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Simulador do efeito gargalo genético (perda de heterozigosidade)

Simula a perda esperada de heterozigosidade após um gargalo (esperança determinística). Sob deriva Wright-Fisher ideal, H_{t+1} = H_t(1 − 1/(2N)) por geração, logo H_final = H₀(1−1/2Nb)^t × (1−1/2Nr)^g; o tamanho efetivo harmônico Ne = (t+g)/(t/Nb + g/Nr) é dominado pelo mínimo; F acumulado = 1 − H_final/H₀. Para um alelo de frequência p, a sobrevivência a UMA geração de gargalo é 1 − (1−p)^(2Nb); alelos raros perdem-se primeiro. Casos clássicos: elefante-marinho-do-norte (~20 sobreviventes em 1890), guepardo, nēnē do Havaí, bisão-europeu, atol Pingelap. Fontes: Wright 1931, Nei et al. 1975, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Apenas uso educativo.

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Chame esta ferramenta a partir do seu código em três idiomas.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/bottleneck-effect-simulator' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"initialHeterozygosity":0.5,"bottleneckSize":20,"bottleneckGenerations":5,"recoverySize":2000,"recoveryGenerations":10,"alleleFrequency":0.1,"decimalPlaces":4}'

Referência da API

Envie uma requisição POST com suas entradas em JSON. Parâmetros do tipo arquivo exigem upload prévio.

Endpoint

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/pt/api/tools/bottleneck-effect-simulator

Parâmetros

Nome	Tipo	Obrigatório	Descrição
initialHeterozygosity	number	Sim	Heterozygosity before the bottleneck (0 < H₀ ≤ 1).
bottleneckSize	number	Sim	Census size during the bottleneck (Nb).
bottleneckGenerations	number	Sim	Number of generations spent at the bottleneck size (t).
recoverySize	number	Sim	Census size after recovery (Nr).
recoveryGenerations	number

Integração MCP

Adicione esta ferramenta ao seu servidor Model Context Protocol para que agentes de IA possam listá-la e chamá-la.

Configuração do servidor

Adicione este bloco à configuração do seu cliente MCP:

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-bottleneck-effect-simulator": {
      "name": "bottleneck-effect-simulator",
      "description": "Simula a perda esperada de heterozigosidade após um gargalo (esperança determinística). Sob deriva Wright-Fisher ideal, H_{t+1} = H_t(1 − 1/(2N)) por geração, logo H_final = H₀(1−1/2Nb)^t × (1−1/2Nr)^g; o tamanho efetivo harmônico Ne = (t+g)/(t/Nb + g/Nr) é dominado pelo mínimo; F acumulado = 1 − H_final/H₀. Para um alelo de frequência p, a sobrevivência a UMA geração de gargalo é 1 − (1−p)^(2Nb); alelos raros perdem-se primeiro. Casos clássicos: elefante-marinho-do-norte (~20 sobreviventes em 1890), guepardo, nēnē do Havaí, bisão-europeu, atol Pingelap. Fontes: Wright 1931, Nei et al. 1975, Hartl & Clark 2007, StatPearls. Apenas uso educativo.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=bottleneck-effect-simulator",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Listar ferramentas disponíveis

Após conectar ao endpoint SSE, liste as ferramentas expostas:

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Chamar esta ferramenta

Invoque a ferramenta pelo seu id; os argumentos são construídos a partir de seus parâmetros:

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "bottleneck-effect-simulator",
    "arguments": {
  "initialHeterozygosity": 0.5,
  "bottleneckSize": 20,
  "bottleneckGenerations": 5,
  "recoverySize": 2000,
  "recoveryGenerations": 10,
  "alleleFrequency": 0.1,
  "decimalPlaces": 4
}
  }
}

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