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Calculateur du coefficient d'extinction des protéines (ε280)

Calcule ε280 selon Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989 : ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncystine (M⁻¹cm⁻¹, erreur typique ±5%). Les cystines sont des paires de Cys liées par pont disulfure et ne comptent qu'à l'état oxydé (⌊Cys/2⌋) ; l'outil renvoie les valeurs tout-réduit et tout-oxydé pour encadrer l'état réel. Le mode séquence compte W/Y/C et calcule la masse moléculaire avec les masses moyennes ProtParam ; le mode comptage prend les nombres de résidus et une masse optionnelle. Inclut A0.1% = ε/PM (absorbance d'une solution à 1 mg/mL), soit c = A/ε pour revenir à la concentration. Attention : les protéines sans Trp/Tyr ont un ε280 quasi nul (utiliser A205 ou BCA) et corriger la contamination par acides nucléiques (A260). Sources : Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Uniquement pour l'éducation.

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Démarrage rapide

Appelez cet outil depuis votre code en trois langages.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/fr/api/tools/protein-extinction-coefficient' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"sequence","sequence":"GIVEQCCTSICSLYQLENYCN","trpCount":1,"tyrCount":2,"cysCount":4,"cysState":"reduced","molecularWeightKDa":0,"decimalPlaces":2}'

Référence de l'API

Envoyez une requête POST avec vos entrées en JSON. Les paramètres de type fichier nécessitent un upload préalable.

Point d'accès

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/fr/api/tools/protein-extinction-coefficient

Paramètres

Nom	Type	Requis	Description
mode	select	Oui	Count W/Y/C from a sequence, or enter residue counts directly.
sequence	textarea	Oui	One-letter codes, 20 standard residues (FASTA headers, whitespace, and '*' are stripped); sequence mode.
trpCount	number	Oui	Number of tryptophans (counts mode); each contributes 5500 M⁻¹cm⁻¹.
tyrCount	number	Oui	Number of tyrosines (counts mode); each contributes 1490 M⁻¹cm⁻¹.
cysCount	number

Intégration MCP

Ajoutez cet outil à votre serveur Model Context Protocol pour que les agents IA puissent le lister et l'appeler.

Configuration du serveur

Ajoutez ce bloc à la configuration de votre client MCP :

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-extinction-coefficient": {
      "name": "protein-extinction-coefficient",
      "description": "Calcule ε280 selon Pace 1995 / Gill & von Hippel 1989 : ε280 = 5500×nTrp + 1490×nTyr + 125×ncystine (M⁻¹cm⁻¹, erreur typique ±5%). Les cystines sont des paires de Cys liées par pont disulfure et ne comptent qu'à l'état oxydé (⌊Cys/2⌋) ; l'outil renvoie les valeurs tout-réduit et tout-oxydé pour encadrer l'état réel. Le mode séquence compte W/Y/C et calcule la masse moléculaire avec les masses moyennes ProtParam ; le mode comptage prend les nombres de résidus et une masse optionnelle. Inclut A0.1% = ε/PM (absorbance d'une solution à 1 mg/mL), soit c = A/ε pour revenir à la concentration. Attention : les protéines sans Trp/Tyr ont un ε280 quasi nul (utiliser A205 ou BCA) et corriger la contamination par acides nucléiques (A260). Sources : Pace 1995, Gill & von Hippel 1989, ExPASy ProtParam. Uniquement pour l'éducation.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-extinction-coefficient",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Lister les outils disponibles

Après connexion au point d'accès SSE, listez les outils exposés :

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Appeler cet outil

Appelez l'outil par son id ; les arguments sont construits à partir de ses paramètres :

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-extinction-coefficient",
    "arguments": {
  "mode": "sequence",
  "sequence": "GIVEQCCTSICSLYQLENYCN",
  "trpCount": 1,
  "tyrCount": 2,
  "cysCount": 4,
  "cysState": "reduced",
  "molecularWeightKDa": 0,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}