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Calculateur de densité cellulaire OD600 (E. coli)

Convertit la turbidité OD600 en concentration cellulaire et poids sec (CDW) : OD normalisée = lecture × facteur de dilution ÷ trajet optique ; cellules/mL = OD × cellules par unité d'OD (1×10⁹ par défaut, valeur usuelle d'E. coli) ; CDW g/L = OD × g/L par unité d'OD (0.36 par défaut, BioNumbers 109837 ; plage 0.3–0.5). Les deux facteurs sont modifiables — souche, milieu et instrument les influencent ; les valeurs par défaut sont auto-cohérentes : 0.36 g/L ÷ 10⁹ cellules/mL = 0.36 pg/cellule. Les lectures OD > 1 sont signalées hors plage linéaire (Sigma-Aldrich). Sources : BioNumbers 109835/109837, Agilent/VectorBuilder. Calibrez avec votre propre courbe OD-CFU. Uniquement pour l'éducation.

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Démarrage rapide

Appelez cet outil depuis votre code en trois langages.

cURL

curl -X POST 'https://api.elysiatools.com/fr/api/tools/od600-cell-density' \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"od600":0.5,"dilutionFactor":1,"pathLengthCm":1,"cellsPerOd":1000000000,"cdwPerOd":0.36,"cultureVolumeMl":25,"decimalPlaces":4}'

Référence de l'API

Envoyez une requête POST avec vos entrées en JSON. Les paramètres de type fichier nécessitent un upload préalable.

Point d'accès

HTTP

POST https://api.elysiatools.com/fr/api/tools/od600-cell-density

Paramètres

Nom	Type	Requis	Description
od600	number	Oui	Raw absorbance of the (diluted) sample at 600 nm, blanked against medium.
dilutionFactor	number	Oui	Sample-to-total dilution before measurement (1 = measured undiluted).
pathLengthCm	number	Oui	Cuvette path length (1 cm standard; readings are normalized to 1 cm).
cellsPerOd	number	Oui	Viable+total cells per mL at OD600 = 1 (E. coli default 1×10⁹; range 5×10⁸–1.2×10⁹).
cdwPerOd	number

Intégration MCP

Ajoutez cet outil à votre serveur Model Context Protocol pour que les agents IA puissent le lister et l'appeler.

Configuration du serveur

Ajoutez ce bloc à la configuration de votre client MCP :

mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "elysiatools-od600-cell-density": {
      "name": "od600-cell-density",
      "description": "Convertit la turbidité OD600 en concentration cellulaire et poids sec (CDW) : OD normalisée = lecture × facteur de dilution ÷ trajet optique ; cellules/mL = OD × cellules par unité d'OD (1×10⁹ par défaut, valeur usuelle d'E. coli) ; CDW g/L = OD × g/L par unité d'OD (0.36 par défaut, BioNumbers 109837 ; plage 0.3–0.5). Les deux facteurs sont modifiables — souche, milieu et instrument les influencent ; les valeurs par défaut sont auto-cohérentes : 0.36 g/L ÷ 10⁹ cellules/mL = 0.36 pg/cellule. Les lectures OD > 1 sont signalées hors plage linéaire (Sigma-Aldrich). Sources : BioNumbers 109835/109837, Agilent/VectorBuilder. Calibrez avec votre propre courbe OD-CFU. Uniquement pour l'éducation.",
      "baseUrl": "https://api.elysiatools.com/mcp/sse?toolId=od600-cell-density",
      "command": "",
      "args": [],
      "env": {},
      "isActive": true,
      "type": "sse"
    }
  }
}

Lister les outils disponibles

Après connexion au point d'accès SSE, listez les outils exposés :

tools/list

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 1,
  "method": "tools/list"
}

Appeler cet outil

Appelez l'outil par son id ; les arguments sont construits à partir de ses paramètres :

tools/call

{
  "jsonrpc": "2.0",
  "id": 2,
  "method": "tools/call",
  "params": {
    "name": "od600-cell-density",
    "arguments": {
  "od600": 0.5,
  "dilutionFactor": 1,
  "pathLengthCm": 1,
  "cellsPerOd": 1000000000,
  "cdwPerOd": 0.36,
  "cultureVolumeMl": 25,
  "decimalPlaces": 4
}
  }
}

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