Calculateur de température d'hybridation PCR (Ta = Tm − 5°C) | Outil en ligne gratuit | Elysia Tools
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Calculateur de température d'hybridation PCR (Ta = Tm − 5°C)
Calcule la température d'hybridation (Ta) de la PCR selon deux règles : la règle simple de paillasse Ta = Tm − 5°C (en prenant le PLUS PETIT Tm de la paire d'amorces) et la formule empirique de Rychlik 1990 : Ta = 0.3×Tm(amorce) + 0.7×Tm(produit) − 14.9 (le Tm du produit est typiquement de 75–90°C et la formule tombe 1–8°C au-dessus de la règle simple pour des paires classiques). Fournit la Ta recommandée, une plage de gradient ±3°C et le sens d'ajustement : Ta trop basse donne bandes non spécifiques et dimères, trop haute aucun produit ; gardez les deux Tm à 2–3°C près et hybridez sur le plus petit. Sources : Rychlik 1990, Innis & Gelfand 1990, Lorenz 2012. Uniquement pour la planification.
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Points clés
Catégorie
Education
Types d’entrée
select, number
Type de sortie
json
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4
API disponible
Oui
Aperçu
Ce calculateur de température d’hybridation PCR détermine la Ta recommandée à partir des Tm des amorces selon la règle simple Ta = Tm − 5 °C ou la formule empirique de Rychlik 1990. Il fournit aussi une plage de gradient de ±3 °C pour planifier l’optimisation de la réaction.
Quand l’utiliser
Choisir une température d’hybridation à partir des Tm des amorces forward et reverse.
Comparer la règle simple avec la formule de Rychlik 1990 lorsque la spécificité de la PCR est importante.
Préparer un gradient de températures avant de tester une nouvelle paire d’amorces.
Fonctionnement
1Saisissez les Tm des amorces forward et reverse, puis sélectionnez la règle de calcul.
2Avec la règle simple, le calcul utilise le plus petit Tm de la paire et soustrait 5 °C.
3Avec Rychlik, le calcul utilise le Tm de l’amorce et le Tm du produit selon la formule 0,3 × Tm(amorce) + 0,7 × Tm(produit) − 14,9.
4Le résultat indique la Ta recommandée, une plage de gradient de ±3 °C et le sens général d’ajustement.
Cas d’usage
Planification d’une PCR standard à partir des Tm connus des amorces.
Optimisation d’une réaction par PCR en gradient.
Comparaison d’une estimation de paillasse avec la formule de Rychlik pour une paire d’amorces donnée.
Exemples
1. Paire d’amorces standard avec la règle simple
Chercheuse en biologie moléculaire
Contexte
La chercheuse dispose d’une amorce forward avec un Tm de 62 °C et d’une amorce reverse avec un Tm de 60 °C.
Problème
Elle souhaite définir une Ta de départ et une plage de gradient pour tester la PCR.
Utilisation
Sélectionner la règle simple, saisir 62 °C pour l’amorce forward, 60 °C pour l’amorce reverse et 85 °C pour le Tm du produit.
Règle : simple ; Tm forward : 62 °C ; Tm reverse : 60 °C ; Tm produit : 85 °C ; décimales : 1.
Résultat
La Ta recommandée est de 55 °C, calculée à partir du plus petit Tm. La plage de gradient proposée va de 52 à 58 °C. L’écart de 2 °C entre les amorces respecte la recommandation.
2. Formule de Rychlik pour une borne haute
Responsable de l’optimisation PCR
Contexte
Une paire d’amorces présente des Tm de 62 °C et 60 °C, avec un Tm du produit estimé à 85 °C.
Problème
La règle simple donne une température relativement basse et la réaction doit être testée avec une estimation tenant compte du produit.
Utilisation
FAQ
Quel Tm faut-il utiliser avec la règle simple ?
Le calcul utilise le plus petit Tm des deux amorces, puis soustrait 5 °C.
À quoi sert la formule de Rychlik ?
Elle estime la Ta en tenant compte du Tm de l’amorce et du Tm du produit PCR.
Pourquoi le calculateur propose-t-il un gradient de ±3 °C ?
Cette plage permet de tester des températures légèrement plus basses ou plus hautes autour de la Ta recommandée.
Quelle différence de Tm faut-il viser entre les deux amorces ?
Les deux Tm doivent idéalement rester à environ 2–3 °C l’un de l’autre.
Que signifie une Ta trop basse ou trop haute ?
Une Ta trop basse peut favoriser les bandes non spécifiques et les dimères, tandis qu’une Ta trop haute peut empêcher l’obtention d’un produit.