Education

Calculadora de Tm de primers PCR (Wallace / vizinhos mais próximos)

Calcula a temperatura de fusão (Tm) de um primer de PCR por dois métodos, ambos exibidos: a regra de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimativa rápida para oligos curtos <14 nt, ignora contexto, concentração e sal) e o método termodinâmico de vizinhos mais próximos unificado de SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — com 16 parâmetros de empilhamento, termos de iniciação terminal e correção de simetria para autorcomplementares; concentração de primer e de sódio ajustáveis (família usada pelo Primer3). Também fornece conteúdo GC, composição de bases e Ta sugerida = Tm − 5°C. Fontes: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Apenas para triagem inicial.

json· Resultado JSONAbrir ferramenta

Início rápido

Chame esta ferramenta a partir do seu código em três idiomas.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/pcr-primer-tm' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"sequence":"GTAAAACGACGGCCAGT","method":"nearest-neighbor","primerConcentrationNm":500,"sodiumConcentrationMm":50,"decimalPlaces":1}'

Referência da API

Envie uma requisição POST com suas entradas em JSON. Parâmetros do tipo arquivo exigem upload prévio.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/pcr-primer-tm

Parâmetros

Nome	Tipo	Obrigatório	Descrição
sequence	text	Sim	DNA primer sequence, A/C/G/T only (case-insensitive); 5–60 nt.
method	select	Sim	Wallace for a quick short-oligo estimate; nearest-neighbor is the standard for primer design.
primerConcentrationNm	number	Sim	Primer strand concentration (nearest-neighbor method only).
sodiumConcentrationMm	number	Sim	[Na+] of the reaction buffer (nearest-neighbor method only).
decimalPlaces	number

Integração MCP

Adicione esta ferramenta ao seu servidor Model Context Protocol para que agentes de IA possam listá-la e chamá-la.

Configuração do servidor

Adicione este bloco à configuração do seu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-pcr-primer-tm": {
      "name": "pcr-primer-tm",
      "description": "Calcula a temperatura de fusão (Tm) de um primer de PCR por dois métodos, ambos exibidos: a regra de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimativa rápida para oligos curtos <14 nt, ignora contexto, concentração e sal) e o método termodinâmico de vizinhos mais próximos unificado de SantaLucia 1998: Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — com 16 parâmetros de empilhamento, termos de iniciação terminal e correção de simetria para autorcomplementares; concentração de primer e de sódio ajustáveis (família usada pelo Primer3). Também fornece conteúdo GC, composição de bases e Ta sugerida = Tm − 5°C. Fontes: Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Apenas para triagem inicial.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=pcr-primer-tm",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar ferramentas disponíveis

Após conectar ao endpoint SSE, liste as ferramentas expostas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Chamar esta ferramenta

Invoque a ferramenta pelo seu id; os argumentos são construídos a partir de seus parâmetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "pcr-primer-tm",
    "arguments": {
  "sequence": "GTAAAACGACGGCCAGT",
  "method": "nearest-neighbor",
  "primerConcentrationNm": 500,
  "sodiumConcentrationMm": 50,
  "decimalPlaces": 1
}
  }
}

Explorar ferramentas Abrir ferramenta