для первичного скрининга.

Запуск

Запустить этот инструмент

Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.

Примеры

Примеры для этого инструмента

Связано

Калькулятор Tm праймера ПЦР (Уоллес / ближайшие соседи)

Запустить этот инструмент

Примеры для этого инструмента

Продолжить с похожими инструментами и темами

Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.

Ключевые факты

Обзор

Когда использовать

Как это работает

Сценарии использования

Примеры

1. Проверка прямого праймера M13

2. Сравнение методов для короткого олигонуклеотида

FAQ

Примеры Обработки Изображений Web Python

Примеры Обработки Изображений Android Java

Примеры Обработки Изображений Android Kotlin

Примеры Обработки Изображений Web Rust

Конвертер поглощения и пропускания (A = −log₁₀T)

Калькулятор температуры отжига ПЦР (Ta = Tm − 5°C)

Анализатор родословных аутосомно-доминантного наследования

Калькулятор риска аутосомно-рецессивного наследования