Welche Sequenzen akzeptiert der Rechner?

Akzeptiert werden DNA-Sequenzen mit A, C, G und T, unabhängig von der Groß- und Kleinschreibung, mit 5 bis 60 Nukleotiden.

Wann ist die Wallace-Regel geeignet?

Sie dient als schnelle Schätzung für kurze Oligos unter 14 Nukleotiden und berücksichtigt weder Konzentration noch Salz oder Sequenzkontext.

Welche Konzentrationen benötigt die Nearest-Neighbor-Methode?

Für diese Methode werden die Primerkonzentration in nM und die Natriumkonzentration des Reaktionspuffers in mM eingegeben.

Ist die empfohlene Annealing-Temperatur verbindlich?

Nein. Ta = Tm − 5 °C ist nur ein Startwert für das Erstscreening und sollte experimentell sowie mit passenden Fachrechnern überprüft werden.

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PCR-Primer-Tm-Rechner (Wallace / Nearest-Neighbor)

Berechnet die Schmelztemperatur (Tm) eines PCR-Primers mit zwei Methoden, beide werden ausgegeben: die Wallace-Regel Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (Schnellschätzung für kurze Oligos <14 nt, ohne Kontext, Konzentration und Salz) und die vereinheitlichte Nearest-Neighbor-Thermodynamik nach SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — mit 16 Stacking-Parametern, terminalen Initiierungstermen und Symmetriekorrektur für selbstkomplementäre Sequenzen; Primer- und Natriumkonzentration einstellbar (Methodenfamilie von Primer3). Zusätzlich GC-Gehalt, Basenzusammensetzung und empfohlene Ta = Tm − 5°C. Quellen: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Nur für Erstscreening.

Ausführung

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Wichtige Fakten

Überblick

Wann verwenden

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Anwendungsfälle

Beispiele

1. M13-Forward-Primer mit übereinstimmenden Tm-Werten

2. Kurzes Oligo mit deutlicher Methodendifferenz

FAQ

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Android Kotlin Bildverarbeitungsbeispiele

Web Rust Bildverarbeitungsbeispiele

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