PCR-Annealing-Temperatur-Rechner (Ta = Tm − 5°C)

PCR-Annealing-Temperatur-Rechner (Ta = Tm − 5°C) | Kostenloses Online-Tool | Elysia Tools

Leitfaden zur Tool-Nutzung

Erfahren Sie, wann dieses Tool passt, was es unterstützt und wie Nutzer es anwenden.

Wichtige Fakten

Kategorie: Education
Eingabetypen: select, number
Ausgabetyp: json
Sample-Abdeckung: 4
API bereit: Ja

Überblick

Der PCR-Annealing-Temperatur-Rechner bestimmt die empfohlene Annealing-Temperatur Ta aus den Tm-Werten eines Primerpaares. Zur Auswahl stehen die einfache Regel Ta = kleinerer Tm − 5 °C und die Rychlik-Formel von 1990; zusätzlich wird ein Gradientenbereich von ±3 °C ausgegeben.

Wann verwenden

Wenn Sie eine Starttemperatur für eine PCR mit bekannten Forward- und Reverse-Tm-Werten planen.
Wenn Sie für eine Gradienten-PCR einen Bereich von ±3 °C um die berechnete Ta benötigen.
Wenn Sie die einfache Laborregel mit der Rychlik-Formel vergleichen möchten.

So funktioniert es

1Wählen Sie die Berechnungsregel: einfache Regel oder Rychlik-Formel.
2Geben Sie die Tm-Werte des Forward- und Reverse-Primers ein.
3Tragen Sie für die Rychlik-Berechnung zusätzlich die Produkt-Tm ein.
4Das Tool berechnet Ta, den Bereich von Ta − 3 °C bis Ta + 3 °C sowie Vergleichswerte zur jeweils anderen Regel.

Anwendungsfälle

PCR-Versuchsplanung anhand der Tm-Werte eines neuen Primerpaares.
Festlegung eines Temperaturbereichs für eine Gradienten-PCR.
Vergleich der einfachen Tm-minus-5-Regel mit einer Rychlik-Berechnung unter Einbezug der Produkt-Tm.

Beispiele

1. Standardpaar mit einfacher Ta von 55 °C

Laborant

Hintergrund

Für ein PCR-Experiment liegen ein Forward-Tm von 62 °C und ein Reverse-Tm von 60 °C vor. Die Tm-Differenz beträgt 2 °C.

Aufgabe

Eine geeignete Starttemperatur und ein Bereich für die Gradienten-PCR sollen bestimmt werden.

Verwendung

Wählen Sie die einfache Regel, geben Sie 62 °C und 60 °C ein und verwenden Sie eine Dezimalstelle.

Regel: Einfache Regel (Tm − 5 °C); Forward-Tm: 62 °C; Reverse-Tm: 60 °C; Produkt-Tm: 85 °C.

Ergebnis

Die empfohlene Ta beträgt 55 °C. Der Gradient reicht von 52 bis 58 °C. Die Tm-Differenz liegt innerhalb des empfohlenen Bereichs; der Rychlik-Vergleich ergibt 62,6 °C.

2. Rychlik-Berechnung mit Produkt-Tm von 85 °C

Molekularbiologe

Hintergrund

Dasselbe Primerpaar hat Tm-Werte von 62 °C und 60 °C. Für das erwartete PCR-Produkt wird eine Tm von 85 °C angesetzt.

Aufgabe

Die Annealing-Temperatur soll mit der Rychlik-Formel berechnet und als wärmere Alternative zur einfachen Regel geprüft werden.

Verwendung

FAQ

Welche Tm wird bei der einfachen Regel verwendet?

Es wird der kleinere Tm-Wert des Primerpaares verwendet. Davon werden 5 °C abgezogen.

Wie lautet die Rychlik-Formel?

Ta = 0,3 × Tm des Primers + 0,7 × Tm des Produkts − 14,9.

Was bedeutet der ausgegebene ±3-°C-Bereich?

Er beschreibt einen möglichen Gradientenbereich rund um die berechnete Annealing-Temperatur.

Welche Tm-Differenz zwischen den Primern ist empfehlenswert?

Die Tm-Werte sollten möglichst innerhalb von 2–3 °C liegen.

Was passiert bei einer zu niedrigen oder zu hohen Ta?

Eine zu niedrige Ta kann unspezifische Banden und Primerdimere begünstigen; eine zu hohe Ta kann zu keinem Produkt führen.

Regel: Rychlik-Formel (1990); Forward-Tm: 62 °C; Reverse-Tm: 60 °C; Produkt-Tm: 85 °C.

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