Richtet Ligationen nach NEB ein: pmol = ng × 10³ ÷ (650 × bp). Der Massenmodus nutzt die klassische Formel Insert_ng = Verhältnis × Vektor_ng × (Insert_bp ÷ Vektor_bp) (der Faktor 650 kürzt sich); der Prüfmodus nimmt beide Massen und liefert das tatsächliche Molverhältnis. Empfohlene Bereiche nach Insertgröße: <200 bp 5–10:1, 200–999 bp 3–5:1, ≥1000 bp 1–5:1, mit dem Hinweis, dass Verhältnisse >10:1 vor allem Insert-Konkatemere fördern. Mit Reaktionsvolumen folgen nM-Konzentrationen (Ligase ist empfindlich gegenüber Endkonzentration, >1 nM ist effizienter). Quellen: NEB NEBioCalculator und Ligationsleitfaden, Promega BioMath, Sambrook & Russell. Nur für Ausbildung.
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Wichtige Fakten
Kategorie
Education
Eingabetypen
select, number
Ausgabetyp
json
Sample-Abdeckung
4
API bereit
Ja
Überblick
Der Ligations-Molverhältnisrechner bestimmt die benötigte Insertmasse für ein gewünschtes Insert:Vektor-Verhältnis oder prüft das tatsächliche Verhältnis aus zwei DNA-Massen. Zusätzlich berechnet er bei Angabe des Reaktionsvolumens die pmol- und nM-Werte und ordnet das Ergebnis anhand der Insertgröße ein.
Wann verwenden
Wenn du die passende Insertmasse für ein definiertes molares Verhältnis zur Vektormasse berechnen möchtest.
Wenn du vor einer Ligation prüfen willst, welchem tatsächlichen Insert:Vektor-Verhältnis zwei DNA-Massen entsprechen.
Wenn du bei bekanntem Reaktionsvolumen die DNA-Mengen zusätzlich als pmol und nM bewerten möchtest.
So funktioniert es
1Wähle zwischen „Insertmasse berechnen“ und „Tatsächliches Verhältnis prüfen“.
2Gib Vektorgröße, Vektormasse und Insertgröße ein; im Prüfmodus ergänzt du die Insertmasse, im Berechnungsmodus das gewünschte Verhältnis.
3Die Insertmasse wird mit Insert_ng = Verhältnis × Vektor_ng × (Insert_bp ÷ Vektor_bp) berechnet oder das reale Molverhältnis aus beiden Massen bestimmt.
4Optional berechnet der Rechner bei einem Reaktionsvolumen die pmol- und nM-Konzentrationen und vergleicht das Verhältnis mit dem empfohlenen Bereich.
Anwendungsfälle
Klonierungsansätze mit definiertem Insert:Vektor-Molverhältnis planen.
Vorhandene DNA-Mengen auf ein geeignetes Verhältnis für die Ligation prüfen.
pmol- und nM-Werte eines geplanten Ansatzes für die Reaktionsplanung berechnen.
Beispiele
1. 3:1-Ligation mit 3-kb-Vektor und 1-kb-Insert
Molekularbiologin
Hintergrund
Für einen Klonierungsansatz stehen 100 ng eines 3000-bp-Vektors zur Verfügung. Das 1000-bp-Insert soll im Verhältnis 3:1 eingesetzt werden.
Aufgabe
Die erforderliche Insertmasse und die Konzentrationen in einem 20-µL-Ansatz sollen bestimmt werden.
Verwendung
Wähle „Insertmasse berechnen“, gib 3000 bp, 100 ng, 1000 bp und das Verhältnis 3 ein. Trage anschließend 20 µL als Reaktionsvolumen ein.
Benötigt werden 100 ng Insert und 100 ng Vektor. Das entspricht 0,154 pmol Insert und 0,051 pmol Vektor; in 20 µL ergeben sich 7,692 nM Insert und 2,564 nM Vektor.
2. Tatsächliches Verhältnis eines 750-bp-Inserts prüfen
Laborpraktikant
Hintergrund
Vor der Ligation liegen 200 ng eines 4000-bp-Vektors und 30 ng eines 750-bp-Inserts vor.
Aufgabe
Es soll geprüft werden, ob die vorhandenen Massen im empfohlenen Bereich für ein 750-bp-Insert liegen.
FAQ
Welche Eingaben benötigt der Rechner?
Er benötigt Vektorgröße, Vektormasse und Insertgröße. Je nach Modus kommen gewünschtes Verhältnis oder Insertmasse hinzu.
Wann wird die Insertmasse berechnet?
Im Modus „Insertmasse berechnen (Zielverhältnis)“ aus Verhältnis, Vektormasse sowie Insert- und Vektorgröße.
Wann sollte ich den Prüfmodus verwenden?
Verwende ihn, wenn beide DNA-Massen bereits feststehen und du das tatsächliche Insert:Vektor-Molverhältnis bestimmen möchtest.
Welche Verhältnisbereiche werden empfohlen?
Für Inserts unter 200 bp gelten 5–10:1, für 200–999 bp 3–5:1 und ab 1000 bp 1–5:1 als empfohlene Bereiche.
Was bewirkt die Eingabe des Reaktionsvolumens?
Bei einem Reaktionsvolumen größer als 0 berechnet der Rechner zusätzlich die Konzentrationen von Vektor und Insert in nM.
Wähle „Tatsächliches Verhältnis prüfen“, gib 4000 bp, 200 ng Vektormasse, 750 bp und 30 ng Insertmasse ein. Das Reaktionsvolumen kann mit 0 übersprungen werden.
Das tatsächliche Verhältnis beträgt 0,8:1 und liegt damit unter dem empfohlenen Bereich von 3–5:1. Für ein 3:1-Verhältnis wären 112,5 ng Insert erforderlich.