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按 Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989 公式计算 ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×n胱氨酸（M⁻¹cm⁻¹，典型误差 ±5%）。胱氨酸为二硫键配对的 Cys，仅氧化态计入（⌊Cys/2⌋，落单不计），工具同时给出全还原与全氧化两个值以便夹逼实际氧化态。序列模式自动计数 W/Y/C 并用 ProtParam 平均残基质量算分子量；计数模式直接输入残基数目与可选分子量。附带 A0.1% = ε/MW（1 mg/mL 的吸光度），即由 A280 反推浓度 c = A/ε。注意：不含 Trp/Tyr 的蛋白 ε280 近乎为零（改用 A205 或 BCA）；需扣除核酸污染（A260）。来源：Pace 1995、Gill & von Hippel 1989、ExPASy ProtParam。仅供教学与实验规划。
用三种语言从你的代码中调用此工具。
curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/zh/api/tools/protein-extinction-coefficient' \
-H 'Content-Type: application/json' \
-d '{"mode":"sequence","sequence":"GIVEQCCTSICSLYQLENYCN","trpCount":1,"tyrCount":2,"cysCount":4,"cysState":"reduced","molecularWeightKDa":0,"decimalPlaces":2}'以 JSON 形式 POST 提交输入参数。文件类型参数需先单独上传。
POST http://127.0.0.1:3003/zh/api/tools/protein-extinction-coefficient| 参数名 | 类型 | 必填 | 说明 |
|---|---|---|---|
| mode | select | 是 | Count W/Y/C from a sequence, or enter residue counts directly. |
| sequence | textarea | 是 | One-letter codes, 20 standard residues (FASTA headers, whitespace, and '*' are stripped); sequence mode. |
| trpCount | number | 是 | Number of tryptophans (counts mode); each contributes 5500 M⁻¹cm⁻¹. |
| tyrCount | number | 是 | Number of tyrosines (counts mode); each contributes 1490 M⁻¹cm⁻¹. |
| cysCount | number | 是 |
将此工具加入你的 Model Context Protocol 服务，让 AI 智能体可以列出并调用它。
将以下内容加入你的 MCP 客户端配置：
{
"mcpServers": {
"elysiatools-protein-extinction-coefficient": {
"name": "protein-extinction-coefficient",
"description": "按 Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989 公式计算 ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×n胱氨酸（M⁻¹cm⁻¹，典型误差 ±5%）。胱氨酸为二硫键配对的 Cys，仅氧化态计入（⌊Cys/2⌋，落单不计），工具同时给出全还原与全氧化两个值以便夹逼实际氧化态。序列模式自动计数 W/Y/C 并用 ProtParam 平均残基质量算分子量；计数模式直接输入残基数目与可选分子量。附带 A0.1% = ε/MW（1 mg/mL 的吸光度），即由 A280 反推浓度 c = A/ε。注意：不含 Trp/Tyr 的蛋白 ε280 近乎为零（改用 A205 或 BCA）；需扣除核酸污染（A260）。来源：Pace 1995、Gill & von Hippel 1989、ExPASy ProtParam。仅供教学与实验规划。",
"baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-extinction-coefficient",
"command": "",
"args": [],
"env": {},
"isActive": true,
"type": "sse"
}
}
}连接到 SSE 端点后，列出已开放的工具：
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 1,
"method": "tools/list"
}通过工具 id 调用，参数由其参数表构建：
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 2,
"method": "tools/call",
"params": {
"name": "protein-extinction-coefficient",
"arguments": {
"mode": "sequence",
"sequence": "GIVEQCCTSICSLYQLENYCN",
"trpCount": 1,
"tyrCount": 2,
"cysCount": 4,
"cysState": "reduced",
"molecularWeightKDa": 0,
"decimalPlaces": 2
}
}
}有问题或反馈？请联系 [email protected]
| Number of cysteines (counts mode); each disulfide pair contributes 125 M⁻¹cm⁻¹ when oxidized. |
| cysState | select | 是 | Reduced cysteines contribute nothing; oxidized pairs (cystines) add 125 each. |
| molecularWeightKDa | number | 否 | Protein molecular weight for the A0.1% conversion in counts mode; 0 skips it. |
| decimalPlaces | number | 否 | — |
JSON 结果
{
"key": {...},
"metadata": {
"key": "value"
},
"error": "Error message (optional)",
"message": "Notification message (optional)"
}