Quelle séquence puis-je saisir ?

Une séquence d’ADN de 5 à 60 nucléotides contenant uniquement les bases A, C, G et T.

Quelle différence existe entre les deux méthodes ?

Wallace applique la formule 2 × (A+T) + 4 × (G+C), tandis que les plus proches voisins utilisent un modèle thermodynamique tenant compte de la séquence, de la concentration et du sodium.

Quand utiliser la règle de Wallace ?

Elle convient surtout à une estimation rapide de courts oligonucléotides, notamment sous 14 nucléotides.

Pourquoi renseigner la concentration d’amorce et de sodium ?

Ces paramètres sont utilisés par la méthode des plus proches voisins pour ajuster l’estimation thermodynamique de la Tm.

La Ta suggérée est-elle une température PCR définitive ?

Non. Ta = Tm − 5 °C est une température de départ indicative destinée au criblage initial et doit être validée expérimentalement.

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Calculateur de Tm d'amorce PCR (Wallace / plus proches voisins)

Calcule la température de fusion (Tm) d'une amorce PCR par deux méthodes, toutes deux affichées : la règle de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimation rapide pour courts oligos <14 nt, ignorant contexte, concentration et sel) et la méthode thermodynamique des plus proches voisins unifiée de SantaLucia 1998 : Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — 16 paramètres d'empilement, termes d'initiation terminale et correction de symétrie pour les séquences auto-complémentaires ; concentration d'amorce et de sodium réglables (famille utilisée par Primer3). Fournit aussi le contenu GC, la composition en bases et la Ta suggérée = Tm − 5°C. Sources : Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Uniquement pour le criblage initial.

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1. Amorce forward M13 : deux méthodes proches

2. Oligonucléotide alterné : écart entre Wallace et les plus proches voisins

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Convertisseur Absorbance↔Transmittance (A = −log₁₀T)

Calculateur de température d'hybridation PCR (Ta = Tm − 5°C)

Analyseur de pedigree d'hérédité autosomique dominante

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