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Calculateur de Tm d'amorce PCR (Wallace / plus proches voisins)

Calcule la température de fusion (Tm) d'une amorce PCR par deux méthodes, toutes deux affichées : la règle de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimation rapide pour courts oligos <14 nt, ignorant contexte, concentration et sel) et la méthode thermodynamique des plus proches voisins unifiée de SantaLucia 1998 : Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — 16 paramètres d'empilement, termes d'initiation terminale et correction de symétrie pour les séquences auto-complémentaires ; concentration d'amorce et de sodium réglables (famille utilisée par Primer3). Fournit aussi le contenu GC, la composition en bases et la Ta suggérée = Tm − 5°C. Sources : Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Uniquement pour le criblage initial.

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Démarrage rapide

Appelez cet outil depuis votre code en trois langages.

cURL

curl -X POST 'http://127.0.0.1:3003/fr/api/tools/pcr-primer-tm' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"sequence":"GTAAAACGACGGCCAGT","method":"nearest-neighbor","primerConcentrationNm":500,"sodiumConcentrationMm":50,"decimalPlaces":1}'

Référence de l'API

Envoyez une requête POST avec vos entrées en JSON. Les paramètres de type fichier nécessitent un upload préalable.

Point d'accès

HTTP

POST http://127.0.0.1:3003/fr/api/tools/pcr-primer-tm

Paramètres

Nom	Type	Requis	Description
sequence	text	Oui	DNA primer sequence, A/C/G/T only (case-insensitive); 5–60 nt.
method	select	Oui	Wallace for a quick short-oligo estimate; nearest-neighbor is the standard for primer design.
primerConcentrationNm	number	Oui	Primer strand concentration (nearest-neighbor method only).
sodiumConcentrationMm	number	Oui	[Na+] of the reaction buffer (nearest-neighbor method only).
decimalPlaces

Intégration MCP

Ajoutez cet outil à votre serveur Model Context Protocol pour que les agents IA puissent le lister et l'appeler.

Configuration du serveur

Ajoutez ce bloc à la configuration de votre client MCP :

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-pcr-primer-tm": {
      "name": "pcr-primer-tm",
      "description": "Calcule la température de fusion (Tm) d'une amorce PCR par deux méthodes, toutes deux affichées : la règle de Wallace Tm = 2°C×(A+T) + 4°C×(G+C) (estimation rapide pour courts oligos <14 nt, ignorant contexte, concentration et sel) et la méthode thermodynamique des plus proches voisins unifiée de SantaLucia 1998 : Tm = 1000ΔH/(ΔS + R·ln(Ct/4) + 0.368(N−1)·ln[Na+]) − 273.15 — 16 paramètres d'empilement, termes d'initiation terminale et correction de symétrie pour les séquences auto-complémentaires ; concentration d'amorce et de sodium réglables (famille utilisée par Primer3). Fournit aussi le contenu GC, la composition en bases et la Ta suggérée = Tm − 5°C. Sources : Wallace 1979, SantaLucia 1998, Breslauer 1986, Primer3 2012. Uniquement pour le criblage initial.",
      "baseUrl": "http://127.0.0.1:3003/mcp/sse?toolId=pcr-primer-tm",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Lister les outils disponibles

Après connexion au point d'accès SSE, listez les outils exposés :

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Appeler cet outil

Appelez l'outil par son id ; les arguments sont construits à partir de ses paramètres :

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "pcr-primer-tm",
    "arguments": {
  "sequence": "GTAAAACGACGGCCAGT",
  "method": "nearest-neighbor",
  "primerConcentrationNm": 500,
  "sodiumConcentrationMm": 50,
  "decimalPlaces": 1
}
  }
}

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