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Calculadora de afinidade proteína-DNA (estimativa de Kd)

Estima o Kd a partir de um ponto segundo o equilíbrio 1:1: com proteína em excesso, f = [P]÷([P]+Kd), logo Kd = [P]×(1−f)÷f; com f = 0,5 o Kd iguala a concentração de proteína. Duas entradas: fração ligada direta (0–1) ou anisotropia de fluorescência f = (r−rlivre)÷(rligado−rlivre). Acrescenta ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C por padrão). Faixas: <1 nM muito forte, 1–100 nM forte (alvos típicos de fatores de transcrição), 100 nM–1 µM moderada, >1 µM fraca (verificar sal e competidor poly(dI-dC)). Premissas: equilíbrio, 1:1, proteína em grande excesso; para curvas completas ajuste a titulação inteira. Fontes: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Apenas para educação.

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Chame esta ferramenta a partir do seu código em três idiomas.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/protein-dna-binding-affinity' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"fraction","proteinConcNm":50,"fractionBound":0.5,"anisotropy":0.18,"anisotropyFree":0.12,"anisotropyBound":0.25,"temperatureC":25,"decimalPlaces":2}'

Referência da API

Envie uma requisição POST com suas entradas em JSON. Parâmetros do tipo arquivo exigem upload prévio.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/protein-dna-binding-affinity

Parâmetros

Nome	Tipo	Obrigatório	Descrição
mode	select	Sim	Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.
proteinConcNm	number	Sim	Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).
fractionBound	number	Sim	Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).
anisotropy	number	Sim	Anisotropy of the sample (anisotropy mode).
anisotropyFree	number

Integração MCP

Adicione esta ferramenta ao seu servidor Model Context Protocol para que agentes de IA possam listá-la e chamá-la.

Configuração do servidor

Adicione este bloco à configuração do seu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-dna-binding-affinity": {
      "name": "protein-dna-binding-affinity",
      "description": "Estima o Kd a partir de um ponto segundo o equilíbrio 1:1: com proteína em excesso, f = [P]÷([P]+Kd), logo Kd = [P]×(1−f)÷f; com f = 0,5 o Kd iguala a concentração de proteína. Duas entradas: fração ligada direta (0–1) ou anisotropia de fluorescência f = (r−rlivre)÷(rligado−rlivre). Acrescenta ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C por padrão). Faixas: <1 nM muito forte, 1–100 nM forte (alvos típicos de fatores de transcrição), 100 nM–1 µM moderada, >1 µM fraca (verificar sal e competidor poly(dI-dC)). Premissas: equilíbrio, 1:1, proteína em grande excesso; para curvas completas ajuste a titulação inteira. Fontes: Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Apenas para educação.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-dna-binding-affinity",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar ferramentas disponíveis

Após conectar ao endpoint SSE, liste as ferramentas expostas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Chamar esta ferramenta

Invoque a ferramenta pelo seu id; os argumentos são construídos a partir de seus parâmetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-dna-binding-affinity",
    "arguments": {
  "mode": "fraction",
  "proteinConcNm": 50,
  "fractionBound": 0.5,
  "anisotropy": 0.18,
  "anisotropyFree": 0.12,
  "anisotropyBound": 0.25,
  "temperatureC": 25,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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