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Calculadora de proporção molar de ligação (inserto:vetor)
Configura ligações segundo NEB: pmol = ng × 10³ ÷ (650 × bp). O modo de cálculo de massa usa a fórmula clássica inserto_ng = proporção × vetor_ng × (bp_inserto ÷ bp_vetor) (o fator 650 cancela); o modo de verificação recebe ambas as massas e devolve a proporção molar real. Faixas recomendadas por tamanho do inserto: <200 bp 5–10:1, 200–999 bp 3–5:1, ≥1000 bp 1–5:1, avisando que proporções >10:1 favorecem concatenâmeros do inserto. Com o volume de reação, a ferramenta dá as concentrações nM (a ligase é sensível à concentração de extremidades, >1 nM é mais eficiente). Fontes: NEB NEBioCalculator e guia de ligação, Promega BioMath, Sambrook & Russell. Apenas para educação.
Execução
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Exemplos
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Guia de uso da ferramenta
Veja quando usar esta ferramenta, o que ela suporta e como os usuários a aplicam.
Fatos principais
Categoria
Education
Tipos de entrada
select, number
Tipo de saída
json
Cobertura de exemplos
4
API pronta
Sim
Visão geral
Calcule a massa de inserto necessária para uma proporção molar inserto:vetor desejada ou verifique a proporção real a partir das massas de DNA. A ferramenta também estima pmol e, quando informado o volume da reação, as concentrações em nM, com faixas recomendadas por tamanho do inserto.
Quando usar
Ao preparar uma ligação de DNA com uma proporção molar específica entre inserto e vetor.
Ao conferir se as massas de um inserto e de um vetor linearizado atingem a proporção planejada.
Ao estimar as concentrações em nM da ligação a partir do volume total da reação.
Como funciona
1Escolha entre calcular a massa do inserto ou verificar a proporção real.
2Informe o tamanho do vetor, a massa do vetor e o tamanho do inserto em bp.
3No modo de cálculo, indique a proporção inserto:vetor desejada; no modo de verificação, informe também a massa do inserto.
4Opcionalmente, informe o volume da reação para obter concentrações em nM e compare o resultado com a faixa recomendada para o tamanho do inserto.
Casos de uso
Planejamento de ligações para clonagem molecular com diferentes tamanhos de inserto e vetor.
Conferência de massas de DNA antes de montar uma reação de ligação.
Avaliação de pmol, proporção molar e concentração em nM para fins educacionais e de planejamento experimental.
Exemplos
1. Cálculo de inserto para uma ligação 3:1
Pesquisador de biologia molecular
Contexto
A montagem usa um vetor linearizado de 3000 bp com 100 ng e um inserto de 1000 bp.
Problema
Determinar a massa de inserto necessária para atingir uma proporção molar inserto:vetor de 3:1.
Como usar
Selecione o modo de cálculo da massa, informe 3000 bp, 100 ng, 1000 bp e a proporção 3. Informe também 20 µL se quiser as concentrações.
Modo: calcular massa do inserto; vetor: 3000 bp e 100 ng; inserto: 1000 bp; proporção: 3:1; volume: 20 µL.
Resultado
O resultado indica 100 ng de inserto para 100 ng de vetor, com 0,154 pmol de inserto, 0,051 pmol de vetor e concentrações aproximadas de 7,692 nM e 2,564 nM em 20 µL.
2. Verificação de uma proporção abaixo da faixa recomendada
Estudante de biologia molecular
Contexto
Uma reação contém 200 ng de vetor de 4000 bp e 30 ng de inserto de 750 bp.
Problema
Verificar a proporção molar real e compará-la com a faixa recomendada para um inserto de 750 bp.
Como usar
Perguntas frequentes
Qual fórmula é usada para calcular a massa do inserto?
A ferramenta usa inserto_ng = proporção × vetor_ng × (bp do inserto ÷ bp do vetor).
Quais proporções são recomendadas?
Para inserto <200 bp, 5–10:1; de 200 a 999 bp, 3–5:1; e para inserto ≥1000 bp, 1–5:1.
O que preciso informar no modo de verificação?
Informe o tamanho e a massa do vetor, o tamanho e a massa do inserto. A ferramenta calcula a proporção molar real.
Para que serve o volume da reação?
Ele permite calcular as concentrações de vetor e inserto em nM. Informe 0 para não calcular essas concentrações.
O que significa uma proporção acima de 10:1?
Proporções acima de 10:1 podem favorecer a formação de concatenâmeros do inserto.