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Calculadora do Burst Size de Fagos (crescimento em uma etapa)

Calcula o burst size de um experimento de crescimento em uma etapa: burst = (PFU/mL livres após lise − PFU/mL inoculados) ÷ células infectadas, onde células infectadas = densidade celular × percentual infectado. O percentual pode ser estimado por adsorção de Poisson P = 1 − e^(−MOI): MOI 1 ≈ 63%, MOI 2 ≈ 86%, MOI 3 ≈ 95%, MOI 5 ≈ 99%. Interpretação: <20 baixo, 20–100 comum (λ ≈ 50–100), 100–300 alto (tipo T4 ≈ 100–200+), >300 verifique.

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Chame esta ferramenta a partir do seu código em três idiomas.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/phage-burst-size' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"pfuAfterLysis":5010000000,"pfuInoculated":10000000,"cellDensity":100000000,"infectionPercent":50,"decimalPlaces":1}'

Referência da API

Envie uma requisição POST com suas entradas em JSON. Parâmetros do tipo arquivo exigem upload prévio.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/phage-burst-size

Parâmetros

Nome	Tipo	Obrigatório	Descrição
pfuAfterLysis	number	Sim	Free phage in the lysate at the end of the one-step growth curve.
pfuInoculated	number	Sim	Phage added at the start of infection (0 is acceptable when negligible).
cellDensity	number	Sim	Host cell density when phage was added (e.g. mid-log ~1×10⁸ cells/mL).
infectionPercent	number	Sim	Infected fraction in %. From MOI via Poisson: 1 ≈ 63%, 2 ≈ 86%, 3 ≈ 95%, 5 ≈ 99%.
decimalPlaces	number

Integração MCP

Adicione esta ferramenta ao seu servidor Model Context Protocol para que agentes de IA possam listá-la e chamá-la.

Configuração do servidor

Adicione este bloco à configuração do seu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-phage-burst-size": {
      "name": "phage-burst-size",
      "description": "Calcula o burst size de um experimento de crescimento em uma etapa: burst = (PFU/mL livres após lise − PFU/mL inoculados) ÷ células infectadas, onde células infectadas = densidade celular × percentual infectado. O percentual pode ser estimado por adsorção de Poisson P = 1 − e^(−MOI): MOI 1 ≈ 63%, MOI 2 ≈ 86%, MOI 3 ≈ 95%, MOI 5 ≈ 99%. Interpretação: <20 baixo, 20–100 comum (λ ≈ 50–100), 100–300 alto (tipo T4 ≈ 100–200+), >300 verifique.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=phage-burst-size",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar ferramentas disponíveis

Após conectar ao endpoint SSE, liste as ferramentas expostas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Chamar esta ferramenta

Invoque a ferramenta pelo seu id; os argumentos são construídos a partir de seus parâmetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "phage-burst-size",
    "arguments": {
  "pfuAfterLysis": 5010000000,
  "pfuInoculated": 10000000,
  "cellDensity": 100000000,
  "infectionPercent": 50,
  "decimalPlaces": 1
}
  }
}

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