Как рассчитывается температура по простому правилу?

Из меньшего Tm пары праймеров вычитается 5°C: Ta = меньший Tm − 5°C.

Что учитывает формула Рыхлика?

Она использует Tm праймера и Tm продукта: Ta = 0.3×Tm праймера + 0.7×Tm продукта − 14.9.

Зачем нужен диапазон градиента?

Он задаёт интервал на 3°C ниже и выше рассчитанной Ta для планирования градиентной ПЦР.

Какой Tm праймеров использовать при простом расчёте?

Используйте меньшее значение Tm из прямого и обратного праймеров.

Что означает разница Tm праймеров более 2–3°C?

Такая разница может указывать на необходимость пересмотра пары праймеров; ориентироваться следует на меньший Tm.

Elysia Tools

Навигация

Education

Калькулятор температуры отжига ПЦР (Ta = Tm − 5°C)

Вычисляет температуру отжига (Ta) ПЦР по двум правилам: простое лабораторное Ta = Tm − 5°C (берётся МЕНЬШИЙ Tm пары праймеров) и эмпирическая формула Рыхлика 1990: Ta = 0.3×Tm(праймера) + 0.7×Tm(продукта) − 14.9 (Tm продукта обычно 75–90°C; формула даёт на 1–8°C выше простого правила для типичных пар). Выводит рекомендуемую Ta, диапазон градиента ±3°C и направление подстройки: низкая Ta даёт неспецифичные полосы и димеры, высокая — нет продукта; держите разницу Tm праймеров в пределах 2–3°C и отжигайте по меньшему. Источники: Rychlik 1990, Innis & Gelfand 1990, Lorenz 2012. Только для планирования.

Запуск

Запустить этот инструмент

Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.

Подготовленные примеры запуска

Нажмите пример, чтобы автоматически заполнить форму. Файлы по-прежнему нужно загрузить.

2 примеров

Стандартная пара: Ta = 55°C по меньшему Tm

Пара праймеров с прямым Tm = 62°C и обратным 60°C по простому правилу отжигается на МЕНЬШЕМ значении минус пять: Ta = 60 − 5 = 55°C, окно градиента 52–58°C. Разница Tm в 2°C укладывается в рекомендуемые ≤3°C — предупреждение о редизайне не срабатывает. При типичном Tm продукта 85°C перекрёстная проверка Рыхлика даёт выше (62.6°C) — хороший верхний диапазон, если простое правило размазывает полосы.

{"result":"Simple rule Ta = 55°C (gradient 52–58°C); Rychlik cross-check = 62.6°C.","metadata":{"input":{"rule":"simple","forwardTm":62,"reverseTm":60,"productTm":85},"result":{"simpleTa":55,"rychlikTa":62.6,"ta":55,"gradientRange":[52,58]}}}

Формула Рыхлика: 0.3×60 + 0.7×85 − 14.9 = 62.6°C

Та же пара (Tm 62/60) при Tm продукта 85°C по формуле Рыхлика 1990: Ta = 0.3×60 + 0.7×85 − 14.9 = 18 + 59.5 − 14.9 = 62.6°C — почти на 8°C выше простых 55°C. Формула даёт 70% веса стабильности дуплекса ампликона: продуктивная элонгация требует, чтобы весь продукт оставался спаренным; оптимизированные Рыхликом реакции действительно шли около этой точки. Используйте её как верхний край градиента, когда нужна максимальная специфичность.

{"result":"Rychlik Ta = 62.6°C (gradient 59.6–65.6°C); simple-rule cross-check = 55°C.","metadata":{"input":{"rule":"rychlik","forwardTm":62,"reverseTm":60,"productTm":85},"result":{"simpleTa":55,"rychlikTa":62.6,"ta":62.6,"gradientRange":[59.6,65.6]}}}

Ввод

Заполните нужные поля и запустите инструмент.

5 параметров

НастройкиНастройте форматы, диапазоны, числа и режимы.5

Правило расчётаselectОбязательноSimple rule uses the lower primer Tm; Rychlik also weighs the product Tm.Tm прямого праймера (°C)numberОбязательноMelting temperature of the forward primer.Tm обратного праймера (°C)numberОбязательноMelting temperature of the reverse primer.Tm продукта (°C, Рыхлик)numberОбязательноAmplicon melting temperature (typically 75–90°C for a 100–500 bp product); used by the Rychlik formula.Знаков после запятойnumberНеобязательно

Результат

Готово к запуску

После запуска здесь появятся файлы, текст, структурированные данные или потоковый вывод.

Примеры

Примеры для этого инструмента

Связано

Калькулятор температуры отжига ПЦР (Ta = Tm − 5°C)

Запустить этот инструмент

Подготовленные примеры запуска

Ввод

Результат

Примеры для этого инструмента

Продолжить с похожими инструментами и темами

Подготовленные примеры запуска

Ввод

Результат

Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.

Ключевые факты

Обзор

Когда использовать

Как это работает

Сценарии использования

Примеры

1. Стандартная пара праймеров по простому правилу

2. Расчёт по формуле Рыхлика

FAQ

Примеры Обработки Изображений Web Python

Примеры Обработки Изображений Android Java

Примеры Обработки Изображений Android Kotlin

Примеры Обработки Изображений Web Rust

Анализатор родословных аутосомно-доминантного наследования

Калькулятор риска аутосомно-рецессивного наследования

Калькулятор подсчёта клеток в камере Горяева

Калькулятор времени удвоения клеток

Инструменты кодирования и конвертации аудио

Инструменты конвертации форматов изображений и анимированного экспорта

Инструменты JSON-обмена и перевода форматов

Инструменты перевода цветовых пространств для веба и печати