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Calculadora de comprimento de fragmentos de restrição

Estima os tamanhos dos fragmentos após a digestão: um substrato circular com n cortes produz n fragmentos (contornando a origem) e um linear produz n+1. O modo de posições calcula fragmentos exatos a partir de coordenadas separadas por vírgula; o modo de número de sítios dá a contagem e a média com distribuição uniforme. Inclui a frequência esperada de sítios em DNA aleatório: enzimas de 4 bases ~1 a cada 256 bp, de 6 bases ~1 a cada 4096 bp (REBASE/Sambrook) e avisos de resolução em agarose (<50 bp pode escapar). Fontes: Sambrook & Russell 3ª ed., REBASE. Apenas para educação.

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Chame esta ferramenta a partir do seu código em três idiomas.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/restriction-fragment-length' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686,"cutPositions":"1000, 2000","cutSiteCount":2,"decimalPlaces":2}'

Referência da API

Envie uma requisição POST com suas entradas em JSON. Parâmetros do tipo arquivo exigem upload prévio.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/restriction-fragment-length

Parâmetros

Nome	Tipo	Obrigatório	Descrição
topology	select	Sim	Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.
inputMode	select	Sim	Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.
substrateLengthBp	number	Sim	Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.
cutPositions	text	Sim	Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.
cutSiteCount

Integração MCP

Adicione esta ferramenta ao seu servidor Model Context Protocol para que agentes de IA possam listá-la e chamá-la.

Configuração do servidor

Adicione este bloco à configuração do seu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-restriction-fragment-length": {
      "name": "restriction-fragment-length",
      "description": "Estima os tamanhos dos fragmentos após a digestão: um substrato circular com n cortes produz n fragmentos (contornando a origem) e um linear produz n+1. O modo de posições calcula fragmentos exatos a partir de coordenadas separadas por vírgula; o modo de número de sítios dá a contagem e a média com distribuição uniforme. Inclui a frequência esperada de sítios em DNA aleatório: enzimas de 4 bases ~1 a cada 256 bp, de 6 bases ~1 a cada 4096 bp (REBASE/Sambrook) e avisos de resolução em agarose (<50 bp pode escapar). Fontes: Sambrook & Russell 3ª ed., REBASE. Apenas para educação.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=restriction-fragment-length",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar ferramentas disponíveis

Após conectar ao endpoint SSE, liste as ferramentas expostas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Chamar esta ferramenta

Invoque a ferramenta pelo seu id; os argumentos são construídos a partir de seus parâmetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "restriction-fragment-length",
    "arguments": {
  "topology": "circular",
  "inputMode": "positions",
  "substrateLengthBp": 2686,
  "cutPositions": "1000, 2000",
  "cutSiteCount": 2,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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