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Calculateur d'affinité protéine-ADN (estimation de Kd)

Estime le Kd à partir d'un point selon l'équilibre 1:1 : en excès de protéine, f = [P]÷([P]+Kd), donc Kd = [P]×(1−f)÷f ; à f = 0,5 le Kd égale la concentration en protéine. Deux entrées : fraction liée directe (0–1) ou anisotropie de fluorescence f = (r−rlibre)÷(rlié−rlibre). Ajoute ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C par défaut). Bandes : <1 nM très forte, 1–100 nM forte (cibles typiques de facteurs de transcription), 100 nM–1 µM modérée, >1 µM faible (vérifier sel et compétiteur poly(dI-dC)). Hypothèses : équilibre, 1:1, protéine en grand excès ; pour une courbe complète, ajuster toute la titration. Sources : Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Uniquement pour l'éducation.

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Démarrage rapide

Appelez cet outil depuis votre code en trois langages.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/fr/api/tools/protein-dna-binding-affinity' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"mode":"fraction","proteinConcNm":50,"fractionBound":0.5,"anisotropy":0.18,"anisotropyFree":0.12,"anisotropyBound":0.25,"temperatureC":25,"decimalPlaces":2}'

Référence de l'API

Envoyez une requête POST avec vos entrées en JSON. Les paramètres de type fichier nécessitent un upload préalable.

Point d'accès

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/fr/api/tools/protein-dna-binding-affinity

Paramètres

Nom	Type	Requis	Description
mode	select	Oui	Enter the bound fraction directly, or derive it from anisotropy values.
proteinConcNm	number	Oui	Total protein concentration in the binding reaction (kept well above the labeled DNA).
fractionBound	number	Oui	Fraction of labeled DNA in complex (fraction mode; strictly between 0 and 1).
anisotropy	number	Oui	Anisotropy of the sample (anisotropy mode).
anisotropyFree	number

Intégration MCP

Ajoutez cet outil à votre serveur Model Context Protocol pour que les agents IA puissent le lister et l'appeler.

Configuration du serveur

Ajoutez ce bloc à la configuration de votre client MCP :

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-protein-dna-binding-affinity": {
      "name": "protein-dna-binding-affinity",
      "description": "Estime le Kd à partir d'un point selon l'équilibre 1:1 : en excès de protéine, f = [P]÷([P]+Kd), donc Kd = [P]×(1−f)÷f ; à f = 0,5 le Kd égale la concentration en protéine. Deux entrées : fraction liée directe (0–1) ou anisotropie de fluorescence f = (r−rlibre)÷(rlié−rlibre). Ajoute ΔG° = RT·ln(Kd) (25 °C par défaut). Bandes : <1 nM très forte, 1–100 nM forte (cibles typiques de facteurs de transcription), 100 nM–1 µM modérée, >1 µM faible (vérifier sel et compétiteur poly(dI-dC)). Hypothèses : équilibre, 1:1, protéine en grand excès ; pour une courbe complète, ajuster toute la titration. Sources : Cantor & Schimmel, Heyduk & Lee 1990, Lakowicz. Uniquement pour l'éducation.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=protein-dna-binding-affinity",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Lister les outils disponibles

Après connexion au point d'accès SSE, listez les outils exposés :

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Appeler cet outil

Appelez l'outil par son id ; les arguments sont construits à partir de ses paramètres :

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "protein-dna-binding-affinity",
    "arguments": {
  "mode": "fraction",
  "proteinConcNm": 50,
  "fractionBound": 0.5,
  "anisotropy": 0.18,
  "anisotropyFree": 0.12,
  "anisotropyBound": 0.25,
  "temperatureC": 25,
  "decimalPlaces": 2
}
  }
}

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