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Calculadora do coeficiente de extinção de proteínas (ε280)

Calcula ε280 segundo Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncistina (M⁻¹cm⁻¹, erro típico ±5%). Cistinas são pares de Cys em ponte dissulfeto e só contam no estado oxidado (⌊Cys/2⌋); a ferramenta devolve os valores totalmente reduzido e totalmente oxidado para limitar o estado real. O modo sequência conta W/Y/C e calcula a massa molecular com as massas médias ProtParam; o modo contagem recebe números de resíduos e massa opcional. Inclui A0.1% = ε/PM (absorbância de 1 mg/mL), ou seja c = A/ε para reverter à concentração. Atenção: proteínas sem Trp/Tyr têm ε280 quase nulo (use A205 ou BCA) e corrija contaminação por ácidos nucleicos (A260). Fontes: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Apenas para educação.

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Chame esta ferramenta a partir do seu código em três idiomas.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/protein-extinction-coefficient' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"sequence","sequence":"GIVEQCCTSICSLYQLENYCN","trpCount":1,"tyrCount":2,"cysCount":4,"cysState":"reduced","molecularWeightKDa":0,"decimalPlaces":2}'

Referência da API

Envie uma requisição POST com suas entradas em JSON. Parâmetros do tipo arquivo exigem upload prévio.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/protein-extinction-coefficient

Parâmetros

Nome	Tipo	Obrigatório	Descrição
mode	select	Sim	Count W/Y/C from a sequence, or enter residue counts directly.
sequence	textarea	Sim	One-letter codes, 20 standard residues (FASTA headers, whitespace, and '*' are stripped); sequence mode.
trpCount	number	Sim	Number of tryptophans (counts mode); each contributes 5500 M⁻¹cm⁻¹.
tyrCount	number	Sim	Number of tyrosines (counts mode); each contributes 1490 M⁻¹cm⁻¹.
cysCount	number

Integração MCP

Adicione esta ferramenta ao seu servidor Model Context Protocol para que agentes de IA possam listá-la e chamá-la.

Configuração do servidor

Adicione este bloco à configuração do seu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-extinction-coefficient": {
      "name": "protein-extinction-coefficient",
      "description": "Calcula ε280 segundo Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989: ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncistina (M⁻¹cm⁻¹, erro típico ±5%). Cistinas são pares de Cys em ponte dissulfeto e só contam no estado oxidado (⌊Cys/2⌋); a ferramenta devolve os valores totalmente reduzido e totalmente oxidado para limitar o estado real. O modo sequência conta W/Y/C e calcula a massa molecular com as massas médias ProtParam; o modo contagem recebe números de resíduos e massa opcional. Inclui A0.1% = ε/PM (absorbância de 1 mg/mL), ou seja c = A/ε para reverter à concentração. Atenção: proteínas sem Trp/Tyr têm ε280 quase nulo (use A205 ou BCA) e corrija contaminação por ácidos nucleicos (A260). Fontes: Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Apenas para educação.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-extinction-coefficient",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar ferramentas disponíveis

Após conectar ao endpoint SSE, liste as ferramentas expostas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Chamar esta ferramenta

Invoque a ferramenta pelo seu id; os argumentos são construídos a partir de seus parâmetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-extinction-coefficient",
    "arguments": {
  "mode": "sequence",
  "sequence": "GIVEQCCTSICSLYQLENYCN",
  "trpCount": 1,
  "tyrCount": 2,
  "cysCount": 4,
  "cysState": "reduced",
  "molecularWeightKDa": 0,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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