Настраивает лигирование по правилам NEB: пмоль = нг × 10³ ÷ (650 × п.н.). Режим расчёта массы использует классическую формулу вставка_нг = соотношение × вектор_нг × (п.н._вставки ÷ п.н._вектора) (множитель 650 сокращается); режим проверки принимает обе массы и возвращает фактическое молярное соотношение. Рекомендуемые диапазоны по размеру вставки: <200 п.н. 5–10:1, 200–999 п.н. 3–5:1, ≥1000 п.н. 1–5:1, с предупреждением, что соотношения >10:1 в основном дают конкатемеры вставки. С объёмом реакции выводятся нМ-концентрации (лигаза чувствительна к концентрации концов, >1 нМ эффективнее). Источники: NEB NEBioCalculator и руководство, Promega BioMath, Sambrook & Russell. Только для обучения.
Запуск
Запустить этот инструмент
Заполните форму, запустите инструмент и посмотрите результат на этой же странице.
Примеры
Примеры для этого инструмента
Связано
Продолжить с похожими инструментами и темами
Результат
Готово к запуску
После запуска здесь появятся файлы, текст, структурированные данные или потоковый вывод.
Руководство по использованию инструмента
Узнайте, когда использовать этот инструмент, что он поддерживает и как его применяют пользователи.
Ключевые факты
Категория
Education
Типы ввода
select, number
Тип вывода
json
Покрытие примерами
4
API доступен
Да
Обзор
Калькулятор молярного соотношения лигирования помогает рассчитать массу вставки для заданного соотношения вставка:вектор или проверить фактическое соотношение по двум массам. Инструмент также показывает количество ДНК в пмоль, а при указании объёма реакции — концентрации в нМ.
Когда использовать
Чтобы рассчитать массу вставки для целевого молярного соотношения с вектором.
Чтобы проверить, соответствует ли уже подготовленная смесь рекомендуемому диапазону.
Чтобы оценить пмоль и концентрации компонентов лигирования при заданном объёме реакции.
Как это работает
1Выберите режим: расчёт массы вставки или проверка фактического соотношения.
2Введите размеры вектора и вставки в парах нуклеотидов, а также массу вектора.
3В режиме расчёта укажите целевое соотношение, а в режиме проверки — массу вставки.
4При необходимости добавьте объём реакции: калькулятор выведет концентрации в нМ и оценку относительно рекомендуемого диапазона.
Сценарии использования
Подготовка лигирования фрагмента ДНК с линеаризованным вектором.
Проверка массы вставки перед постановкой реакции.
Сравнение фактического соотношения с диапазоном, рекомендованным для размера вставки.
Требуется 100 нг вставки и 100 нг вектора. Расчёт даёт 0,154 пмоль вставки, 0,051 пмоль вектора, а также 7,692 нМ и 2,564 нМ соответственно. Соотношение находится в рекомендуемом диапазоне 1–5:1.
2. Проверка недостаточной массы вставки
Лаборант, проверяющий готовую смесь
Контекст
Подготовлены вектор размером 4000 п.н. и массой 200 нг, а также вставка размером 750 п.н. и массой 30 нг.
Проблема
Нужно проверить, достаточно ли вставки для лигирования.
Как использовать
Выберите режим «Проверить фактическое соотношение» и введите размеры обоих фрагментов и их массы.
FAQ
Какую формулу использует калькулятор?
Для расчёта массы вставки используется формула: масса вставки = соотношение × масса вектора × размер вставки ÷ размер вектора.
Какие соотношения рекомендуются?
Для вставок менее 200 п.н. — 5–10:1, для 200–999 п.н. — 3–5:1, для вставок от 1000 п.н. — 1–5:1.
Что нужно ввести для проверки фактического соотношения?
Укажите размеры вектора и вставки, массу вектора и фактическую массу вставки, затем выберите режим проверки.
Зачем указывать объём реакции?
Объём позволяет рассчитать концентрации вектора и вставки в нМ. Если ввести 0, концентрации не рассчитываются.
Что означает соотношение выше 10:1?
Такие значения могут преимущественно способствовать образованию конкатемеров вставки. Калькулятор предназначен только для обучения и планирования.
Фактическое соотношение составляет 0,8:1, что ниже рекомендуемого диапазона 3–5:1 для вставки 750 п.н. Для соотношения 3:1 расчётная масса вставки — 112,5 нг.