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Calculateur de longueur des fragments de restriction

Estime les tailles des fragments après digestion : un substrat circulaire avec n coupures produit n fragments (en bouclant l'origine), un linéaire en produit n+1. Le mode positions calcule les fragments exacts à partir de coordonnées séparées par des virgules ; le mode nombre de sites donne l'effectif et la moyenne pour une répartition uniforme. Inclut la fréquence attendue des sites dans l'ADN aléatoire : enzymes à 4 bases ~1 site/256 bp, à 6 bases ~1/4096 bp (REBASE/Sambrook), et des repères de résolution en agarose (<50 bp peut sortir du gel). Sources : Sambrook & Russell 3ᵉ éd., REBASE. Uniquement pour l'éducation.

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Démarrage rapide

Appelez cet outil depuis votre code en trois langages.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/fr/api/tools/restriction-fragment-length' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"topology":"circular","inputMode":"positions","substrateLengthBp":2686,"cutPositions":"1000, 2000","cutSiteCount":2,"decimalPlaces":2}'

Référence de l'API

Envoyez une requête POST avec vos entrées en JSON. Les paramètres de type fichier nécessitent un upload préalable.

Point d'accès

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/fr/api/tools/restriction-fragment-length

Paramètres

Nom	Type	Requis	Description
topology	select	Oui	Circular plasmids give n fragments from n cuts; linear DNA gives n+1.
inputMode	select	Oui	Enter exact cut positions, or just the number of cut sites for an average estimate.
substrateLengthBp	number	Oui	Total length of the substrate (plasmid or linear DNA) in base pairs.
cutPositions	text	Oui	Cut coordinates counted from base 1 (positions mode); each must be strictly inside the substrate and unique.
cutSiteCount

Intégration MCP

Ajoutez cet outil à votre serveur Model Context Protocol pour que les agents IA puissent le lister et l'appeler.

Configuration du serveur

Ajoutez ce bloc à la configuration de votre client MCP :

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-restriction-fragment-length": {
      "name": "restriction-fragment-length",
      "description": "Estime les tailles des fragments après digestion : un substrat circulaire avec n coupures produit n fragments (en bouclant l'origine), un linéaire en produit n+1. Le mode positions calcule les fragments exacts à partir de coordonnées séparées par des virgules ; le mode nombre de sites donne l'effectif et la moyenne pour une répartition uniforme. Inclut la fréquence attendue des sites dans l'ADN aléatoire : enzymes à 4 bases ~1 site/256 bp, à 6 bases ~1/4096 bp (REBASE/Sambrook), et des repères de résolution en agarose (<50 bp peut sortir du gel). Sources : Sambrook & Russell 3ᵉ éd., REBASE. Uniquement pour l'éducation.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=restriction-fragment-length",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Lister les outils disponibles

Après connexion au point d'accès SSE, listez les outils exposés :

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Appeler cet outil

Appelez l'outil par son id ; les arguments sont construits à partir de ses paramètres :

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "restriction-fragment-length",
    "arguments": {
  "topology": "circular",
  "inputMode": "positions",
  "substrateLengthBp": 2686,
  "cutPositions": "1000, 2000",
  "cutSiteCount": 2,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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