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Calculateur de longueur des fragments de restriction
Estime les tailles des fragments après digestion : un substrat circulaire avec n coupures produit n fragments (en bouclant l'origine), un linéaire en produit n+1. Le mode positions calcule les fragments exacts à partir de coordonnées séparées par des virgules ; le mode nombre de sites donne l'effectif et la moyenne pour une répartition uniforme. Inclut la fréquence attendue des sites dans l'ADN aléatoire : enzymes à 4 bases ~1 site/256 bp, à 6 bases ~1/4096 bp (REBASE/Sambrook), et des repères de résolution en agarose (<50 bp peut sortir du gel). Sources : Sambrook & Russell 3ᵉ éd., REBASE. Uniquement pour l'éducation.
Démarrage rapide
Appelez cet outil depuis votre code en trois langages.
curl -X POST 'https://api.elysiatools.com/fr/api/tools/restriction-fragment-length' \
-H 'Content-Type: application/json' \
-d '{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686,"cutPositions":"1000, 2000","cutSiteCount":2,"decimalPlaces":2}'Référence de l'API
Envoyez une requête POST avec vos entrées en JSON. Les paramètres de type fichier nécessitent un upload préalable.
Point d'accès
POST https://api.elysiatools.com/fr/api/tools/restriction-fragment-lengthParamètres
| Nom | Type | Requis | Description |
|---|---|---|---|
| topology | select | Oui | Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1. |
| inputMode | select | Oui | Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate. |
| substrateLengthBp | number | Oui | Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs. |
| cutPositions | text | Oui | Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique. |
| cutSiteCount |
Intégration MCP
Ajoutez cet outil à votre serveur Model Context Protocol pour que les agents IA puissent le lister et l'appeler.
Configuration du serveur
Ajoutez ce bloc à la configuration de votre client MCP :
{
"mcpServers": {
"elysiatools-restriction-fragment-length": {
"name": "restriction-fragment-length",
"description": "Estime les tailles des fragments après digestion : un substrat circulaire avec n coupures produit n fragments (en bouclant l'origine), un linéaire en produit n+1. Le mode positions calcule les fragments exacts à partir de coordonnées séparées par des virgules ; le mode nombre de sites donne l'effectif et la moyenne pour une répartition uniforme. Inclut la fréquence attendue des sites dans l'ADN aléatoire : enzymes à 4 bases ~1 site/256 bp, à 6 bases ~1/4096 bp (REBASE/Sambrook), et des repères de résolution en agarose (<50 bp peut sortir du gel). Sources : Sambrook & Russell 3ᵉ éd., REBASE. Uniquement pour l'éducation.",
"baseUrl": "https://api.elysiatools.com/mcp/sse?toolId=restriction-fragment-length",
"command": "",
"args": [],
"env": {},
"isActive": true,
"type": "sse"
}
}
}Lister les outils disponibles
Après connexion au point d'accès SSE, listez les outils exposés :
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 1,
"method": "tools/list"
}Appeler cet outil
Appelez l'outil par son id ; les arguments sont construits à partir de ses paramètres :
{
"jsonrpc": "2.0",
"id": 2,
"method": "tools/call",
"params": {
"name": "restriction-fragment-length",
"arguments": {
"topology": "circular",
"inputMode": "positions",
"substrateLengthBp": 2686,
"cutPositions": "1000, 2000",
"cutSiteCount": 2,
"decimalPlaces": 2
}
}
}