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Calculadora de comprimento de fragmentos de restrição
Estima os tamanhos dos fragmentos após a digestão: um substrato circular com n cortes produz n fragmentos (contornando a origem) e um linear produz n+1. O modo de posições calcula fragmentos exatos a partir de coordenadas separadas por vírgula; o modo de número de sítios dá a contagem e a média com distribuição uniforme. Inclui a frequência esperada de sítios em DNA aleatório: enzimas de 4 bases ~1 a cada 256 bp, de 6 bases ~1 a cada 4096 bp (REBASE/Sambrook) e avisos de resolução em agarose (<50 bp pode escapar). Fontes: Sambrook & Russell 3ª ed., REBASE. Apenas para educação.
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Chame esta ferramenta a partir do seu código em três idiomas.
curl -X POST 'https://api.elysiatools.com/pt/api/tools/restriction-fragment-length' \
-H 'Content-Type: application/json' \
-d '{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686,"cutPositions":"1000, 2000","cutSiteCount":2,"decimalPlaces":2}'Referência da API
Envie uma requisição POST com suas entradas em JSON. Parâmetros do tipo arquivo exigem upload prévio.
Endpoint
POST https://api.elysiatools.com/pt/api/tools/restriction-fragment-lengthParâmetros
| Nome | Tipo | Obrigatório | Descrição |
|---|---|---|---|
| topology | select | Sim | Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1. |
| inputMode | select | Sim | Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate. |
| substrateLengthBp | number | Sim | Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs. |
| cutPositions | text | Sim | Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique. |
| cutSiteCount |
Integração MCP
Adicione esta ferramenta ao seu servidor Model Context Protocol para que agentes de IA possam listá-la e chamá-la.
Configuração do servidor
Adicione este bloco à configuração do seu cliente MCP:
{
"mcpServers": {
"elysiatools-restriction-fragment-length": {
"name": "restriction-fragment-length",
"description": "Estima os tamanhos dos fragmentos após a digestão: um substrato circular com n cortes produz n fragmentos (contornando a origem) e um linear produz n+1. O modo de posições calcula fragmentos exatos a partir de coordenadas separadas por vírgula; o modo de número de sítios dá a contagem e a média com distribuição uniforme. Inclui a frequência esperada de sítios em DNA aleatório: enzimas de 4 bases ~1 a cada 256 bp, de 6 bases ~1 a cada 4096 bp (REBASE/Sambrook) e avisos de resolução em agarose (<50 bp pode escapar). Fontes: Sambrook & Russell 3ª ed., REBASE. Apenas para educação.",
"baseUrl": "https://api.elysiatools.com/mcp/sse?toolId=restriction-fragment-length",
"command": "",
"args": [],
"env": {},
"isActive": true,
"type": "sse"
}
}
}Listar ferramentas disponíveis
Após conectar ao endpoint SSE, liste as ferramentas expostas:
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 1,
"method": "tools/list"
}Chamar esta ferramenta
Invoque a ferramenta pelo seu id; os argumentos são construídos a partir de seus parâmetros:
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 2,
"method": "tools/call",
"params": {
"name": "restriction-fragment-length",
"arguments": {
"topology": "circular",
"inputMode": "positions",
"substrateLengthBp": 2686,
"cutPositions": "1000, 2000",
"cutSiteCount": 2,
"decimalPlaces": 2
}
}
}