Calculateur de fréquence de recombinaison et carte génétique (cM) | Outil en ligne gratuit | Elysia Tools
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Calculateur de fréquence de recombinaison et carte génétique (cM)
Convertit entre fréquence de recombinaison et distance de carte génétique. r = recombinants / descendance totale (r ≤ 0.5 ; tend vers 0.5 pour gènes distants ou sur des chromosomes différents). Trois fonctions de cartographie (d en morgans, 1 M = 100 cM) : linéaire d = r (courtes distances seulement) ; Haldane 1919 : d = −½ln(1−2r) (sans interférence) ; Kosambi 1944 : d = ¼ln((1+2r)/(1−2r)) (interférence positive). Elles corrigent la sous-estimation par les doubles crossing-over : pour un même r, Haldane ≥ Kosambi ≥ linéaire. Le mode intervalles somme les distances et prédit r par les fonctions inverses (la carte totale peut dépasser 50 cM tandis que r sature à 50%). Sources : Sturtevant 1913, Haldane 1919, Kosambi 1944, Griffiths. Usage éducatif uniquement.
Exécution
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Exemples
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Guide d'utilisation de l'outil
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Points clés
Catégorie
Education
Types d’entrée
select, number, text
Type de sortie
json
Exemples associés
4
API disponible
Oui
Aperçu
Ce calculateur convertit des comptages de descendants en fréquence de recombinaison et en distance génétique, ou additionne des intervalles en centimorgans pour prédire la recombinaison selon les fonctions linéaire, de Haldane et de Kosambi.
Quand l’utiliser
Après un croisement test, pour calculer r à partir du nombre de recombinants et de la descendance totale.
Résultat
Prêt à exécuter
Après exécution, les fichiers, textes, données structurées ou sorties en flux apparaîtront ici.
Pour comparer les distances obtenues avec l’approximation linéaire et les fonctions de Haldane et de Kosambi.
Pour additionner plusieurs intervalles adjacents et estimer la fréquence de recombinaison sur toute la région.
Fonctionnement
1Choisissez le mode « Comptages » ou « Intervalles ».
2Saisissez les recombinants et la descendance totale, ou une liste de distances en cM séparées par des virgules.
3Définissez le nombre de décimales souhaité, de 0 à 8.
4Consultez le résultat JSON contenant la fréquence, les distances calculées ou la distance totale et les valeurs de r prédites.
Cas d’usage
Vérifier les calculs d’un exercice de cartographie génétique.
Interpréter les résultats d’un croisement test en comparant trois fonctions de cartographie.
Estimer la recombinaison entre les extrémités d’une série d’intervalles génétiques.
Exemples
1. Convertir 18 recombinants sur 100 descendants
Étudiant en génétique
Contexte
Un croisement test produit 100 descendants, dont 18 recombinants.
Problème
Calculer la fréquence de recombinaison et comparer les distances génétiques selon les trois méthodes.
Utilisation
Choisir le mode « Comptages », saisir 18 recombinants, 100 descendants et sélectionner 4 décimales.
La distance totale est de 25,3 cM ; la fréquence prédite vaut 0,1985 avec Haldane et 0,2334 avec Kosambi.
FAQ
Comment la fréquence de recombinaison est-elle calculée ?
Elle correspond au nombre de descendants recombinants divisé par la descendance totale : r = recombinants / total.
Quelle est la différence entre les modèles linéaire, Haldane et Kosambi ?
Le modèle linéaire convient surtout aux courtes distances. Haldane suppose l’absence d’interférence, tandis que Kosambi tient compte d’une interférence positive.
Pourquoi les distances calculées diffèrent-elles pour un même r ?
Haldane et Kosambi corrigent la sous-estimation due aux doubles crossing-over non détectés ; pour un même r, Haldane ≥ Kosambi ≥ linéaire.
Une distance génétique peut-elle dépasser 50 cM ?
Oui. Une carte peut dépasser 50 cM, même si la fréquence de recombinaison observable tend vers 50 %.
Comment saisir plusieurs intervalles ?
Entrez les distances adjacentes en cM, séparées par des virgules, par exemple 5.2, 8.1, 12.0.