Quelle formule le calculateur utilise-t-il ?

La masse d’insert est calculée avec la formule insert_ng = ratio × vecteur_ng × (bp_insert ÷ bp_vecteur). Les pmol suivent la relation ng × 10³ ÷ (650 × bp).

Quels ratios sont recommandés ?

Pour un insert de moins de 200 bp, la recommandation est de 5–10:1 ; de 200 à 999 bp, 3–5:1 ; à partir de 1000 bp, 1–5:1.

À quoi sert le mode de vérification ?

Il utilise les deux masses saisies pour calculer le ratio molaire réel entre l’insert et le vecteur.

Pourquoi renseigner le volume de réaction ?

Le volume permet de convertir les quantités de vecteur et d’insert en concentrations nM. Saisissez 0 pour ne pas calculer ces concentrations.

Que signifie un ratio supérieur à 10:1 ?

Un ratio supérieur à 10:1 peut surtout favoriser la formation de concatémères d’insert et doit être interprété avec prudence.

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Calculateur de ratio molaire de ligature (insert:vecteur)

Configure les ligatures selon NEB : pmol = ng × 10³ ÷ (650 × bp). Le mode calcul de masse utilise la formule classique insert_ng = ratio × vecteur_ng × (bp_insert ÷ bp_vecteur) (le facteur 650 s'annule) ; le mode vérification reçoit les deux masses et renvoie le ratio molaire réel. Bandes recommandées selon la taille de l'insert : <200 bp 5–10:1, 200–999 bp 3–5:1, ≥1000 bp 1–5:1, avec l'avertissement que des ratios >10:1 favorisent surtout les concatémères d'insert. Avec le volume de réaction, l'outil donne les concentrations nM (la ligase est sensible à la concentration d'extrémités, >1 nM est plus efficace). Sources : NEB NEBioCalculator et guide de ligature, Promega BioMath, Sambrook & Russell. Uniquement pour l'éducation.

Exécution

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Exécutions d’exemple préparées

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2 exemples

Montage 3:1 — vecteur 3 kb/100 ng + insert 1 kb → 100 ng d'insert

Un clonage standard : 100 ng d'un vecteur de 3000 bp avec un insert de 1000 bp au ratio molaire 3:1 exigent insert_ng = 3 × 100 × (1000/3000) = 100 ng. Soit 0.051 pmol de vecteur et 0.154 pmol d'insert — dans 20 µL, 2.564 nM de vecteur et 7.692 nM d'insert, bien au-dessus du ~1 nM d'extrémités où la T4 ligase est efficace.

{"result":"Use 100 ng insert + 100 ng vector for 3:1 (0.154 vs 0.051 pmol); in 20 µL: 7.692 nM insert, 2.564 nM vector.","metadata":{"input":{"mode":"solveInsert","vectorSizeBp":3000,"vectorMassNg":100,"insertSizeBp":1000,"ratio":3,"reactionVolumeUl":20},"result":{"insertMassNg":100,"vectorPmol":0.051,"insertPmol":0.154,"actualRatio":3,"verdict":"within recommended band 1–5:1"}}}

Vérification : vecteur 4 kb/200 ng + insert 750 bp/30 ng → 0.8:1, trop bas

Avant de monter une ligature, on vérifie 200 ng de vecteur 4000 bp et 30 ng d'insert 750 bp : vecteur 0.077 pmol, insert 0.062 pmol, ratio réel 0.8:1. Pour un insert de 750 bp la bande recommandée est 3–5:1, donc ce montage est trop bas — il faudra surtout s'attendre à du vecteur vide auto-ligué ; le correctif est de monter l'insert à 3 × 200 × (750/4000) = 112.5 ng.

{"result":"Actual ratio 0.8:1 — below recommended 3–5:1 for a 750 bp insert.","metadata":{"input":{"mode":"checkRatio","vectorSizeBp":4000,"vectorMassNg":200,"insertSizeBp":750,"insertMassNg":30},"result":{"vectorPmol":0.08,"insertPmol":0.06,"actualRatio":0.8,"recommendedBand":"3–5:1","verdict":"below recommended band 3–5:1"}}}

Entrées

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8 réglages

RéglagesAjustez formats, plages, nombres et modes.8

Mode de calculselectRequisSolve for the insert mass a desired ratio needs, or check the actual ratio of two masses.Taille du vecteur (bp)numberRequisDouble-digested vector backbone length in base pairs.Masse du vecteur (ng)numberRequisMass of the linearized vector in the reaction.Taille de l'insert (bp)numberRequisInsert fragment length in base pairs.Masse de l'insert (ng)numberRequisInsert mass (check mode); ignored in solve mode, which computes the required value.Ratio insert:vecteur souhaiténumberRequisMolar insert:vector ratio (solve mode), e.g. 3 for a 3:1 setup.Volume de réaction (µL, optionnel)numberOptionnelTotal ligation volume in µL; enter 0 to skip nM concentrations.DécimalesnumberOptionnel

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Points clés

Aperçu

Quand l’utiliser

Fonctionnement

Cas d’usage

Exemples

1. Montage 3:1 avec un vecteur de 3 kb et un insert de 1 kb

2. Vérification d’un ratio trop faible pour un insert de 750 bp

FAQ

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Planificateur de dilutions en série (série au 1/10)

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